Отправляет email-рассылки с помощью сервиса Sendsay

Новости лаборатории Наномир

  Все выпуски  

600 Разгадана тайна невероятной информационной ёмкости генома


Выпуск 600

Лаборатория Наномир

Когда реальность открывает тайны,
уходят в тень и  меркнут чудеса ...

 Разгадана тайна невероятной информационной ёмкости генома

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1129213514#

Кушелев: Участок генома Symbiodinium microadriaticum, соответствующий бета-спирали длиной 200 аминокислотных остатков.

>ENA|genom_green| 
GCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCA
GGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCA
GGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCA
GGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCA
GGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCA
GGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCA
GGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCA
GGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCA
GGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCA
GGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGCAGCA
GCAGCAGCAGCGGCAGCAAAAGCAGTAGCATTAGCAGTAGCAGTAGCAGTAGCAGGAGCA
GGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCAGTAGGAGCAGCAGCAGCAGCAGCAACAGCA
GCACAGCAGGAGAAGTAG

https://img-fotki.yandex.ru/get/25921/158289418.3f3/0_17791c_b2750c19_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/194492/158289418.3f3/0_17791b_84ee62e2_orig.png

Если сдвинуть рамку считывания

  на 1 позицию . . . на 2 позиции . . . на 1(complement) . на 2(complement)

https://img-fotki.yandex.ru/get/226827/158289418.3f3/0_17791e_ef1babb5_XL.png . https://img-fotki.yandex.ru/get/194869/158289418.3f3/0_17791f_c6be9238_XL.png .  https://img-fotki.yandex.ru/get/98619/158289418.3f3/0_177920_8d5cc2f0_XL.png . . https://img-fotki.yandex.ru/get/196365/158289418.3f3/0_177921_6a9325b2_XL.png

Сдвиг рамки считывания приводит к длинным альфа-спиралям, пи-спирали и 14-спирали.

Кстати, в данном геноме эта часть последовательности используется для формирования длинной альфа-спирали EQEQEQ: https://img-fotki.yandex.ru/get/226827/ … 5_orig.png

Достаточно иметь в геноме один такой участок, чтобы строить альфа-, пи- и бета-спирали длиной от 1 до 200 аминокислотных остатков. Ведь достаточно задать лишь начальное положение рамки считывания, а стоп-кодоны остановят создание спирали нужной длины. Вот где находится разгадка тайны невероятной информационной ёмкости генома!

  Обсуждение


  Обнаружены белки-изоморфы!

https://img-fotki.yandex.ru/get/198303/158289418.3f2/0_177913_c1ba6822_orig.png

Сдвиг рамки считывания не влияет на структуру этого белка! Белок сохраняет как первичную аминокислотную последовательность, так и вторичную структуру. Не сдвигаются даже варианты композиции относительно аминокислотной последовательности!

 

https://img-fotki.yandex.ru/get/164839/158289418.3f2/0_177915_5c268ea7_orig.png

Структура белка, построенного по комплементарной последовательности, обладает тем же свойством!

 Обсуждение


 Раскрашивание триплетов по алгоритму вторичной структуры экономит время.

 https://img-fotki.yandex.ru/get/229651/158289418.3f2/0_177916_b2f61205_orig.png

Раскрашивание триплетов входной последовательности позволяет сразу копировать из генома код интересной структуры для дальнейшей обработки.

 Давайте посмотрим, как работает эта технология.

Заходим на сайт поиска белка по аминокислотной последовательности: 

https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

Набираем в окне поиска: pwpwpwpwpwpwpwpwpwpwpwpwpwpwpwpwpwpwpwpw

Получаем ссылку на один из найденных белков: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/45 … KRK1U3V013

Находим его нуклеотидную последовательность: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/457870492

