Отправляет email-рассылки с помощью сервиса Sendsay

Новости лаборатории Наномир

  Все выпуски  

599 Ключи от генома найдены!


Выпуск 599

Лаборатория Наномир

Когда реальность открывает тайны,
уходят в тень и  меркнут чудеса ...

 Ключи от генома найдены!

Кушелев: Мне удалось найти несколько экзотических белков в геноме Symbiodinium microadriaticum: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1129213514

Здесь можно посмотреть эти структуры: http://nanoworld.org.ru/topic/297/page/90/

Вот одна из них:


После того, как я обнаружил сразу несколько экзотических белков, у меня появилась идея загрузить в программу определения вторичной структуры весь геном: https://cloud.mail.ru/public/LmFt/zSUrH964q

Вы видите два html-файла. Один из них - результат обработки прямой последовательности:

https://cloud.mail.ru/public/5tS7/qkejbF2XG

Второй - результат обработки комплементарной последовательности:

https://cloud.mail.ru/public/4Vf8/Mh8y7bPTg

Что же мы видим?

https://img-fotki.yandex.ru/get/201221/158289418.3f1/0_1777b5_ba8928e9_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/113457/158289418.3f1/0_1777b6_caceab61_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/233608/158289418.3f1/0_1777b7_7b2f037a_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/55918/158289418.3f1/0_1777b8_e2f152f3_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/218579/158289418.3f1/0_1777b9_edc186f0_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/196631/158289418.3f1/0_1777bc_eb32eacb_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/198361/158289418.3f1/0_1777c3_1cd181cf_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/169883/158289418.3f1/0_1777bf_f8286553_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/197102/158289418.3f1/0_177800_8ea562c3_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/96803/158289418.3f1/0_177805_29749c85_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/479589/158289418.3f2/0_177814_e03a79eb_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/194835/158289418.3f2/0_177815_89b79ce7_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/93500/158289418.3f2/0_177817_9439787f_orig.png

Черные поля - стоп-кодоны. Это значит, что эту часть кода нужно читать либо со сдвигом рамки считывания, либо в виде комплементарной последовательности. И ещё не нужно забывать про сплайсинг... 

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/251308/158289418.3f2/0_17781a_a3a926bd_orig.png

************

https://img-fotki.yandex.ru/get/246231/158289418.3f2/0_17781f_d7dabbbd_orig.png

Это и есть ключи от генома!

Достаточно набрать поиск по характерной последовательности, и команда "найти" в браузере покажет Вам CDS с интересующим Вас кодом белка. Конечно, не все ключи соответствуют белкам, но существенная часть соответствует. Это видно невооружённым взглядом smile

Более того, если Вы не нашли по ключу белок в данном геноме, то у Вас есть много шансов найти его в базе данных EMBL, например, с помощью системы BLAST: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov

Проверим? 

 https://img-fotki.yandex.ru/get/246231/158289418.3f2/0_17781f_d7dabbbd_orig.png

 Возьмём типовой ключ.

 

 Мы видим участок генома Symbiodinium microadriaticum и соответствующую вторичную структуру белка в компактной и развёрнутой форме.

В геноме организма Symbiodinium microadriaticum не удалось обнаружить ни одной структуры белка с такой аминокислотной последовательностью. Тогда будем искать в базе EMBLhttps://blast.ncbi.nlm.nih.gov

последовательность: VGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWLVGWL

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1129202806

>ENA|OLQ05543|259 nucleotides (fragment)
ttattggttggttggttggttggtcggtcggttggttggctgattggctggttggctggt
tggtgggttggtgggttggtgggttggttggttggttggttggttggttggttggttggt
tggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggt
tggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggttggt
ttggttggttggttggttg

 

https://img-fotki.yandex.ru/get/59572/158289418.3f2/0_1778fb_6b8c5e0b_orig.gif

https://img-fotki.yandex.ru/get/242441/158289418.3f2/0_1778fc_f2050cd_orig.png

Сборка белка производится под гармоничную музыку 

 

https://img-fotki.yandex.ru/get/169883/158289418.3f2/0_1778fd_685b1548_orig.gif

https://img-fotki.yandex.ru/get/228104/158289418.3f2/0_177906_df4150ff_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/467152/158289418.3f2/0_177905_ce103f86_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/195694/158289418.3f2/0_1778ff_81599ecf_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/9092/158289418.3f2/0_177900_eca5f3ef_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/101645/158289418.3f2/0_177901_13eb45ad_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/249078/158289418.3f2/0_177902_efd7a6b1_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/59572/158289418.3f2/0_177903_8a8730c3_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/198786/158289418.3f2/0_177904_fc452cad_orig.png

