Отправляет email-рассылки с помощью сервиса Sendsay

Новости лаборатории Наномир

  Все выпуски  

410 "Информация о структуре белка содержится в геноме" Виктория Соколик


Выпуск 410

 

 Лаборатория Наномир

Когда реальность открывает тайны, 

уходят в тень и  меркнут чудеса ...

 

"Информация о структуре белка содержится в геноме" Виктория Соколик

Кушелев: Принимайте подарок от богини пикотехнологии!

 

Виктория Соколик: 6-10 октября сего года в Киеве проходил очередной конгресс украинского биохимического общества, на котором был представлен мой доклад по пикотехнологии белков "Информация о структуре белка содержится в геноме".
Эта информация тезисно опубликована в материалах конгресса:
В.В. Соколик "Никакой дополнительной информации, большей, чем та, что содержится в ДНК, для сворачивания белка не требуется" Матеріали ХІ Укріїнського біохімічного конгресу (06-10 жовтня 2014), The Ukrainian Biochemical Journal, 2014, V. 86, №5 (Supplement 1), P. 37-38.

 

 

НИКАКОЙ ДОПОЛНИТЕЛЬНОЙ ИНФОРМАЦИИ, БОЛЬШЕЙ, ЧЕМ ТА, ЧТО СОДЕРЖИТСЯ В ДНК, ДЛЯ СВОРАЧИВАНИЯ БЕЛКА НЕ ТРЕБУЕТСЯ
СОЛОЛИК В.В.
ГУ «Институт неврологии, психиатрии и наркологии НАМН Украины», Харьков;
e-mail: Sokolik67@rambler.ru
Фолдинг белка причисляют к пулу крупнейших научных проблем современности. Скорость сворачивания белка in vivo объясняют кооперативными эффектами – одновременным формированием «зародышей» вторичной структуры, благодаря чему молекула белка находит «кратчайший путь» на воображаемой гиперплоскости потенциальной энергии к точке, соответствующей нативной конформации. Как правило, реализуется один из трех сценариев: котрансляционное сворачивание новосинтезированного полипептида без шаперонов, с помощью молекулярных шаперонов или сопряженно с трансмембранной транслокацией. Один из подходов для описания рефолдинга денатурированных белков in vitro также постулирует, что сворачивание белка начинается с образования элементов вторичной структуры независимо от третичной или, по крайней мере, до завершения формирования последней. В обоих случаях (in vivo и in vitro) отправным пунктом успешного фолдинга является формирование первичного каркаса с мотивами вторичной структуры белка. Эти данные послужили основанием для предположения о том, что кроме аминокислотной последовательности в генах белков закодирована информация об их индивидуальных структурных шаблонах (каркасах) из фрагментов вторичной структуры. Цель исследования состояла в выявлении специфичности кодирования вторичной структуры в генах белков эукариот. 
Дизайн исследования. Проанализировали случайную выборку из 100 белков эукариот, для которых в базе данных PDB представлены схемы вторичной структуры. Оценивали абсолютную и относительную частоту встречаемости кодонов вида XYC/G, XYА и XYТ и их кластеров (XYC/G)n, (XYА)n и (XYТ)n, n3, в нуклеотидных последовательностях, детерминирующих спиральные фрагменты, β-тяжи, повороты и неструктурированные мотивы белков. Результаты обрабатывали статистически. t-Критерий Стьюдента использовали для анализа производных показателей (абсолютная и относительная частота), убедившись в нормальности распределения. P-тест Фишера и четырехпольные таблицы – для выявления статистической зависимости между конформерами и разновидностями кодонов и/или их кластеров. Различие считали статистически значимым при p 0,05, тенденция к значимым отличиям при p 0,10. 
Результаты. Установили, что правая спираль кодируется кластерами кодонов (XYC/G)n, n3 (Р = 7.33·10-22, ξ2 = 42.62). Повороты детерминированы кластерами кодонов (XYA)n, n3. Эти данные согласуются с выявленным достоверным превышением относительной частоты встречаемости кластеров (XYC/G)n, n3 и (XYA)n, n3 в областях генов, кодирующих спиральные фрагменты и повороты, соответственно. β-Тяжи менее жестко детерминированы кодонами XYT. Тест Фишера показал кодирование β-тяжей кодонами XYT или их кластерами (XYТ)n, n3: Р = 3.63·10-6 (ξ2 = 22.05) и Р = 3.43·10-2 (ξ2 = 4.56) для изучаемого пула белков. Обсуждается роль изоакцепторных тРНК с синонимичными кодонами в перекодировании информации третьего нуклеотида кодонов и их кластеров в ходе матричного синтеза белка. Создана программа Молекулярный конструктор, которая декодирует нуклеотидную последовательность с созданием pdb файла и визуализацией индивидуального структурного шаблона белка в качестве основы для дальнейших исследований методами молекулярной динамики.
Вывод. В геноме эукариот содержится информация о структуре белков.
1–Структура, властивості та функції біологічних макромолекул

