Создан карманный секвенсор ДНК
Создан карманный секвенсор ДНК
Представлен первый в своем роде портативный прибор для секвенирования ДНК.
Это открывает новые возможности для небольших лабораторий с ограниченным
бюджетом. Также, впервые становится возможным анализ ДНК в полевых условиях.
Компания Oxford Nanopore представила портативный секвенсор ДНК MinION,
который способен читать фрагменты ДНК длиной до 10 тысяч пар нуклеотидов.
Это первый доступный секвенсор, который использует технологию нанопор.
Данная технология разрабатывалась в течение почти двух десятилетий, она
основана на определении оснований ДНК путем измерения изменений в
электропроводности при прохождении через крохотные отверстия.
Разработчики утверждают, что приборы MinION будут дешевле и гораздо быстрее,
чем существующие технологии секвенирования.
Пока еще MinION не продается и доступен лишь по предзаказу, но биолог Дэвид
Джаффе (David Jaffe) из Broad Institute в Кембридже получил возможность
использовать его в ходе экспериментов по секвенированию ДНК двух бактерий:
Escherichia coli и Scardovia, которые обитают в полости рта любого человека.
Ученый опубликовал результаты своих исследований, которые позволяют судить о
качестве нового секвенсора.
<Это милое устройство размером и формой похожее на пачку жевательной
резинки. Прибор светится симпатичными огоньками, а его вентилятор издает
приятное гудение, - шутит Дэвид Джаффе. - Однако техническая сторона
секвенсора прибора вызывает смешанные чувства>.
Средняя длина секвенируемых MinION-ом участков ДНК составила 5 400 пар
нуклеотидов, а в некоторых случаях - до 10 000. Это больше, чем самая
передовая современная технология секвенирования, созданная компанией
Illumina, обеспечивающая секвенирование сотен пар нуклеотидов. Надо
отметить, что в настоящее время для секвенирования используется в основном
так называемый метод Сэнгера, предложенный еще в 1977 году. Он позволяет
секвенировать до 1000 пар нуклеотидов.
Как видим, MinION превосходит даже самые современные секвенсоры, размером со
стиральную машину. Однако Дэвид Джаффе отмечает, что в 2012 году
разработчики MinION-а обещали возможность секвенирования более длинных
фрагментов ДНК.
Также, ученый обнаружил, что MinION с трудом секвенирует отдельные части
бактериальных геномов (это можно сравнить со смазанными буквами в середине
текста). Данный факт вызывает у Дэвида Джаффе беспокойство, так как
систематические ошибки в расшифровке скорректировать труднее, чем случайные.
В своих экспериментах ученый столкнулся с повторяющимися ошибками, которые
помешали ему провести полное секвенирование двух геномов бактерий. Для
заполнения пробелов пришлось использовать секвенсор Illumina.
Несмотря на существующий недостаток с чтением трудных участков генома, по
мнению биолога Дэвида Джаффе, новый прибор обладает огромным потенциалом.
Даже при текущей цене в $1000 + $250 за доставку, MinION может
использоваться большим числом лабораторий и, главное, больниц, где особенно
нужны дешевые секвенсоры для диагностики самых сложных заболеваний.
При высоком качестве образца ДНК или окончательном исправлении специалистами
Oxford Nanopore проблемы с систематическими ошибками, MinION открывает для
исследователей огромные перспективы. Даже сейчас, по словам Джаффе, прибор в
подавляющем количестве случаев читает длинные участки ДНК без каких-либо
ошибок. Это впервые дает возможность использовать по-настоящему компактный
секвенсор, как в лаборатории, так и в полевых условиях.
Адрес новости: http://www.cnews.ru/news/top/index.shtml?2014/02/17/560817
Здравствуйте, 2VK.
Вы писали 18 февраля 2014 г., 2:06:53:
условиях.
быстрее,
Дэвид
человека.
о
со
случайные.
особенно
специалистами
в
+++++++++Хорощая новость, конечно...
У меня только все-таки остался небольшой когнитивный
диссонанс...
Если прибор размером с пачку жевательной резинки, то зачем ему
вентилятор (к которому нужен еще блок питания) и лампочки? Если же
речь идет о блоке жевательной резинки, то при чем тут карман? Впрочем,
это скорее всего, шутки журналюги и переводчика. :)
Я обычно вспрминаю пародию Иванова:
Заколдованный круг
Площадь круга.. Площадь круга... Два пи эр.
-- Где вы служите, подруга?
-- В АПН.
Юрий Ряшенцев
Александр Иванов
Говорит моя подруга, чуть дыша:
-- Где учился ты, голуба, в ЦПШ1?
Чашу знаний осушил ты не до дна,
Два пи эр -- не площадь круга, а длина,
И не круга, а окружности притом;
Учат в классе это, кажется, в шестом.
Ну поэты! Удивительный народ!
И наука их, как видно, не берет.
Их в банальности никак не упрекнешь,
Никаким ключом их тайн не отомкнешь.
Все б резвиться им, голубчикам, дерзать.
Образованность все хочут показать...
1 Церковноприходская школа