| ← Февраль 2012 → | ||||||
|
1
|
2
|
3
|
4
|
5
|
||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
6
|
7
|
9
|
12
|
|||
|
13
|
14
|
15
|
16
|
17
|
18
|
19
|
|
20
|
21
|
22
|
24
|
25
|
||
|
28
|
29
|
|||||
За последние 60 дней 36 выпусков (4-5 раз в неделю)
Сайт рассылки:
http://nanoworld.narod.ru
Открыта:
07-10-2005
Статистика
-1 за неделю
Участвуем в международном конкурсе определения структуры белка CASP10
|
Выпуск 280 Лаборатория Наномир Когда реальность открывает тайны, Участвуем в международном конкурсе определения структуры белка CASP10 Напомню, что в 1998-ом году я предложил организаторам конкурса CASP новый стандарт представления белковых структур, т.к. старый стандарт позволяет лишь различать "спираль"/"не спираль". Это слишком грубо, не позволяет даже теоретически отличать структуры, которые не являются прямой альфа-спиралью. Организаторы CASP отклонили моё предложение в 1998-ом году. В 2011 году я открыл тему "New CASP standard" на форуме FORCASP: http://nanoworld88.narod.ru/forum/casp/index.htm В обсуждении приняло участие 5 специалистов, но администрация CASP через месяц приняла решение уничтожить тему, т.е. сообщения всех участников из разных стран, поэтому нам придется участвовать в конкурсе в рамках устаревшего стандарта, что дает дополнительные возможности для злоупотреблений руководству CASP. Напомню, что в 1998-ом году накануне подведения итогов конкурса 5 лабораторий из 33 неожиданно исчезли из списка участников вместе с их данными, которые накапливались на сервере около полутора месяцев. Вот копия оригинальной таблицы участников 1998 года: http://www.nanoworld.org.ru/data/01/data/e_mail/20010111/cafasp.htm Сегодня на сайте CASP можно видеть другую таблицу: http://predictioncenter.org/casp3/stats/statistics.html В ней Вы не найдёте ни данных, полученных организаторами CASP от лаборатории Наномир, ни даже упоминания об участии лаборатории Наномир в CASP3. Поэтому мы должны быть готовы к "двойным стандартам" и в 2012-ом году. На этот раз на сайте CASP не показан даже список участников конкурса, что открывает полный простор для злоупотреблений. Victoria: Я нашла только список серверов с таблицей результатов:
Каждый участник конкурса может видеть только собственные данные: Если Вы участвуете в конкурсе CASP10, то о Вас никто из участников не знает. И Вы знаете только число участников, но не знаете, кто же участвует в конкурсе вместе с Вами? При такой организации можно любому участнику сказать всё, что угодно, например, "Очень жаль, но Вам не повезло... Снимите с него шкуру!" (из мультфильма "Алёша Попович и Тугарин Змей") Участники могут видеть таблицу входных данных для моделирования. Это - конкурсные аминокислотные последовательности фрагментов белков. Для защиты от произвола организаторов CASP мы решили публиковать наши данные, а именно конкурсные pdb-файлы. FT CDS 1..549 gggcatgttc ttcaattaga gtccgcatcc gacaaggcgc actatattct atctaaagat ggtaacagga ataactggta cattggtaga gggtcagata acaacaatga ctgtaccttc cactcctatg tacatggtac gaccttaaca ctcaagcagg actatgcagt agttaacaaa cacttccacg taggtcaggc cgttgtggcc actgatggta atattcaagg tactaagtgg ggaggtaaat ggctggatgc ttacctacgt gacagcttcg ttgcgaagtc caaggcgtgg actcaggtgt ggtctggtag tgctggcggt ggggtaagtg tgactgtttc acaggatctc cgcttccgca atatctggat taagtgtgcc aacaactctt ggaacttctt ccgtactggc cccgatggaa tctacttcat agcctctgat ggtggatggt tacgattcca aatacactcc aacggtctcg gattcaagaa tattgcagac agtcgttcag tacctaatgc aatcatggtg gagaacgag //
R 0001: http://nanoworld88.narod.ru/pdb/R0001.pdb
pdb-файл целого белка: http://nanoworld88.narod.ru/pdb/20120208_001.pdb Следующее конкурсное задание, R 0005:
Пикотехнологическая модель
Два кадра анимации высокого качества (4000х3000) Конкурсный фрагмент белка R 0005 (PyMOL, mesh)
R 0005 (pdb-файл целого белка): http://nanoworld88.narod.ru/pdb/Human_herpesvirus_3_strain_Dumas.pdb
Victoria: Так моя программа TSP показывает R0005