 

Презентация самого доклада:

http://img-fotki.yandex.ru/get/6843/158289418.195/0_fc3a7_f0b7c4a8_orig.jpg

http://img-fotki.yandex.ru/get/6816/158289418.195/0_fc3a8_676dfdfc_orig.jpg

http://img-fotki.yandex.ru/get/5108/158289418.195/0_fc3a9_1b993a38_orig.jpg

http://img-fotki.yandex.ru/get/6843/158289418.195/0_fc3aa_7ed2ccf5_orig.jpg

http://img-fotki.yandex.ru/get/2712/158289418.195/0_fc3ab_ed57753f_orig.jpg

http://img-fotki.yandex.ru/get/6733/158289418.195/0_fc3ac_f972ff5b_orig.jpg

http://img-fotki.yandex.ru/get/2712/158289418.195/0_fc3ad_95c3c50d_orig.jpg

http://img-fotki.yandex.ru/get/6847/158289418.195/0_fc3ae_fd583210_orig.jpg

http://img-fotki.yandex.ru/get/3110/158289418.195/0_fc3af_dd16de30_orig.jpg

http://img-fotki.yandex.ru/get/2713/158289418.195/0_fc3b0_ff0cd2aa_orig.jpg

http://img-fotki.yandex.ru/get/6843/158289418.195/0_fc3b1_ae220bb7_orig.jpg

http://img-fotki.yandex.ru/get/3414/158289418.195/0_fc3b2_cf0f9245_orig.jpg

http://img-fotki.yandex.ru/get/6740/158289418.195/0_fc3b3_b4097e2_orig.jpg

http://img-fotki.yandex.ru/get/2713/158289418.195/0_fc3b4_249a725b_orig.jpg

http://img-fotki.yandex.ru/get/3202/158289418.195/0_fc3b5_7db79618_orig.jpg

http://img-fotki.yandex.ru/get/5108/158289418.195/0_fc3b6_28116217_orig.jpg

http://img-fotki.yandex.ru/get/2710/158289418.195/0_fc3b7_8322ea83_orig.jpg

http://img-fotki.yandex.ru/get/3307/158289418.195/0_fc3b8_efbb7d68_orig.jpg

http://img-fotki.yandex.ru/get/2708/158289418.195/0_fc3b9_fb8aea95_orig.jpg

http://img-fotki.yandex.ru/get/2712/158289418.195/0_fc3ba_7530e83a_orig.jpg

http://img-fotki.yandex.ru/get/2713/158289418.195/0_fc3bb_82896881_orig.jpg

Доклад вызвал интерес и дискуссию. Равнодушного и вежливого молчания на этот раз не было. Уже прогресс!!! 

Обсуждение 


 Готовится доклад Александра Кушелева на фестивале высоких технологий

 

http://www.nanoworld.org.ru/data/01/data/images/people/kushelev/fotp_01.jpg

 

Лаборатория Наномир была основана в 1991 году.

 

http://www.nanoworld.org.ru/data/01/data/images/slides/990411/702.jpg

 

Первая выставка пикотехнологических моделей состоялась в 1989-ом году.

 

http://www.nanoworld.org.ru/data/01/data/images/people/kushelev/medal03.jpg
Награда за создание масштабных пикотехнологических моделей атомов, молекул и кристаллов.

 

http://www.nanoworld.org.ru/data/01/data/images/people/kushelev/foto_04.jpg

В 1992-ом году была создана пикотехнология белков.

 

http://www.nanoworld.org.ru/data/01/data/images/people/kushelev/foto_06.jpg

 

 

http://img-fotki.yandex.ru/get/3012/158289418.196/0_fcdb7_519d676d_orig.jpg

 

Запись ТВ-передачи "Технодром", где показан эксперимент: http://my.mail.ru/inbox/s.alekseev/video/372/376.html

В этом же году был испытан электромагнитный крестодвигатель (Crux Emdrive) без реактивной струи.