 Давайте попробуем ещё. Ищем: WMDGWMDGWMDGWMDGWMDG

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/925680792 

http://www.uniprot.org/uniprot/Q11116

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/CCD62743

>ENA|CCD62743|CCD62743.5 Caenorhabditis elegans Uncharacterized protein 
ATGGAAGTATCAGGACGATTGGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGA
TGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGGTGGATTGGGACGATCGGAAGGGATTCGG
GACTAG

https://img-fotki.yandex.ru/get/198303/158289418.3f2/0_17790a_3146e496_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/195431/158289418.3f2/0_177908_1725897d_orig.gif

https://img-fotki.yandex.ru/get/196183/158289418.3f2/0_177909_d0ad7dd7_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/196183/158289418.3f2/0_17790b_13564d61_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/117474/158289418.3f2/0_17790c_5ce76e71_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/228104/158289418.3f2/0_17790d_4d48bf0c_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/105284/158289418.3f2/0_17790e_595b622e_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/225029/158289418.3f2/0_17790f_658a4225_orig.png

Ключи от генома работают!

 Обсуждение


 Онлайн сервис "Структура белка по нуклеотидной последовательности"

Существует сайт простых преобразований нуклеотидных последовательностей:

 http://molbiol.ru/scripts/01_12.html

https://img-fotki.yandex.ru/get/239438/158289418.3eb/0_1773f1_1563d5a8_orig.png

Я предлагаю создать аналогичный сервис, но с сильно расширенными возможностями.

Как только система получила стандартную нуклеотидную последовательность белка, т.е. в стандарте fasta, пользователям предлагается посмотреть вторичную структуру интересующего их белка. Для начала в таком виде:


Если интерес пользователя растёт, то предложить ту же структуру в развёрнутом виде:

 

Структура полностью: https://img-fotki.yandex.ru/get/94893/158289418.3f0/0_1776ac_fa72a8b_orig.png

А далее предложить определение третичной (и более) структуры белка на договорных условиях.

https://img-fotki.yandex.ru/get/152444/158289418.3e9/0_17720a_f2f0d072_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/176331/158289418.3ea/0_1772f1_ca84f3cf_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/197807/158289418.3e3/0_176a8d_7fce694f_XL.png

 Обсуждение


 Рекорды сверхдлинных спиралей белковых молекул

 Альфа-спираль длиной 737-322+1=416 аминокислотных остатков

 ***

https://img-fotki.yandex.ru/get/233608/158289418.3f1/0_1777a1_8b0680a7_orig.png

310-спираль длиной 308-46+1=263 аминокислотных остатка

 ***

https://img-fotki.yandex.ru/get/152444/158289418.3e9/0_177249_643719e9_orig.png

 Пи-спираль длиной 206-140+1=67 аминокислотных остатков

 ***

Бета-спираль длиной  аминокислотных остатка 132-89+1=44 аминокислотных остатка

 ***

 323322-спираль длиной 1000-927+1=74 аминокислотных остатка

*** 


123-спираль длиной 1570-1540+1=31 аминокислотных остатков

 ***

https://img-fotki.yandex.ru/get/243369/158289418.3e6/0_176ebf_4ec313ac_orig.png

 114-спираль длиной 92-21+1=72 аминокислотных остатка

 ***

https://img-fotki.yandex.ru/get/117896/158289418.3e6/0_176ec1_caf790d3_orig.png

 144-спираль длиной 73-2+1=72  аминокислотных остатка

 ***

 12-спираль длиной 47-8+1=40 аминокислотных остатков

*** 


23-спираль длиной 53-25+1=29 аминокислотных остатков

 ***

35-спираль длиной 230-52+1=179 аминокислотных остатков

 ***

https://img-fotki.yandex.ru/get/111359/158289418.3f0/0_177797_8ee1686a_orig.png

 1444-спираль длиной 239-65+1=175 аминокислотных остатков

 ***

 Увеличить

Метиониновая спираль длиной 183-154+1=31 аминокислотных остатков

 Обсуждение


 Пикотехнологические реакторы с внутренними и внешними конвейерами

  


 Короткие участки 35-спирали ещё не кажутся реакторами.