>ENA|XP_004222167|9249 nucleotides
atgcatctgaagacgaagatcccaaatttcttaaatgctgatccggagaggaaggcccag
aattgtatacacatagagaacgagctgatacagaacatgcacaagatttaccagcagcag
tgtgaagaaggtggcagcaggaagggggctaccccgtcatatcacctgttcgatcacgag
gactacgtggacttccccccttttaacataacccccgatgtacatagcatctgcgttgag
ttgaagctaaagttggacgttacacatgcagatggagaggccgatctcgattcgtccata
tatcttgatatcaaccctaggggtgtcatgtctagaaatcagcgaagtgttgtctaccag
tataggagcacccagccgatgcgggacaagggcctcgaccagctccccagggagcagcgg
atgaaatacttcaccgccctgtcacaccaactcgccggaagatccatcaccttccaagga
accacatacaagctactgagcgtgctacagacggccatctacggaggggtgtacctcgca
caggtggtcgaatcttcagaggatggtttagtgaacaaaaagaaggccataaaaattctg
tccaaaaatctaatcgaattagcaaaggataaggttcaagaagatccactctcagagtat
cactaccgaaattgtatgagtggacatagtaacatcctcagttgcgataccatttttgac
gacgattattatgtctatatgatcatgccatttgcaatccatggagatctattcgaagtc
atgaagagtcgaagtaaaccattcacagaggaagaagcaaagtatctcttttatcagatc
ctattatcgattaagtttctacattgtaggaaattagctctaagagatatttctctagaa
aatgtacttttatttgaaaatgaaaaaaatggattaatttatcctgttcttaatgaccct
ggacaggcaacctatttcactgtgaacaagaaaaatgaggttaccctcttagagtataca
aaaacttttggaaagatattccgtcctccagaggtttatgagaaatgcaaatatgatccg
acaaaggttgatatgttttgtgttggttatattttatatttttgtttgactaagcaggag
ttgttcaggtgtactttaggcaaggatgtgcattggaatatgttcaaaaggagacagtac
cacgagttgttgagggagaagaaaggactgtacttgtcagaacctgcattagacttcatt
tttcgttgcttagaacccaattttaaaaaaagaattgaaattggagaggcgctgaggcat
ccctggtttaaggggaacttctttccggtgcacaaccagagtttgtttctgcttcgggcg
gagggggcggcagatggggaggacgcggtggacgcgctggatcagcatagcacccccatg
agagaagatcccgcgaaaggagcccccgagcccatcttcaaactctccaaagaaatcgaa
cgatgcgcgaaaaggaagaacgtagctatagacaaaaactccttcatcaaatttagcatc
tacgagcatgtggttgttcctcctcctgccgctcccccccaggtgtacttcagagggggg
aacagcccgtccccttgtttgaacagtacactcaggagggagtaccccccagagtgtgat
gaactccatgcggagggtggccgcatcactgggggcaagcgcgctgaccacacgccaaac
tgggccactcccaagtggacagaccataacagcacctgcaatgggaactccccttacgta
ggaagtcacccgaacgtaggcagtcaccagaaggaggccttccccaccagcctcacaaat
tatcttcgcggcaatgtggccaggggtgctcactacccttccccccacggcatttatgcg
aagcagcctggggttgtgaggaaattacccccttcggtagagaaagcagaatggatcaag
aagtatgatgactcttcctctacccacacgtatcacacaaactggacagaaggagacaag
caaagcacctttcatgactcaccaccaagttgcagcccattgagagataagcccaaatct
aattttataatgagccataaaaaaggtgcatacagaatgatcggaatgaagaggaagaaa
cagaaactaagttatgatgaggaagcggcaggggaagcagaagcggtaggagaagcaaca
gcagcagaagcaacagcagcagaagcaacagcagcagaagcagcaccatccgcagcagca
gaaagaggtggtcgtccctccgttgaaagcccgggcaggagctttcacgtgatggctagg
caggcgttacaaacggaggcacaaggtgatacacccaagacggtgcagaacagccctcac
atgttaagaaatgaagcgaccttcaaggggcgtggactcctgagtatcttcacggagagg
caattacccaatggaggaggactaccaaagaatgggagagtagccaagaatactgattat
ccaattggacatttcgaggaagggtcctttatccatgtggacgagggataccatactggt
tggggaaatatgtcgaggaagaatacccctctagagtggaagaaaaatataagtgaaaaa
ggagttaacaaatgggagagagaccaagccgacatgataatgacgatgcagggaggtggg
taccaaaatggattacttaacattcaacagagggacaatggaaagagagaatatatcgac
catgtgggagagatggcacctcctcagggtgagacatcatgggaggtgaaactcagagat
aggtgtagagacgttcacatgggaggattccaaaacgaggcagaagaagcatacacagtt
gagctggaaggtgttttctcccccatgaatagaagcccactccacgatgtcacagttgta
acaggaggagatactccccaaaaaacagatcggatggatactaaccattcgtatgaaaaa
aatgaagaaacaaaaaataccatccgctataatccaaatggaggaaaaaatggaaacgat