 

http://ic.pics.livejournal.com/zelenyikot/65139567/167485/167485_original.jpg
Спустя 22 года аналогичный эксперимент проведён в НАСА: http://nanoworld.org.ru/topic/799/

 

 

http://www.nanoworld.org.ru/data/01/data/images/people/kushelev/foto_05.jpg
В 1994-ом году в журнале "Техника Молодежи" была опубликована статья "5000 лет эволюции электромагнитной техники",

 

 

http://www.nanoworld.org.ru/data/01/data/images/people/kushelev/foto_07.jpg
в которой я рассказал, как менялась  техника богов-пришельцев на протяжении тысяч лет эволюции.

 

http://nanoworld.org.ru/data/20030901/0111/099.files/2003081502.jpg

http://www.nanoworld.org.ru/data/20030101/covers/145.jpg

События до 2001 года помогает проследить хронологический навигатор: http://www.nanoworld.org.ru/data/01/dat … /hrono.htm

Подробнее: http://www.nanoworld.org.ru/data/01/dat … xt2000.htm

http://www.nanoworld.org.ru/data/01/data/images/slides/measures/mnt05x.jpg

В 2000-ом году я изготовил первую модель источника энергии, которую нужно было всего лишь включить.

Подробнее: http://www.nanoworld.org.ru/data/01/dat … 000902.htm

Однако процесс включения растянулся на полтора десятилетия и продолжается до сих пор...

В 2004-ом году министерство образования и науки России одобрило учебные пособия с пикотехнологическими моделями из проекта 1993 года:

http://img-fotki.yandex.ru/get/9265/158289418.110/0_d3f54_d9dc2420_orig.jpg

http://nanoworld88.narod.ru/data/250_files/0_aaaf4_9fd81ee2_L.jpg

http://nanoworld88.narod.ru/data/250_files/2-01.jpg

http://nanoworld88.narod.ru/data/250_files/2-02.jpg

http://nanoworld88.narod.ru/data/250_files/2-04.jpg

http://nanoworld88.narod.ru/data/250_files/2-09.jpg

Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/250.htm

 

http://nanoworld88.narod.ru/data/033_files/strateg.jpeg
В 2006-ом году удалось выяснить, где, как и в каких количествах инопланетные экспедиции добывают драгметаллы на нашей планете: http://nanoworld88.narod.ru/data/033.htm

 

http://nanoworld88.narod.ru/data/228_files/0_48866_31a33952_orig.gif

http://nanoworld88.narod.ru/data/228_files/0_487d7_70d27fe2_orig.gif

http://img-fotki.yandex.ru/get/9067/158289418.af/0_ae264_4777e0aa_orig.gif

Подробнее: http://nanoworld.org.ru/topic/760/

В 2011-ом году в Дубне удалось заставить засветиться первый шарик, т.е. проверить защиту рубинового источника энергии от перенапряжения.

 

http://nanoworld88.narod.ru/data/291_files/0_89077_c27d1fd5_orig.jpg
Доклад в доме предпринимателей: http://nanoworld88.narod.ru/data/291.htm

 

В 2012-ом году я придумал, как вернуть молодость и описал это в статье "Прожиточный минимум вампира": http://nanoworld88.narod.ru/data/281.htm

 

http://nanoworld88.narod.ru/data/340_files/0_a511b_2b57d348_orig.jpg

 

В 2013-ом году я доложил о возможности вернуть молодость, отключив сигнал старения, который содержится в крови.

 

http://img-fotki.yandex.ru/get/2712/158289418.196/0_fcdbc_cafb2497_orig.png

 

В 2014-ом американские исследователи экспериментально подтвердили возможность вернуть молодость, создав "Вампирскую терапию".

 

http://nanoworld88.narod.ru/data/163_files/0_2b9e6_629e2c9_L.jpg
В лаборатории Наномир проверены катафоты инопланетной разработки: http://nanoworld88.narod.ru/data/163.htm

 

 

http://nanoworld88.narod.ru/data/384_files/0_d22a3_.gifhttp://nanoworld88.narod.ru/data/384_files/0_d22c8_.jpg
В 2014-ом году обнаружены копии геодезического оборудования инопланетян: http://nanoworld88.narod.ru/data/384.htm

