| ← Март 2012 → | ||||||
|
1
|
2
|
4
|
||||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
5
|
6
|
7
|
9
|
10
|
11
|
|
|
12
|
13
|
14
|
15
|
16
|
17
|
18
|
|
19
|
20
|
21
|
22
|
23
|
24
|
|
|
26
|
27
|
28
|
30
|
31
|
||
За последние 60 дней 35 выпусков (4-5 раз в неделю)
Сайт рассылки:
http://nanoworld.narod.ru
Открыта:
07-10-2005
Статистика
-1 за неделю
Цикл окситоцина / вазопрессина / инсулина ...
|
Выпуск 285 Лаборатория Наномир Когда реальность открывает тайны, Цикл окситоцина / вазопрессина / инсулина ... Соберём модель инсулинового цикла из 6 аминокислотных остатков..
На модель одного аминокислотного остатка нам понадобится 10+6+5 = 21 кольцо (без радикала)
Так выглядит модель радикала лейцина.
Модели всех аминокислотных остатков готовы
Можно приступать к сборке модели цикла из 6 аминокислотных остатков
Модель цикла готова Модель цикла из 6 аминокислотных остатков (видео) Остальные кадры высокого качества можно посмотреть в фотоальбоме Но ... это не той формы цикл, который я собирал в 1992-ом году...   Так что сейчас мы переделаем модель и сравним структуру двух разных циклов из 6 аминокислотных остатков. Возможно, что в разных белках реализуются 6-членные циклы разной формы, которые соответствуют разным композиционным кодам... Альтернативный цикл из 6 аминокислотных остатков соответствует композиционному коду: x23332
Альтернативная пикотехнологическая модель цикла из 6 аминокислотных остатков (видео) Другие кадры высокого качества можно посмотреть в фотоальбоме Обратите внимание на то, что оба цистеина находятся в положении, соответствующем композиционному коду 2. А в нуклеотидной последовательности мы видим триплеты tgt, которые соответствуют композиционному коду 3. В 1992-ом году это обстоятельство поставило меня в тупик. В конце концов я догадался, что окситоцин, вероятно, модифицируется после сборки рибосомой, поэтому его нуклеотидная последовательность непригодна для составления таблицы композиционного генетического кода.  Скрипт строит ненапряжённую структуру, где радикалы цистеинов находятся друг от друга на расстоянии около двух атомных диаметров. Однако пластмассовая модель показывает, что этот цикл может замкнуться за счёт изменения транспозиционных углов. При этом получается напряжённая конструкция... Цикл окситоцина / вазопрессина / инсулина в программе RasTop Материал с форума лаборатории Наномир:
Victoria: Чем хуже модель радикала аргинина 1 по сравнению с 2. Почему не имеет место быть линейная форма соединения метильных групп в радикале? Кушелев: Модель аргинина-top ( Arg_top/R по коду cgc ) и аргинина-bottom ( Arg_bottom/R по коду agg ) Kushelev: Уважаемая Виктория!Victoria: Ещё нет. А это Вам радикал метионина лично подсказал, что он должен замыкать цикл через кислород группы СО собственной аминокислоты? Первый раз вижу такую оригинальную трактовку радикала. В моей модели он самым скромным образом ориентирован вниз (хвостиком ) как и в большинстве остальных аминокислот. Кушелев: Давайте рассуждать. Каждый радикал должен выполнять специфическую функцию, иначе зачем нужны РАЗНЫЕ радикалы? Далее начинаем анализировать доступную информацию. Известно, что в том месте, где установлен метионин, альфа-спираль гнётся. Предположим, что спираль гнётся из-за того, что радикал метионина подкладывает дополнительную группу CH3 между кислородом собственной группы СО и азотом аминокислотного остатка следующего витка спирали. Далее идёт проверка. Проверка показывает, что конец радикала, группа CH3 точь-в-точь дотягивается до атома кислорода, причём вставляет группу CH3 под нужным углом. Если же следовать материалам устаревших учебников, то радикал метионина не влияет на ход альфа-спирали. А следовательно материал устаревшего учебника противоречит новым экспериментальным данным. Согласны? Victoria: Я не привыкла верить голословным заверениям, поэтому будьте добры дайте ссылку на информацию о том, что спирали гнутся на метионине. Кушелев: Мне об этом сказал молекулярный биолог, профессор из МГУ около 10 лет тому назад. Я думаю, что эта информация уже должна быть опубликована в научных статьях. Я показал ему кольцегранную модель белка troponin-C. Он сильно удивился, глядя на мою пластмассовую модель, изготовленную из ~8000 колец. Я притащил её в МГУ... "Как Вам удалось даже излом альфа-спирали получить?", - сказал он. "У Вас альфа-спираль как и в реальном белке гнётся на глицине. Некоторые спирали гнутся на метионине."Я объяснил ему, что глицин установлен под кодом 310-спирали, поэтому он и гнёт альфа-спираль. А про метионин я запомнил... Кушелев: Уважаемая Виктория!