ttttttcatttaaataaagtgatgatcgcagaaagaaacgcaccatacagagtgggtaac
ctgggggaggaagctcctccaaatggactacacaatggtgtagatatccacaggagagta
aaaaggtggtgtagtttgggaggaagggaggtagtctggaatgacttctattctccgaag
ggtgtcttcactccttgcaaagaaaatttgcacagcggggaaagaacaccaagcgtatgt
gcaggtagtcacacagatcaacatcctcatctaggggagtccaaagaaaacgttaaggga
actccatcggatggagaaatccacaagggggaggagttccctccacacagagatgcatcc
tacggctacataaacatgaaggacaaaagggattctccaagattgagttccccatcgtgt
gtgcattccaactgctcatcatcatcgtgcgaggacaactattctgatgtagtaactagc
catgctgaatcactcaaacggtgcgcatccccgaacaagtgtgaagaacagaatcaaacg
ggttctaactcgttcgatagatgtagccagggagagtcaaggcagatgtgcagcattgtg
agtaggagcgcgtcctgttccatggaccaggggaagggaagaacctcgtccgacaattta
attacaactatgtcgtcgtgcttgtccgaggttgacttagaaatagacatggcgaatatg
aaaagggagtgccccactccggatggctccaaggataggacgtgcaccctgcaggggggc
gaggcggctccgatgtgcggtgagatggtgtgtgatgagatggtgtgtgatgagatggtg
tgcggtgagatggtgtgcggtgagatggtgtgcgatgagatggcgtgccgtgagatggcg
tgtggtgagatggcgtgtggtgagatggcgtgtggtgagatgacggatcatagacctctc
tccggtgaaccccacgacgaggaggaagacttcaaagacgcgctggagtacgaactggaa
cacgagctggagagggagatcagggaggaggagcggcaactcgagagagagctggaagtg
gagctggaaacggagatggagaggggagcaaaggtggaagcgggcgttgaatcgggcgtt
gaatcgggcgttgaatcgggcgttgaatcgggcgttgaatcgggcgttgaatcgggcgtt
gaattgggtgttgaatcggacgtgggatcgggcgtggggtatggcgtgaagtcatgcgta
gagttggacggggtgccatatgtagagctagacgttgatccatacgtagatcccgatgcc
gttcggctacatgcggtgtcttcctgcgcatccaacggggggaagctggaccgcaaggag
gcctctgcatgtggaaaggagaaagttagaaacggctcgggtggcacgttgaaggagcag
aatgaatccctgtcagatgtggaaggccaacctgattggtcccccgaatggtccgccgat
tggcccgctgattggcccgctgattggcccgctgattggcccgctgattggcccgctgat
tggcccgctgattggcccgccgaacggtcccccgattggcccccccaatgggaagagggc
aacgcagtgaaggtgcacccaaacaacacatggagccattccactagcaccaaaaaaggg
aaccaagaaattaaaatagcatgtaaaaactcagttagtggtaagaaagcacaacaggta
ggagagcacatggtggaagaagacacgatgaaaaaacgtgaagcagtatctgggatctcg
acaaagagaagaaattctccatgtaagttccacctgagaaaaaaaaaggccaataacaaa
atgaagaaagtgtgtttttcttccaacccagaaaaaaaaaagagcaaaattgtaaggctt
caaaaatgtgtgctcagtgaagggttaaggagcagtcggagtggacctgtaaaagggggg
acccccaaaagtgggatcgccagtaagggggtcgccacaaagggggtcaccaataagggg
gtcaccaataagggcatcgctcataaggggacctccgcaaaggggatcgctaataagggg
acctccgcaaaggggatcgctaataaggggacccccgctgccgagatcggcaccaccggg
accgcgagcagcgccaagccgcaccccttgggcaaacacgcagaagcgcttcatcgaaaa
ggcagggacgaaccgaacgacatgggctccattatcgagtgcacgagtaggaagggggcg
ccccaaacgaaggcgaagatttccagcgagaggaagaagtatttatcgaagcggcacacc
atatcggagctgcgtctgggaggtggcaacatgggcgtcagtatcagcggcagtaccagc
ggtggcatcggcggcaataccagcggtggcatcggcggcaataccagcggcagcatcagc
ggcaaaatccacagtggaaaatcagcaggggggaaaagcactgcactgcatctgcctgac
actaggaccaccgcggaggcgctccgtgacgtggggaagagacataccatttctaacgcg
acgagcgatgggaagggtcgagaaggtgtacaggcacgttcggtgaaaccaaggtgcggt
ggggactatctccccaaggggggcataaggagcatgcagatgctccccgcctcgagggga
acagtcgggaggattagcctgaaagctggtgcgaaggcgggagatggcacccgtggtagt
gtccgcggcggcatccatggtagcacccgtggtagtatccacggcggcgtccgtggcagt
gtcggtggagtgctcgctagccaggtagccaagtggaacggaaaacgtgcagaaacgaaa
acgcaaaggaaccacaaccaggagcacagaacccttgtagaacagcggaaccaaaaggag
ctattcaagaaccatgtggataaagaatttaagcgcaaggaaaaaagcactctcgtagaa
tcgctccgaggtggtgaatcacccacggaggagtcgaccaccatagacggggacagcctc
ctccaagggtttaacaccacagggtattatgcaaatgggggagaggtagatgtggaccac
