БИОИНФОРМАТИКА

  Все выпуски  

БИОИНФОРМАТИКА Bioinformatics Toolbox


Доброго времени суток Уважаемые Читатели!

С этого выпуска начнется серия рассылок, посвуященных различным инструментам,
применяемым в биоинформатике и медико-биологических исследованиях. В этом выпуске
я представлю общую информацию об интересном и полезном инструменте для работы с
биоинформационными данными - Bioinformatics Toolbox.

Что же такое Bioinformatics Toolbox?

Bioinformatics Toolbox - расширение MATLAB® предоставляющее пользователям
удобную интегрированную программную среду для геномного и протеомного анализа.
Исследователи могут находить ответы на вопросы, решать проблемы, разрабатывать
прототипы новых алгоритмов и создавать приложения для поиска и конструирования
лекарственных препаратов, медико-биологических исследований.

Bioinformatics Toolbox включает множество функций, которые помогут вам в
геномном и протеомном анализе. Многие функции написаны на M-code
(язык программирования MATLAB) с исходным текстом доступным для просмотра. Эта
открытая среда позволяет вам использовать существующие или на их основе
создавать новые алгоритмы.
Вы можете использовать биоинформационные функции для создания комплексных
алгоритмов и приложений.

Все возможности и функции Bioinformatics Toolbox можно объединить в следующие
группы:
∙ Форматы данных и базы данных — Подключение к Web-базам данных с
геномными и протеомными данными. Чтение и конвертация различных форматов
данных.
∙ Анализ последовательности — Определение статистических характеристик
последовательности, выравнивание двух последовательностей и множественное
выравнивание нескольких последовательностей. Моделирование паттернов в
биологических последовательностях с использованием профилей скрытых цепей
Маркова (HMM).
∙ Филогенетический анализ — Создание и манипулирование с
филогенетическими деревьями.
∙ Анализ данных, получаемых с помощью микрочипов — Чтение, нормализация
и визуализация данных, получаемых с микрочипов.
∙ Анализ данных, получаемых с помощью масс-спектрометрии — Анализирование
и обработка данных результатов масс-спектрометрии.
∙ Статистика — Классификация и идентификация признаков в наборах данных
с помощью статистических обучаемых инструментов.
∙ Интерфейс программирования — Использование иного биоинфомационного
программного обеспечения (Bioperl and BioJava) с средой MATLAB.

Область биоинформатики чрезвычайно быстро растет и важна для биологии как
аналитической науки. Bioinformatics Toolbox provides – открытая среда, что
позволяет Вам разрабатывать и распространять инструменты, в которых Вы
нуждаетесь.
∙ Прототипы и алгоритмы разработки — прототипируйте новые идеи в открытой
и расширяемой среде. Разрабатывайте алгоритмы используя эффективные
статистические функции, изучайте код разработанных функций и используйте этот
код в качестве шаблона при создании собственных функций
∙ Визуализация данных — визуализация последовательностей и выравниваний,
данных по экспрессии генов, филогенетических древ, данных масс-спектрометрии,
структуры белков и много другое.
∙ Открытость и возможность распространения приложений — Используя
интерактивный конструктор интерфейса разрабатывайте удобный интерфейс ваших
программ.

В следующих выпусках мы подробно рассмотрим все возможности
Bioinformatics Toolbox!

уважением, Игорь Угаров.

На правах рекламы http://www.xgen.ru

В избранное