 A или B ? Вариант А - тетраэдрические углы, с помощью которых альфа-спираль не построить. Вариант B - ацетальные углы, с помощью которых можно построить альфа-спираль, 310-спираль, бета-спираль и пи-спираль. Victoria: Конечно: во всех трёх вариантах углы -- ТЕТРАЭДРИЧЕСКИЕ, т.е. это октаэдрическое и кольцегранное представление одного и того же. Поэтому я выбираю все три варианта, из которых одинаково хорошо получаются вторичные структуры белка. Если Вас это не убеждает, посмотрите спираль, которая смоделирована вручную из октаэдрических моделей или напишите скрипт для этой спирали, тогда длина всех межвитковых водородных связей будет как в жизни различаться не более чем на 0,1%. Кушелев: Поверьте, мне очень хотелось, чтобы Вы были правы, но из тетраэдрических углов ацетальный угол не получается: Конечно, из тетраэдров можно составить плоскую фигуру, но угол в этой фигуре будет образован двумя тетраэдрическими углами. Ацетальный угол ДРУГОЙ! Victoria: ... вторичные структуры белка не нуждаются в "другом (?) ацетальном угле", поскольку обходятся тетраэдрическими.
Кушелев: Вы видите отличие модели A от модели B на Вашей иллюстриции по угловым и линейным величинам? Если нужно, то могу показать... Продолжаем создавать новую версию программы Пикотех...
Скрипт Матлаба двигает модели аминокислотных остатков на нужные расстояния и в нужном направлении. Осталось подобрать начальное положение модели аминокислотного остатка, чтобы стыки были минимальны...
Эта последовательность точек получена с помощью скрипта: px = #() -- peptide = point pos:[0,0,0] box:false wirecolor:green name:"rotmatrixPoint00" size:1; Converttomesh peptide px[1] = 0 Осталось научиться правильно поворачивать элементы массива, и у нас получится скрипт для генерации pdb-файлов гигантских белков... Продолжаем участвовать в международном конкурсе CASP10
 R00010 Координаты для pdb-файла: ATOM 1 N VAL A 1 13.372 6.027 7.830 1.00 0.50 A N ...  R00013 Координаты для pdb-файла: ATOM 1
N ASP A 1 22.107 -22.024 7.971 1.00 0.50 A N ...  R00014 Координаты для pdb-файла: ATOM 1
N PRO A 1 3.322 -2.096 -13.289 1.00 0.50 A N ... Victoria: Загрузила файлы на сайт CASP ROLL:
Вести из Дубны 2012-03-03 17:42 Телефонограмма: Кушелев: Здравствуйте, *****! Каков Ваш прогноз по поводу эксперимента? Специалист: Планируем включить ускоритель в начале апреля. Кушелев: Прогноз благоприятный? Специалист: Если не будет непредвиденных обстоятельств, то сможем начать эксперимент в начале апреля. Кушелев: А мы пытаемся начать эксперименты в микроволновой печи с эллипсоидальным резонатором из сапфира. Специалист: Мы тоже некоторые эксперименты проводим с помощью микроволновки. Есть такие эксперименты, которые в микроволновке получаются, а на ускорителе не получаются... Кушелев: Ну что же, удачи. До связи. Специалист: До связи. Эллипсоидальный сапфировый резонатор... Каменные шары - элементы фрактальной резонансной системы треугольного тока?! В Мексике (Моераки, Коста-Рики и др.) обнаружены каменные шары кратного диаметра, например, 1.8 и 3.6 метра, причём одинаковые с точностью до миллиметра... Я предполагаю, что кратные размеры означают использование каменных шаров в качестве элементов диэлектрического резонатора треугольного тока смещения, т.к. кратность размеров элементов может означать кратность длины волны фрактальной диэлектрической резонансной системы. Письмо в Екатеринбург