ggattagctagcgaggatgaagcgcatatagcggctgaaagggaggaaagggatttgctg
aaggatgatttgcccccaatgtgggagagaggtgaactgggcaaacaacacagtgcaggc
gaaagggagcaaggctgccaagaagtgctgccacatgggttagcagcaaatgaggtccct
tcacattgtagaagcggcgtgggtgaaaaaacggccgagcgggtaaagggtagaagcact
aggacggtagggatccctttggggaaggactacacgaaggacaagcccgctttgaggaga
gaccctcgtgtggtggtaacccccagacagctgaaggccaatgtgaagaagcgtccggaa
gagacatcaaggggtagaaggaaagcagatggaaagaccagaatctcgagtgatgagttg
gtactgaatcgatttttggctgagatgggggggcatatccctgaaagggggtccaaacgg
gacagcgtgaagaagggaagctccaaaggtatccaaacgaacaaaggaatcgcacacggg
gaaaggggaaccaatttgataaagcaaaggagttccctgtgtaggagtgtagtgggtagt
caaaggggaaacaacgcgaagggggggacgaaggaggggacgaagcaaaccaagaaaact
gaaagtaggagaacgaaagacggggtagtcaaacgagggggcactgacgtgggggctgct
cagcagggaagcgcggtttactccagtgcagggaaaaaagagagctacctggagaagcga
aaaacttatttgtttttttttaagaggggcttgaaagacaaactggagaaaatgaatcga
aaggcagaagcagaggaaaagcacaggaaaaaggtggggggcattttgcagaagcgagca
gaaatgggtggaagtcgcgttggtggaagtcgcgcgggtggaagccaaacggaggaaagc
cgcgctgatggaaaccgcgctggtggaagccccaccgatggagagaacccaaaagaggag
gaacaaaacaaactatataaaaaagtgaacccaggggaaccgcaggacgtgcccccattg
gaatcaacgaacctgcatgacgagatggcggcatgcagatgcaccccgcaccatcacccg
atccatcacccgacccattaccctcacgtcaatgcaaacggaaaagcaaacggaaaagca
aaagaagtttatttccacagtgggaacaagggtcctatgaatggcagttggcaccaatcg
gttagcggcaatggggtgaaacttcgatctgatgtgacacctacgaggggggacattaac
ctctctgatgcgaggaaggtggaggtgcactttagccacttggactcgaagaatggaagg
agcaatcattccttggggacacgcaacatggctctaagttggaaggacatttcgatttct
cactgcgatcggaaggatggtgaagcgggacatggtgaagcggggcatggtgaagcgagg
catggtgaagcgaagcatggtgaaaccggacatggttcaacgggtccgtcccaaataggt
tctgtaagaactgccaaggaacgggacctagaatccctttcgaggagaaacccagcgacc
gacgcgccttacacagataaggcaaactttcaggggtatgatgtaaaggtacagaagaaa
ggttgcctccccgaggggttaatggaaagagaaagagtttcaaccaaccgggttgcttgt
atgtctgcttcgtattgggaccatccgggtgatgaggggccttcaccccgcgagtggaga
ccgaatgggaagctgtcaaaggggccgatgctgcgtagacggatggtaggtgcatccaag
ggggaaaaaataaaccccatggagacgaccccaatgttggcaggtaggactgacacgaat
gtcgcatgtgaaagcaccactgaggggaaaagcctaactcatggaaatgcaaaaaaggaa
acagaaagagaaaggtataagcaaaaggaaccgaccagttttacacaacaccaaattggt
acaggaagatgcagcaatggtaggacagtggaggcacatgggaatataaagcaggagtgt
ttgtctcatgccaaggaggagaggaaaaaacgccttcttaacttcaacgatgaaatgaga
aggagtggtgagaagaacactctccagatgaaccccaaggtggagagcctttccgtgtgg
tggtcacacatagaacagggtactgacacgtgcctgcaggagagccaagggaaaaaaaaa
caaaatgctacctcatatttgaatttaaagggggacgagatgaagaaaaatttccgttcg
gcccctcacttggttcactttcatccatccaaggttgagtcccacatgccgatgtctgtc
gtaagcccaagaaacgtcactccaggtggtgtgggggtcagtcccgatgtgaaaaaagta
ccaccgattgtgccctgcaacgtaattcagaaggacgagaagcacagggcagggccgttc
agtggtcacgataacgacgcagtcgccaagggggcgaacccaaatggtcgcactcgtaga
gcgtatcatttgcaaggcaggaaccgcttgccaaacgagaatcgcctgccaaacgagaac
cgcttgccaaacgagaatcgcctaccaaacgagaaccgcctaccaaacgagaaccgccta
ccaaacgagaaccgcctaccaaacgagaaccgcctaccaaacgagaaccgcctgccaaac
acgcatcactacggggctcaaaatattttcatcagatgcaacggagagaaggtggcctac
ccaatgggtgatgatgcatatggaaggaggagccaactagagaggaggaaaaatgaccag
acgagagggaaccaaaacgatgcgtatgctcaagtgtttggagctaccaaccaagggggg
acaaataggacctgtatgcctctgcacagaccaattggctacgcagatccgaggcagaca
aagaacaactttatctcaggaaaaaacaaaaagaattccaatttgagtatcttgtggtgg
aagacttag