 

http://nanoworld88.narod.ru/data/408_files/0_f8ba4_.jpg

 

http://img-fotki.yandex.ru/get/2713/158289418.195/0_fc46c_4bb8e1d4_orig.jpg
Воспроизведены измерительные инструменты, которые в 100 раз точнее наших, земных, современных: http://nanoworld88.narod.ru/data/408.htm

 

 

http://nanoworld88.narod.ru/data/408_files/0_f9c23_.jpg
Обнаружены системы жизнеобеспечения инопланетян: http://nanoworld88.narod.ru/data/408.htm

 

 

http://nanoworld88.narod.ru/data/408_files/0_f9f68_.jpg
Раскрыта технология эффективной разделки горных пород композитно-лучевыми инструментами: http://nanoworld88.narod.ru/data/408.htm

 

 

http://nanoworld88.narod.ru/data/406_files/0_f2a0f_.jpg
Обнаружены следы инопланетной добычи драгметаллов, возраст которых около 65 миллионов лет: http://nanoworld88.narod.ru/data/406.htm

 

За научными новостями из лаборатории Наномир можно следить, читая рассылку: http://nanoworld88.narod.ru/data/index.htm

http://img-fotki.yandex.ru/get/6804/158289418.18a/0_f8cb3_d8b11dcf_XL.jpg

http://img-fotki.yandex.ru/get/6801/158289418.196/0_fcbeb_42ff308_orig.jpg

 

http://img-fotki.yandex.ru/get/2914/158289418.196/0_fcdac_3e930b53_M.jpg
Самые свежие новости обсуждаются на форуме: http://nanoworld.org.ru/forum/1/

 

http://img-fotki.yandex.ru/get/4809/158289418.195/0_fc8f0_cf1f929d_orig.png

Адрес сайта: http://nanoworld.narod.ru

Благодарю за внимание! 

Обсуждение 


Акция звёзд эстрады "Проверь Мечту!"

Кушелев: Все, вероятно, слышали песню Юрия Антонова, "Поверь в мечту!": http://www.karaoke.ru/song/66.htm

 

http://img-fotki.yandex.ru/get/3210/158289418.195/0_fc822_bbe23cee_orig.jpg
Источник информации: http://dmitrov.ru/theater/5588/

 

Сегодня Юрий Антонов даёт концерт в г.Дмитрове. Может быть это его второй звёздный шанс? smile

Дело в том, что в мечту можно не только поверить. Мечту можно проверить...

В 2012-ом году я сделал выпуск рассылки: "Прожиточный минимум вампира": http://nanoworld88.narod.ru/data/281.htm

А в 2014-ом американские исследователи создали "вампирскую терапию", т.е. реализовали, проверили мою мечту 2012 года smile

Теперь лабораторные животные могут жить вечно, но "вампирская терапия" ещё не подходит для обычных животных и для человека, т.к. не решена проблема с "букетом инфекций".

Пришла пора проверить следующую мечту, которая заключается в удешевлении "вечной молодости" до цены ... кваса. Для этого нужно выделить праймерами сигнал отключения механизма старения: http://nanoworld88.narod.ru/data/393.htm

Программа исследования: http://nanoworld.org.ru/topic/818/

Программа ещё обсуждается, например, Виктория Соколик считает, что нужно идти другим путём, который может оказаться короче и дешевле. Нужно провести мозговой штурм, чтобы выбрать верный путь, но это уже - вопрос времени и цены.

Предлагается объединить усилия всех, кто мечтает вернуть молодость. Это поможет проверить мечту в кратчайшие сроки и в случае удачи удешевить вечную молодость до цены кваса smile

Принципиально-то проблема уже решена путём ежедневного переливания всей крови лабораторного животного...

Так зачем же нам умирать от старости, если экспериментально доказана возможность вернуть молодость?

http://img-fotki.yandex.ru/get/2712/158289418.195/0_fc821_b54a0360_orig.jpg 

http://img-fotki.yandex.ru/get/41/158289418.196/0_fd2c3_1db03201_orig.gif

 Обсуждение  


 Что нужно лаборатории для ближайших исследований:

 

1. Оплатить заказ номинального ряда рубиновых шариков в Китае. Бумстартер берет дополнительно 18% + лишние банковские переводы, поэтому без него будет на 5000 долл. дешевле.

Из рубиновых шариков планируется собрать 340 источников энергии будущего по 20 кВт и спектр изделий для участников народного финансирования.


 Приглашение к сотрудничеству


Лаборатория "Наномир" готова к взаимовыгодному сотрудничеству. 