R 0005 в программе RasTop Подробнее см. на форуме лаборатории Наномир. Victoria: Мне удалось найти нуклеотидную последовательность для R0006: FT CDS 1..588 ATGTTAAAAC AACTACTGAC CGTCGTACTG CTGGCAATCT GCCTCATTAA CGTACAGGCG CAGCAACTGA CTCCTCCCGC CGGAACTTTC CGTCTGGGTA TATCGAAAGG AACCGACAGT CATTGGCTGG CTCCTCAGGA AAAAGTGAAA GGAATCGCTT TCCGGTGGAA AGCCCTGCCG GATACCCGCG GCTTTATTCT CGAAGTAGCG GTCACCTCCT TGCAGCAGGC CGATACCTTA TTCTGGAGCT TCGGAAACTG TCAGCCGGAC ATGGATATAA ACGTGTTCAG TGTAGAAGGG CAAGCCTTCA CCTGTTATTA TGGTGAAAGT ATGAAACTCC GCACCTTGCA GGCGGTCACT CCCACTGACG ATATCCGTTT GAGTAACGGC CGTCAGGACA AGACTCCCCT CTTGCTTTAT GAATCGGGGA AACGAACAGA CCGTCCTGTC CTCGCAGGGC GCTGCCCGCT CGCAGCAAAC AGTAAACTTT ATTTCTGTTT CTACGAGCAA AATGCACGAG CAGATTATAA TTATTTTATG TTGCCGGATC TTTTTGCAAA GATTGATGAA TCTAAACATA GTAAAAAA //
R 0006 (пикотехнологическая модель, 3DS Max)
R0006 (PyMOL, mesh)
Victoria: Программа TSP о белке R0006
R 0006 в программе RasTop Два кадра анимации высокого качества (4000х3000) pdb-файл для R 0006: http://nanoworld88.narod.ru/pdb/Bacteroides_thetaiotaomicron_VPI-5482.pdb
Victoria: R0007 не простой объект ещё и тем, что это изоформа 2 IL-34, а в PDB вся информация только для изоформы 1 этого пептида. Они различаются между собой только единственной аминокислотой (Q), которой нет в 81 позиции в изоформе 1, а значит нет и её кодона в нуклеотидной последовательности. Можно конечно самим вставить любой из двух кодонов глутамина (CAA или CAG), но я переспрошу у организаторов конкурса. Kushelev: Кушелев: Благодарю! Может быть сразу попросить у них нуклеотидные последовательности всех остальных конкурсных белков? Объяснить, как в прошлый раз, что для нашей программы аминокислотная последовательность - ничто. Victoria: Вариант1 (САА) нуклеотидной последовательности для R0007: FT CDS 1..483 AATGAGGAGT GCACTGTCAC GGGTTTTCTG CGGGACAAGC TGCAGTACAG GAGCCGACTT CAGTACATGA AACACTACTT CCCCATCAAC TACAAGATCA GTGTGCCTTA CGAGGGGGTG TTCAGAATCG CCAACGTCAC CAGGCTGCAA AGGGCCCAGG TGAGCGAGCG GGAGCTGCGG TATCTGTGGG TCTTGGTGAG CCTCAGTGCC ACTGAGTCGG TGCAGGACGT GCTGCTCGAG GGCCACCCAT CCTGGAAGTA CCTGCAGGAG GTGCAGACGC TGCTGCTGAA TGTCCAGCAG GGCCTCACGG ATGTGGAGGT CAGCCCCAAG GTGGAATCCG TGTTGTCCCT CTTGAATGCC CCAGGGCCAA ACCTGAAGCT GGTGCGGCCC AAAGCCCTGC TGGACAACTG CTTCCGGGTC ATGGAGCTGC TGTACTGCTC CTGCTGTAAA CAAAGCTCCG TCCTAAACTG GCAGGACTGT GAG // Вариант 2 (САG) нуклеотидной последовательности для R0007: FT CDS 1..483 AATGAGGAGT GCACTGTCAC GGGTTTTCTG CGGGACAAGC TGCAGTACAG GAGCCGACTT CAGTACATGA AACACTACTT CCCCATCAAC TACAAGATCA GTGTGCCTTA CGAGGGGGTG TTCAGAATCG CCAACGTCAC CAGGCTGCAG AGGGCCCAGG TGAGCGAGCG GGAGCTGCGG TATCTGTGGG TCTTGGTGAG CCTCAGTGCC ACTGAGTCGG TGCAGGACGT GCTGCTCGAG GGCCACCCAT CCTGGAAGTA CCTGCAGGAG GTGCAGACGC TGCTGCTGAA TGTCCAGCAG GGCCTCACGG ATGTGGAGGT CAGCCCCAAG GTGGAATCCG TGTTGTCCCT CTTGAATGCC CCAGGGCCAA ACCTGAAGCT GGTGCGGCCC AAAGCCCTGC TGGACAACTG CTTCCGGGTC ATGGAGCTGC TGTACTGCTC CTGCTGTAAA CAAAGCTCCG TCCTAAACTG GCAGGACTGT GAG // У нас есть ещё время (почти месяц), чтобы найти в инете или уточнить у организаторов каким из кодонов кодируется этот злополучный глутамин во второй изоформе интерлейкина 34 и выбрать нужный вариант для R0007. В самом крайнем случае есть возможность представить несколько моделей в виде нескольких вариантов файлов PDB, поэтому отправим оба варианта для R0007. Kushelev: OK! Кстати, вероятно, можно будет по форме модели догадаться, какой из 2 вариантов правильный Victoria: Загрузила на сайте CASP PDB файл для R0006. Кушелев: Благодарю! Сохраняйте, пожалуйста, копии странички после каждой загрузки нового файла. Если у нас будут "все ходы записаны", то в случае, если нас выкинут из списка участников, об этом будем знать не только мы с Вами Первый вариант (слева) и второй вариант (справа) R0007. Kushelev: Очевидно, что правильным является первый вариант. Два кадра анимации высокого качества (4000х3000) Координаты для pdb-файла R 0007: http://nanoworld88.narod.ru/pdb/R0007_01.pdb За развитием событий следите на форуме лаборатории Наномир... Приглашение к сотрудничеству для людей умеющих самостоятельно мыслить; не просто умных, а мудрых, которые чувствуют, где истинаЛаборатория Наномир готова к любому взаимовыгодному сотрудничеству. У нас есть сторонники как явные, которые помогают морально и материально, есть очень много пассивных наблюдателей, есть и ярые противники, которые используют любые методы и средства (аморальные и просто преступные), чтобы уничтожить работу лаборатории и дискредитировать ее. В одиночку внедрить технологии, выводящие цивилизацию на новый уровень,