Смотрим вторичную структуру в компактной форме: 

https://img-fotki.yandex.ru/get/93500/158289418.3f3/0_177ac5_eab47734_orig.png

 Переходим к раскрашенным триплетам (файл triplet-html), из которого выбираем интересный фрагмент:

https://img-fotki.yandex.ru/get/195419/158289418.3f3/0_177ac6_e4ef0fd9_orig.png

 

https://img-fotki.yandex.ru/get/216915/158289418.3f3/0_177ac7_524961bc_orig.png
Форма этой программной спирали напоминает форму сигнала в резонаторе треугольного тока smile

 

http://nanoworld88.narod.ru/data/153_files/0_217c3_278d0414_L.png

 

https://img-fotki.yandex.ru/get/196365/158289418.3f3/0_177ac8_66d1fed8_orig.png
Вид вдоль оси симметрии

***

Исследуем другой интересный фрагмент: 

https://img-fotki.yandex.ru/get/402270/158289418.3f3/0_177acb_747bfdaa_orig.png

 Вторичная структура фрагмента в развёрнутой форме:

https://img-fotki.yandex.ru/get/170749/158289418.3f3/0_177aca_606b092_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/166616/158289418.3f3/0_177acc_21031d88_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/194858/158289418.3f3/0_177ac9_3c2855d2_orig.gif

3D модель перехода программной 31141-спирали в 33114-спираль 

***

Анализируем следующий интересный фрагмент: 

https://img-fotki.yandex.ru/get/242441/158289418.3f3/0_177acd_afaaa8f7_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/106972/158289418.3f3/0_177ace_af01188b_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/195431/158289418.3f3/0_177acf_aa219f5f_orig.png

***

https://img-fotki.yandex.ru/get/216915/158289418.3f3/0_177ad0_ca24ddda_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/169883/158289418.3f3/0_177ad1_164b8005_orig.png

Квадратная программная 33355-спираль нам уже встречалась раньше. 