 

 

 35-спирали большой длины могут выполнять функции биохимических реакторов

 

 

 

 

 

 

 То, что биохимические реакции могут проходить внутри контейнера, понять легко.

 

Но что мешает протекать биохимическим реакциям на внешней поверхности реактора? 

Конечно, сверхвысокого или сверхнизкого давления на поверхности не создать, но не всегда требуется менять давление. На первый план могут выйти другие параметры, например, эффективное охлаждение или большая пропускная способность реактора.

 

Участок этой белковой молекулы напоминает по форме коленчатый вал двигателя внутреннего сгорания автомобиля. Он может одновременно выполнять конструкционные функции, функции реактора и пр.

 Обсуждение


 444-спираль внутри 53535-спирали!

 

Удивительно обнаружить параллельные белковые спирали разных диаметров


 Но ещё удивительнее обнаружить одну спираль внутри другой!

  

 Обсуждение


 Пикомашины с осями и "полуосями" симметрии 13-го порядка.

Неполная симметрия

 


 

 

 Полный комплект файлов: https://cloud.mail.ru/public/4QSM/7aV81Fyjp

https://img-fotki.yandex.ru/get/174613/158289418.3eb/0_177307_5190645a_orig.gif

https://img-fotki.yandex.ru/get/228104/158289418.3eb/0_177353_87f3465b_orig.gif

 При изменении условий, например, PH или температуры, неполная симметрия может плавно меняться, например, ось симметрии 13-го порядка может плавно измениться до оси симметрии 12-го порядка. Подобные механизмы могут найти применение и в машиностроении. Ведь скоро нужно будет изготавливать резонансные двигатели "летающих тарелок" с осями симметрии разных порядков ...

  Обсуждение


 Программное 2421133-кольцо белковой молекулы

 По программе можно построить не только спираль, но и кольцо:


 или равнобедренный пятиугольник:

 

 Обсуждение


 Мегалитический комплекс на острове Сардиния

 https://img-fotki.yandex.ru/get/225029/158289418.3ec/0_177412_9b476651_XL.jpg

https://img-fotki.yandex.ru/get/141254/158289418.3ec/0_17742b_11a6a8ce_XL.jpg

https://img-fotki.yandex.ru/get/174352/158289418.3ec/0_177429_d5278be3_XL.jpg

https://img-fotki.yandex.ru/get/105284/158289418.3ec/0_177423_472200b5_XL.jpg

Любопытно, что треугольный колодец находится внутри барельефного резонатора "Гантельная щель", т.е. сам колодец - источник энергии, а "гантельная щель" - преобразователь электромагнитных колебаний в направленный поток поверхностных волн. С помощью поверхностных волн обрабатывался тонкий слой воды, протекающий по выпаривательной площадке.

Интересно было бы изучить фотографии окружающих объектов этого мегалитического комплекса.

 Подробности

 Обсуждение


Уважаемые коллеги! Все, кто помогает создавать пикотехнологию, рубиновую энергетику, поднимает нашу цивилизацию на новую ступень развития. Всех нас можно поздравить с крупным успехом. Эксперименты в США, Германии и в Израиле подтвердили, что мы находимся на верном пути по трём главным научным направлениям лаборатории Наномир.

 

По теме "Рубиновая/микроволновая энергетика и транспорт" осталось сделать последний шаг, включить готовые источники энергии. Конечно, с помощью магнетрона миллиметрового диапазона создать рубиновую энергетику можно за считанные дни, но для этого нужно доделать номинальный ряд эллипсоидов и рубиновый энергетический конструктор.

Спасибо за поддержку! 

 

Что нужно лаборатории для ближайших исследований:

1. Оплатить покупку или аренду измерительной аппаратуры на диапазон от 1.78 до 53 ГГц. (От $1000). Идеальный вариант: http://www.keysight.com/en/pd-460865-pn-E8257D/psg-analog-signal-generator?&cc=RU&lc=rus

2. Начать третий этап создания средства для продления жизни: http://nanoworld.org.ru/topic/818/

Книга "Пикотехнология белков" уже в продаже!

Подробности


Менеджеры, которые найдут заказы на структуры белков, получат 80% от суммы заказа! 

 Приглашение к сотрудничеству

Лаборатория "Наномир" готова к взаимовыгодному сотрудничеству. 