невозможно. Благодаря поддержке множества заинтересованных людей проделана огромная работа. Ознакомиться с её результатами можно изучив материал рассылки "Новости лаборатории Наномир". Люди науки могут изучить научные труды. Вклад каждого не останется незамеченным в случае успеха в реализации научных проектов. Результаты совместной деятельности принадлежат участникам проекта пропорционально коэффициентам творческого и финансового участия. Основные разработки: Микроволновый источник энергии В 2011 году были куплены рубиновые шарики для эксперимента на сумму ~1000 долл. В результате было сделано научное открытие, проверена защита диэлектрических резонаторов от перенапряжения. В этом году, вероятно, можно будет создать микроволновую энергетику, т.к. удалось найти сырьё (рубин #8), из которого сделаны рубиновые шарики для эксперимента в Дубне. Параллельно началась серия экспериментов на ускорителе "B" в диапазоне 20 ... 140 ГГц. "Эликсир вечной молодости" 28 сентября 2011г. в институте геронтологии (г.Киев) начался эксперимент по созданию "эликсира вечной молодости". Благодаря первому взносу (в размере 500 долларов) Золдракса и поддержке других соинвесторов. Продолжаются переговоры с потенциальными инвесторами по поводу финансирования этого проекта. Программа исследований Презентация Пикотехнология Созданы первые версии пикотехнологии (выпуски рассылки 212 270 271 272 ), с помощью которой Александр Кушелев и Виктория Соколик сделали более10 научных открытий. Виктория Соколик: Уважаемые коллеги, Вашему вниманию предоставляется услуга -- моделирование 2D и 3D структуры любого белка без ограничений в его размере и степени изученности с помощью программного обеспечения, базирующемся на принципиально новом подходе декодирования нуклеотидной последовательности, детерминирующей данный белок. Всё, что необходимо от заказчика, это нуклеотидная последовательность мРНК интересующего его белка (или код этой нуклеотидной последовательности в EMBL, или хотя бы код самого белка в PDB). В течение 1-3 суток мы готовы предоставить Вам схему вторичной структуры заказанного белка (2D), модель его пространственной структуры (3D) в виртуальном пространстве, а также файл .pdb с координатами каждого атома белка. Файл .pdb может быть использован по аналогии с файлами закристаллизованных белков из PDB банка для дальнейшего конформационного анализа белка методами молекулярной динамики с учётом физико-химической специфики микроокружения белка или его взаимодействия с лигандами. Таким образом, Вы сможете максимально быстро удобным для Вас способом (по электронной почте, на сайте либо на электронном носителе) получить информацию о структурном шаблоне Вашего белка. Первые 10 заказов -- бесплатно . Цена следующих заказов -- договорная. Сотрудничество может быть различным: - участие в научных дискуссиях на форуме (конструктивное) - совместное создание коммерческого продукта - поиск инвесторов - выступить менеджером по продаже готовых коммерческих продуктов - конструктивные предложения по продвижению идей лаборатории Наномир - содействие в проведении экспериментов
и т.п. - написание совместных научных статей и т.п. - материальный вклад (денежный или обеспечение оборудованием и материалами) Пожалуйста, сообщайте о своем вкладе, чтобы мы зачли Вас как партнера лаборатории Наномир. +7-926-5101703, +7-903-2003424, +7-916-8265031, Skype: Kushelev2009, mail: kushelev2011@yandex.ru веб-мани: WM-кошелек R426964799301
|
| В избранное | ||