https://img-fotki.yandex.ru/get/370413/158289418.3f3/0_177ad2_c369bf31_orig.png 


Фрактальные спирали белков и кварков

Посмотрим ещё один интересный фрагмент: 

https://img-fotki.yandex.ru/get/114207/158289418.3f3/0_177ad3_dc903c85_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/198976/158289418.3f3/0_177ad4_beec6a28_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/225650/158289418.3f3/0_177ad5_68076c18_orig.png

Удлиним участок программной  22111-спирали, чтобы посмотреть, как будет выглядеть несколько витков

https://img-fotki.yandex.ru/get/106972/158289418.3f3/0_177ad6_7fdd5a7f_orig.png

Это - фрактальная спираль, т.е. спираль из спирали. Аналогичную структуру имеют кварки:

 

https://img-fotki.yandex.ru/get/105980/158289418.2ae/0_15008c_df8789f2_L.jpg

 

https://img-fotki.yandex.ru/get/114207/158289418.3f3/0_177ad7_d37e6f29_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/225650/158289418.3f3/0_177ad8_701f50ae_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/102548/158289418.3f3/0_177ad9_631ff225_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/233608/158289418.3f3/0_177adb_773b5f39_orig.png

 Обсуждение


 Музыка добелкового мира. 50 000 000 000 000 лет назад

50 триллионов лет назад по биологическим часам...

Музыка ДНК ещё не определена, а кто-то уже продаёт "ДНК-шкатулки": https://www.youtube.com/watch?v=8PmimfEYz3g

А что на самом деле представляет собой музыка ДНК/РНК?

Понятно, что при сборке белковых молекул отзванивают радикалы аминокислот. Но при добавлении нуклеотидов тоже звучит музыка в том же гиперзвуковом диапазоне. Давайте попробуем рассчитать частоты собственных колебаний нуклеотидов по той же формуле Томсона, по которой в 1993-ем году мне удалось рассчитать относительные частоты аминокислотных радикалов.

Формула: Частота равна обратной величине квадратного корня
из суммы произведений массы каждого атома на его расстояние
до точки закрепления.

Здесь данные и расчет резонансных частот аминокислот: http://www.nanoworld.org.ru/data/01/dat … 930219.htm

Давайте по той же методике рассчитаем частоты для нуклеотидов ДНК/РНК

ACGT - 4 нуклеотида ДНК и столько же нуклеотидов РНК. Массы нуклеотидов ДНК и РНК разные, следовательно нот может получиться 8. Но это только основных нот. Ведь в ДНК/РНК встречаются и другие нуклеотиды:

 

http://nanoworld88.narod.ru/data/228_files/0_4854b_e7cfcf19_XL.png

Для начала сделаем упрощённый расчёт. Дело в том, что нуклеотиды состоят из одного атома фосфора, большого количество атомов углерода и небольшого количества атомов азота.
Атомная масса
H 1
C 12
N 14
P 31

Атом фосфора фактически является точкой стыковки нуклеода, поэтому его масса мало влияет на частоту собственных колебаний. Больше всего влияет масса азотистого основания. Именно азотистыми основаниями главным образом и отличаются нуклеотиды друг от друга. Дополнительная OH-группа в РНК понижает частоту. Интересно, на сколько? С этого момента интересно начать оценку относительных частот нуклеотидов.

Для ДНК масса А складывается из 17 углеродоподобных атомов, а для РНК - из 18. 18/17=1.06 (округлённо). До 3 знака это отношение совпадает с музыкальным полутоном! А это значит, что нуклеотиды РНК "звучат" но пол тона ниже, чем нуклеотиды ДНК.

Теперь давайте разберёмся с относительными частотами ACGT.

https://img-fotki.yandex.ru/get/169883/158289418.3f3/0_17794d_a495889f_orig.gif

Для ДНК:

10 атомов аденина + 7 атомов дезоксирибозы = 17
8 атомов цитозина + 7 атомов дезоксирибозы = 15
11 атомов гуанина + 7 атомов дезоксирибозы = 18
8 атомов тимидина + 7 атомов дезоксирибозы = 15

Для РНК:

10 атомов аденина + 8 атомов рибозы = 18
8 атомов цитозина + 8 атомов рибозы = 16
11 атомов гуанина + 8 атомов рибозы = 19
8 атомов урацила + 8 атомов рибозы = 16

Музыкальный ряд получается из 5 нот:

15
16
17
18
19

Эти ноты лежат на шкале частот примерно на октаву ниже, чем ноты аминокислот. Более точное взаимное отношение нот белкового и добелкового миров ещё предстоит рассчитать...

https://img-fotki.yandex.ru/get/97884/158289418.3f3/0_17794e_1abda50b_orig.png
Так может звучать типовой процесс сборки фрагмента ДНК. Процесс транскрипции звучит на полтона ниже.