В одиночку внедрить технологии, выводящие цивилизацию на новый уровень,  невозможно. Благодаря поддержке множества заинтересованных людей проделана огромная работа. Ознакомиться с её результатами можно изучив материал рассылки "Новости лаборатории Наномир". Люди науки могут изучить научные труды.

Вклад каждого не останется незамеченным в случае успеха в реализации научных проектов. Результаты совместной деятельности принадлежат участникам проекта пропорционально коэффициентам творческого и финансового участия.

Основные разработки: 

 Микроволновый источник энергии

Работы по созданию новой энергетики (микроволновой) ведутся с 1992 года.

В 2011 году были куплены рубиновые шарики для эксперимента на сумму ~1000 долл. Был проведен первый эксперимент в Дубне. В результате было сделано научное открытие, проверена защита диэлектрических резонаторов от перенапряжения. В 2014 году планируется эксперимент на мощном оборудовании лаборатории Наномир, цель которого - включение рубинового генератора.

Для завершающего этапа исследований по созданию микроволновой энергетики не хватает номинального ряда шариков, который может быть изготовлен на китайской фабрике. Это стоит на порядок дешевле, чем качественная измерительная аппаратура миллиметрового диапазона. 

  "Регенерация репродуктивного возраста"

28 сентября 2011г. в Институте геронтологии (г.Киев) начался эксперимент по созданию "Регенератора репродуктивного возраста". В 2012-ом году мы уже знали, как омолодить лабораторных животных. Это было описано в 281-ом выпуске рассылки "Новости лаборатории Наномир. "Прожиточный минимум вампира"

В 2014-ом году американские ученые смогли реализовать этот вариант омоложения. Тем не менее мы ещё можем успеть первыми создать дешевый регенератор, возвращающий молодость, но для этого необходимо закупить праймеры для идентификации сигналов отключения феноптоза (механизма старения), как это делает эмбрион во время беременности. Если омоложение по-американски обойдётся заказчику в 250-500 долл. ежедневно, то дешёвый вариант омоложения будет стоить всего 20-30 копеек в день.

Программа исследований Презентация

  Пикотехнология 

Созданы первые версии пикотехнологии (выпуски рассылки 212 270 271 272 ), с помощью которой Александр Кушелев и Виктория Соколик сделали более10 научных открытий.

Виктория Соколик: Уважаемые коллеги, Вашему вниманию предоставляется услуга -- моделирование 2D и 3D структуры любого белка без ограничений в его размере и степени изученности с помощью программного обеспечения, базирующемся на принципиально новом подходе декодирования нуклеотидной последовательности, детерминирующей данный белок.

Всё, что необходимо от заказчика, это нуклеотидная последовательность мРНК интересующего его белка (или код этой нуклеотидной последовательности в EMBL, или хотя бы код самого белка в PDB).

В течение 1-3 суток мы готовы предоставить Вам схему вторичной структуры заказанного белка (2D), модель его пространственной структуры (3D) в виртуальном пространстве, а также файл .pdb с координатами каждого атома белка. 

Файл .pdb может быть использован по аналогии с файлами закристаллизованных белков из PDB банка для дальнейшего конформационного анализа белка методами молекулярной динамики с учётом физико-химической специфики микроокружения белка или его взаимодействия с лигандами.

Таким образом, Вы сможете максимально быстро удобным для Вас способом (по электронной почте, на сайте либо на электронном носителе) получить информацию о структурном шаблоне Вашего белка.

Определены две структуры белка (пробный заказ) для Испанского заказчика.

 Цена  заказов -- договорная. 

 Сотрудничество может быть различным:

- участие в научных дискуссиях на форуме (конструктивное)

- совместное создание коммерческого продукта

- поиск инвесторов

- выступить менеджером по продаже готовых коммерческих продуктов

- конструктивные предложения по продвижению идей лаборатории Наномир

- содействие в проведении экспериментов и т.п.

- написание совместных научных статей и т.п.

- материальный вклад (денежный или обеспечение оборудованием и материалами)

 

Пожалуйста, сообщайте о своем вкладе, чтобы мы зачли Вас как партнера лаборатории Наномир.

+7-926-5101703+7-926-5101703  +7-903-2003424+7-903-2003424 +7-916-8265031+7-916-8265031, Skype: Kushelev2009, mail: kushelev20120@yandex.ru

веб-мани: WM-кошелек R426964799301 Другие способы перевода

 



В избранное