Уважаемая Валентина Мефодьевна, Ваш воспитанник, Даниил Шостин, не только изобрёл новый конструктор, но фактически совершил технологический прорыв ( сам о том не подозревая). Я утверждаю это, потому что более 30-ти лет работаю в направлении объяснения законов микромира с позиций «новой физики». Особое, можно сказать, принципиальное значение при этом имеет база моделей визуального восприятия строения вещества. Самым поразительным является то, что в нашей лаборатории был создан похожий конструктор (но с другим типом крепления). Цели его создания были совсем иными, чем у Даниила – это моделирование объектов микромира. С помощью этого конструктора сделан целый ряд открытий, которые опубликованы в научных, научно-популярных журналах, сети интернет, вышло несколько телепередач. Конструктор Даниила Шостина фактически является разновидностью пикотехнологического конструктора, который поможет школьникам, студентам и ученым В свое время нам удалось разработать комплект учебных пособий, иллюстрирующих объекты микромира, модели которого мы назвали «пикотехнологическими». Эти материалы, а также Энциклопедию «Формы, механизмы, энергия наномира», Возвращаясь к выдающейся идее Даниила Шостина , хочу предложить Вам возможность ее популяризации. Одним из способов может быть организация интернет-трансляции «Екатеринбург- Москва», в ходе которой, любознательные участники смогут задать вопросы Даниилу и тем, кто помог ему в оформлении идеи, а также приобщиться и узнать ход и образ мыслей, способ мышления, приведшие к успеху. По моему мнению, это начинание будет способствовать процессу восстановления интеллектуальной среды, формирующей духовный остов взрослеющей личности. Разумеется, это не может быть попыткой формирования новой моды или тренда, как принято сейчас выражаться, но должно отвечать глубинным запросам духа части нашей молодежи. Кроме того, мы должны осознавать необходимость активного сопротивления политике примитивизации внутреннего мира человека, плоды которой мы наблюдаем в виде массового отъезда одаренных молодых людей из страны, отторгающей их интеллектуальную необычность … Надеюсь, что мое предложение будет позитивно воспринято Вами, и мы сможем, совместными усилиями, осуществить его. Руководитель лаборатории Наномир, Александр Кушелев
Кушелев: Даниил Шостин создал разновидность пикотехнологического конструктора, который дополняет учебные пособия с пикотехнологическими моделями, которые Вы видите на плакатах. Изюминка открытия Даниила Шостина заключена в распределённой нагрузке на кольцевые элементы конструктора. Именно поэтому он не разваливается, как случается с классическими конструкторами, где нагрузка приходится на миниатюрные элементы соединения. Suo: ... а как выглядит атом в возбужденном состоянии в системе "кольцегранной модели", когда валентный электрон занял положение следующего энергетического уровня? Кушелев: А это показано в 153-ем выпуске рассылки "Новости лаборатории Наномир":http://nanoworld88.narod.ru/data/153.htm
Suo: ... атом еще никто глазами не видел и не увидит, и не проверит как там на самом деле Кушелев: Человек видит не глазами, а мозгом. Есть результаты модельных экспериментов, которые позволяют увидеть кольцегранные электронные оболочки атомов, молекул и кристаллов. Это независимо удалось сделать Збигневу Огжевальскому, Кеннету Снельсону и мне (Александру Кушелеву) с Дмитрием Кожевниковым. И те изображения микрообъектов, которые получают сегодня с помощью электронных и туннельных микроскопов, тоже являются
фактически результатами экспериментов за пределами отпического диапазона. Тем не менее данные вполне очевидны Suo: А чем вам не "нравится" орбитальная модель? Кушелев: Она противоречит классической электродинамике. Ускоренно движущийся электрон излучает. Это можно наблюдать, например, в циклотроне:
А раз электрон в атоме не излучает, значит он не движется с ускорением. Поэтому нужно перейти от ошибочной (орбитальной), искусственной (с постулатами Бора) к классической кольцегранной модели атома. Более того, этот переход уже произошёл на уровне министерства образования и науки России:
Уважаемый =Главком= ! http://img-fotki.yandex.ru/get/4709/126 … 36514_orig Во время интернет-трансляции их можно повесить в 9-ой школе Екатеринбурга. А когда мы приедем из Москвы в Екатеринбург, мы привезём полный комплект плакатов (16 штук) по неорганической химии, а может быть и второй комплект (ещё 16 штук) по органической химии. Методическое пособие к плакатам можно распечатать на обычном принтере в текстовом формате: http://www.nanoworld.org.ru/data/200511 … 0203/2.htm