Открытие музыки ДНК / РНК привело меня к идее создания МИДИ-конвертора, создающего комплементарные ноты музыкального произведения.

 Обсуждение


 Complement-reverse-midi-converter

Материал с форума лаборатории Наномир:

Skype,  

[08.04.2017 13:46:12] Кушелев Александр Юрьевич: Есть идея сделать complement-reverse-midi-converter

[08.04.2017 13:47:12] Кушелев Александр Юрьевич: Алгоритм очень простой. Нужно заменить ноты с номерами n на ноты с номерами 120-n

[08.04.2017 13:48:06] Кушелев Александр Юрьевич: А во второй версии добавить возможность проигрывания наоборот, т.е. ноты с порядковым номером n заменить на ноты с порядковым номером N-n

[08.04.2017 21:22:16] Кушелев Александр Юрьевич: http://nanoworld.org.ru/topic/1662/

Письмо Дидье Маруани / Didier Marouani от Кушелева

Hello, Didier! I have new idea:
Complement-reverse-midi-converter
The algorithm is very simple. It is necessary to replace notes with MIDI-numbers n to notes with MIDI-numbers 120-n
And in the second version to add the ability to play the opposite, i.e. Notes with the serial number n are replaced by notes with the serial number N-n
Details: http://nanoworld.org.ru/post/86311/#p86311

Warm wishes,
Your Alexander Kushelev

*** 

Кушелев: Пока программа Complement-reverse-midi-converter ещё не написана, я решил вручную записать комплементарные ноты для простых музыкальных произведений.

Первое произведение предложил музыкант-профессионал. Оно называется "В лесу родилась ёлочка".

https://img-fotki.yandex.ru/get/196486/158289418.3f3/0_1779b5_649f73a8_L.jpg

Комплементарные ноты, которые получены из первой фразы этого произведения.

Исполняет профессионал (видео): https://cloud.mail.ru/public/6hh1/cdKKPBPgi

https://img-fotki.yandex.ru/get/468374/158289418.3f3/0_1779b6_2b120cd6_M.jpg

Копия на фейсбуке: https://www.facebook.com/10000455610133 … 252110972/

https://img-fotki.yandex.ru/get/235925/158289418.3f3/0_1779b7_efb7b2e9_orig.png

 Комплементарное преобразование нот может сделать ... зеркало!

https://img-fotki.yandex.ru/get/233608/158289418.3f3/0_1779b8_1df7624_L.jpg

 Обсуждение


Уважаемые коллеги! Все, кто помогает создавать пикотехнологию, рубиновую энергетику, поднимает нашу цивилизацию на новую ступень развития. Всех нас можно поздравить с крупным успехом. Эксперименты в США, Германии и в Израиле подтвердили, что мы находимся на верном пути по трём главным научным направлениям лаборатории Наномир.

 

По теме "Рубиновая/микроволновая энергетика и транспорт" осталось сделать последний шаг, включить готовые источники энергии. Конечно, с помощью магнетрона миллиметрового диапазона создать рубиновую энергетику можно за считанные дни, но для этого нужно доделать номинальный ряд эллипсоидов и рубиновый энергетический конструктор.

Спасибо за поддержку! 

 

Что нужно лаборатории для ближайших исследований:

1. Оплатить покупку или аренду измерительной аппаратуры на диапазон от 1.78 до 53 ГГц. (От $1000). Идеальный вариант: http://www.keysight.com/en/pd-460865-pn-E8257D/psg-analog-signal-generator?&cc=RU&lc=rus

2. Начать третий этап создания средства для продления жизни: http://nanoworld.org.ru/topic/818/

Книга "Пикотехнология белков" уже в продаже!

Подробности


Менеджеры, которые найдут заказы на структуры белков, получат 80% от суммы заказа! 

 Приглашение к сотрудничеству

Лаборатория "Наномир" готова к взаимовыгодному сотрудничеству. 

В одиночку внедрить технологии, выводящие цивилизацию на новый уровень,  невозможно. Благодаря поддержке множества заинтересованных людей проделана огромная работа. Ознакомиться с её результатами можно изучив материал рассылки "Новости лаборатории Наномир". Люди науки могут изучить научные труды.