В одиночку внедрить технологии, выводящие цивилизацию на новый уровень,  невозможно. Благодаря поддержке множества заинтересованных людей проделана огромная работа. Ознакомиться с её результатами можно изучив материал рассылки "Новости лаборатории Наномир". Люди науки могут изучить научные труды.

Вклад каждого не останется незамеченным в случае успеха в реализации научных проектов. Результаты совместной деятельности принадлежат участникам проекта пропорционально коэффициентам творческого и финансового участия.

Основные разработки: 

 Микроволновый источник энергии

Работы по созданию новой энергетики (микроволновой) ведутся с 1992 года.

В 2011 году был проведен первый эксперимент в Дубне. В результате было сделано научное открытие, проверена защита диэлектрических резонаторов от перенапряжения. В 2016-ом году свечение одного рубинового шарика было получено уже от импульсного магнетрона.

 

 

Для завершающего этапа исследований по созданию микроволновой энергетики не хватает номинального ряда рубиновых резонаторов, который может быть изготовлен на китайской фабрике. Это стоит на порядок дешевле, чем качественная измерительная аппаратура миллиметрового диапазона.

  "Регенерация репродуктивного возраста"

28 сентября 2011г. в Институте геронтологии (г.Киев) начался эксперимент по созданию "Регенератора репродуктивного возраста". В 2012-ом году мы уже знали, как омолодить лабораторных животных. Это было описано в 281-ом выпуске рассылки "Новости лаборатории Наномир. "Прожиточный минимум вампира"

В 2014-ом году американские ученые смогли реализовать этот вариант омоложения. Тем не менее мы ещё можем успеть первыми создать дешевый регенератор, возвращающий молодость, но для этого необходимо закупить праймеры для идентификации сигналов отключения феноптоза (механизма старения), как это делает эмбрион во время беременности. Если омоложение по-американски обойдётся заказчику в 250-500 долл. ежедневно, то дешёвый вариант омоложения будет стоить всего 20-30 копеек в день.

Программа исследований Презентация Обсуждение

  Пикотехнология 

Созданы первые версии пикотехнологии (выпуски рассылки 212 270 271 272 ), с помощью которой Александр Кушелев и Виктория Соколик сделали более10 научных открытий. Подготовлена к печати монография "Пикотехнология белков".

Виктория Соколик: Уважаемые коллеги, Вашему вниманию предоставляется услуга -- моделирование 2D и 3D структуры любого белка без ограничений в его размере и степени изученности с помощью программного обеспечения, базирующемся на принципиально новом подходе декодирования нуклеотидной последовательности, детерминирующей данный белок.

Всё, что необходимо от заказчика, это нуклеотидная последовательность мРНК интересующего его белка (или код этой нуклеотидной последовательности в EMBL, или хотя бы код самого белка в PDB).

В течение 1-3 суток мы готовы предоставить Вам схему вторичной структуры заказанного белка (2D), модель его пространственной структуры (3D) в виртуальном пространстве, а также файл .pdb с координатами каждого атома белка. 

Файл .pdb может быть использован по аналогии с файлами закристаллизованных белков из PDB банка для дальнейшего конформационного анализа белка методами молекулярной динамики с учётом физико-химической специфики микроокружения белка или его взаимодействия с лигандами.

Таким образом, Вы сможете максимально быстро удобным для Вас способом (по электронной почте, на сайте либо на электронном носителе) получить информацию о структурном шаблоне Вашего белка.

Определены две структуры белка (пробный заказ) для Испанского заказчика.

В книге "Пикотехнология белков" приведены примеры 100 белковых структур

Создаётся онлайн сервис "Определение структуры белка по нуклеотидной последовательности" 

Цена  заказов -- договорная. 

 Сотрудничество может быть различным:

- участие в научных дискуссиях на форуме (конструктивное)

- совместное создание коммерческого продукта

- поиск инвесторов

- выступить менеджером по продаже готовых коммерческих продуктов 

- конструктивные предложения по продвижению идей лаборатории Наномир

- содействие в проведении экспериментов и т.п.

- написание совместных научных статей и т.п.

- материальный вклад (денежный или обеспечение оборудованием и материалами)

 

Пожалуйста, сообщайте о своем вкладе, чтобы мы зачли Вас как партнера лаборатории Наномир.

+7-926-5101703  +7-903-2003424 +7-916-8265031, Skype: Kushelev2009, mail: kushelev20120@yandex.ru

веб-мани: WM-кошелек R426964799301 Другие способы перевода


В избранное