заказ Канцеляр Групп 2012-03-01 в 15:34 Александр, добрый день! К сожалению, продажи этого товара прекращены. С уважением, офис-менеджер ООО "ГК Канцеляр Групп" Кушелев: Кончились учебные пособия по 2000 рублей за комплект... Suo: ... как будет выглядеть в кольцегранной модели атом водорода с электороном на 2-м возбужденном энергетическом уровне (с энергией -1,51 эВ)? Кушелев:
Вы найдёте воксельный портрет электрона и атома гелия Cyrtodactylus irianjayaen: ЗАЧЕМ это всё 9 школе надо??? это же школа а не универсиетет.... детям атомы мягко говоря до лампочки... Кушелев: Дети бывают разные. Например, Даниил Шостин, ученик 9-ой школы Екатеринбурга изобрёл и запатентовал(!) конструктор, который оказался разновидностью пикотехнологического конструктора, в который могут играть не только дети, но и физики, химики, биологи... Кстати, Вы в курсе, что физиками, химиками, биологами... не рождаются. Ими становятся. Вы в курсе, что структуру атома изучают в ШКОЛЕ? Эти учебные пособия созданы именно для школ
Первые 3000 школ России уже получили новые учебные пособия:http://nanoworld88.narod.ru/data/250.htm diprospan: А не проще ли просто спросить у самого Данила, как лучше осветитьи преподнести материал, может что современного подскажет. Данил Шостин Skype: Captain_girafe  Орден священного сокровища получен от богов?! Кушелев: Это - копия источника энергии. "Нагрудная вечная лампочка" "Очарованная планета", фильм 13 Ничейные сферы Игорь: "Гора Амеко в Мексике предлагает нам удивительный вид с высоты птичьего полёта. Почти тысяча камней сферической формы, почти в 20 тонн, занимают горные склоны на возвышенностях. В течении многих лет об их существовании знали лишь местные аборигены. В середине шестидесятых их открыл один американец. После этого, сферы захватили внимание геологов и вулканологов, которые продолжают их изучать, не пытаясь разгадать их загадочное происхождение." Кушелев: Да... Классный фильм. Правда, почему-то ребята не добрались до шаров на берегу океана, некоторые из которых разбиты, и видна внутренняя структура:
И ничего не сказали о связи каменных шаров с другими мегалитическими комплексами:
Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/264.htm Как плавать с помощью летательных браслетов?
Вообще-то летательные браслеты нужны для того, чтобы летать, но если они водонепроницаемые, то с ними и плавать можно быстро... Нужно ли космонавтам избавляться от "пуповины"?
Первые скафандры космонавтов очень напоминали эту фотографию. Обеспечить жизнь в открытом космосе без "пуповины" казалось немыслимым мероприятием. Тем не менее, автономные системы жизнеобеспечения были созданы. Космонавты смогли избавиться от "пуповины", и начали "самостоятельную", независимую (некоторое время) от космической станции жизнь... Совершенствование скафандров приведёт к тонким и элластичным одеждам с автономными источниками энергии, распределёнными по поверхности тела. Главная проблема - как дышать в безвоздушном пространстве? В атмосфере планеты, даже если она не очень подходит для дыхания, можно использовать миниатюрные кондиционеры. В безвоздушном пространстве кондиционеры должны быть полностью автономными. Выдыхать придётся в некий мешок, где состав воздуха будет восстанавливаться, чтобы он стал пригодным для вдоха. Затем объём этого "мешка" будет уменьшаться за счёт сжатия воздушной смеси. В конце-концов девайс станет похожим на нос клоуна, в котором будет находиться кондиционер и хранилище воздуха. Костюм при этом должен поддерживать давление на поверхность тела, иначе кровь просто закипит... "По образу и подобию слепого творца..."
Предки людей рождались слепыми. А предки предков ... глухими. А предки предков предков ... вообще не рождались Инвесторы поднимают лабораторию Наномир...