Вклад каждого не останется незамеченным в случае успеха в реализации научных проектов. Результаты совместной деятельности принадлежат участникам проекта пропорционально коэффициентам творческого и финансового участия.

Основные разработки: 

 Микроволновый источник энергии

Работы по созданию новой энергетики (микроволновой) ведутся с 1992 года.

В 2011 году был проведен первый эксперимент в Дубне. В результате было сделано научное открытие, проверена защита диэлектрических резонаторов от перенапряжения. В 2016-ом году свечение одного рубинового шарика было получено уже от импульсного магнетрона.

 

 

Для завершающего этапа исследований по созданию микроволновой энергетики не хватает номинального ряда рубиновых резонаторов, который может быть изготовлен на китайской фабрике. Это стоит на порядок дешевле, чем качественная измерительная аппаратура миллиметрового диапазона.

  "Регенерация репродуктивного возраста"

28 сентября 2011г. в Институте геронтологии (г.Киев) начался эксперимент по созданию "Регенератора репродуктивного возраста". В 2012-ом году мы уже знали, как омолодить лабораторных животных. Это было описано в 281-ом выпуске рассылки "Новости лаборатории Наномир. "Прожиточный минимум вампира"

В 2014-ом году американские ученые смогли реализовать этот вариант омоложения. Тем не менее мы ещё можем успеть первыми создать дешевый регенератор, возвращающий молодость, но для этого необходимо закупить праймеры для идентификации сигналов отключения феноптоза (механизма старения), как это делает эмбрион во время беременности. Если омоложение по-американски обойдётся заказчику в 250-500 долл. ежедневно, то дешёвый вариант омоложения будет стоить всего 20-30 копеек в день.

Программа исследований Презентация Обсуждение

  Пикотехнология 

Созданы первые версии пикотехнологии (выпуски рассылки 212 270 271 272 ), с помощью которой Александр Кушелев и Виктория Соколик сделали более10 научных открытий. Подготовлена к печати монография "Пикотехнология белков".

Виктория Соколик: Уважаемые коллеги, Вашему вниманию предоставляется услуга -- моделирование 2D и 3D структуры любого белка без ограничений в его размере и степени изученности с помощью программного обеспечения, базирующемся на принципиально новом подходе декодирования нуклеотидной последовательности, детерминирующей данный белок.

Всё, что необходимо от заказчика, это нуклеотидная последовательность мРНК интересующего его белка (или код этой нуклеотидной последовательности в EMBL, или хотя бы код самого белка в PDB).

В течение 1-3 суток мы готовы предоставить Вам схему вторичной структуры заказанного белка (2D), модель его пространственной структуры (3D) в виртуальном пространстве, а также файл .pdb с координатами каждого атома белка. 

Файл .pdb может быть использован по аналогии с файлами закристаллизованных белков из PDB банка для дальнейшего конформационного анализа белка методами молекулярной динамики с учётом физико-химической специфики микроокружения белка или его взаимодействия с лигандами.

Таким образом, Вы сможете максимально быстро удобным для Вас способом (по электронной почте, на сайте либо на электронном носителе) получить информацию о структурном шаблоне Вашего белка.

Определены две структуры белка (пробный заказ) для Испанского заказчика.

В книге "Пикотехнология белков" приведены примеры 100 белковых структур

Создаётся онлайн сервис "Определение структуры белка по нуклеотидной последовательности" 

Цена  заказов -- договорная. 

 Сотрудничество может быть различным:

- участие в научных дискуссиях на форуме (конструктивное)

- совместное создание коммерческого продукта

- поиск инвесторов

- выступить менеджером по продаже готовых коммерческих продуктов 

- конструктивные предложения по продвижению идей лаборатории Наномир

- содействие в проведении экспериментов и т.п.

- написание совместных научных статей и т.п.

- материальный вклад (денежный или обеспечение оборудованием и материалами)

 

Пожалуйста, сообщайте о своем вкладе, чтобы мы зачли Вас как партнера лаборатории Наномир.

+7-926-5101703  +7-903-2003424 +7-916-8265031, Skype: Kushelev2009, mail: kushelev20120@yandex.ru

веб-мани: WM-кошелек R426964799301 Другие способы перевода


В избранное