 Благодаря инвесторам лаборатория Наномир "оживает"  Судьба учёного... Георгий Шишков: Интересный журнал "Знание-Сила"! http://www.znanie-sila.ru/golden/issue_7.html Кушелев: Крутая статья... Приглашение к сотрудничеству для людей умеющих самостоятельно мыслить; не просто умных, а мудрых, которые чувствуют, где истинаЛаборатория Наномир готова к любому взаимовыгодному сотрудничеству. У нас есть сторонники как явные, которые помогают морально и материально, есть очень много пассивных наблюдателей, есть и ярые противники, которые используют любые методы и средства (аморальные и просто преступные), чтобы уничтожить работу лаборатории и дискредитировать ее. В одиночку внедрить технологии, выводящие цивилизацию на новый уровень, невозможно. Благодаря поддержке множества заинтересованных людей проделана огромная работа. Ознакомиться с её результатами можно изучив материал рассылки "Новости лаборатории Наномир". Люди науки могут изучить научные труды. Вклад каждого не останется незамеченным в случае успеха в реализации научных проектов. Результаты совместной деятельности принадлежат участникам проекта пропорционально коэффициентам творческого и финансового участия. Основные разработки: Микроволновый источник энергии В 2011 году были куплены рубиновые шарики для эксперимента на сумму ~1000 долл. В результате было сделано научное открытие, проверена защита диэлектрических резонаторов от перенапряжения. В этом году, вероятно, можно будет создать микроволновую энергетику, т.к. удалось найти сырьё (рубин #8), из которого сделаны рубиновые шарики для эксперимента в Дубне. Параллельно началась серия экспериментов на ускорителе "B" в диапазоне 20 ... 140 ГГц. "Эликсир вечной молодости" 28 сентября 2011г. в институте геронтологии (г.Киев) начался эксперимент по созданию "эликсира вечной молодости". Благодаря первому взносу (в размере 500 долларов) Золдракса и поддержке других соинвесторов. Продолжаются переговоры с потенциальными инвесторами по поводу финансирования этого проекта. Программа исследований Презентация Пикотехнология Созданы первые версии пикотехнологии (выпуски рассылки 212 270 271 272 ), с помощью которой Александр Кушелев и Виктория Соколик сделали более10 научных открытий. Виктория Соколик: Уважаемые коллеги, Вашему вниманию предоставляется услуга -- моделирование 2D и 3D структуры любого белка без ограничений в его размере и степени изученности с помощью программного обеспечения, базирующемся на принципиально новом подходе декодирования нуклеотидной последовательности, детерминирующей данный белок. Всё, что необходимо от заказчика, это нуклеотидная последовательность мРНК интересующего его белка (или код этой нуклеотидной последовательности в EMBL, или хотя бы код самого белка в PDB). В течение 1-3 суток мы готовы предоставить Вам схему вторичной структуры заказанного белка (2D), модель его пространственной структуры (3D) в виртуальном пространстве, а также файл .pdb с координатами каждого атома белка. Файл .pdb может быть использован по аналогии с файлами закристаллизованных белков из PDB банка для дальнейшего конформационного анализа белка методами молекулярной динамики с учётом физико-химической специфики микроокружения белка или его взаимодействия с лигандами. Таким образом, Вы сможете максимально быстро удобным для Вас способом (по электронной почте, на сайте либо на электронном носителе) получить информацию о структурном шаблоне Вашего белка. Первые 10 заказов -- бесплатно . Цена следующих заказов -- договорная. Сотрудничество может быть различным: - участие в научных дискуссиях на форуме (конструктивное) - совместное создание коммерческого продукта - поиск инвесторов - выступить менеджером по продаже готовых коммерческих продуктов - конструктивные предложения по продвижению идей лаборатории Наномир - содействие в проведении экспериментов
и т.п. - написание совместных научных статей и т.п. - материальный вклад (денежный или обеспечение оборудованием и материалами)
Пожалуйста, сообщайте о своем вкладе, чтобы мы зачли Вас как партнера лаборатории Наномир. +7-926-5101703, +7-903-2003424, +7-916-8265031, Skype: Kushelev2009, mail: kushelev2011@yandex.ru веб-мани: WM-кошелек R426964799301
|
Кушелев: 
Cyrtodactylus
irianjayaen
| В избранное | ||
