Новости лаборатории Наномир

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601 Complement MIDI Converter создан!


Выпуск 601

Лаборатория Наномир

Когда реальность открывает тайны,
уходят в тень и  меркнут чудеса ...

 Complement MIDI Converter создан!

Слушаем комплементарного Баха и Моцарта 

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Эти ноты были написаны вручную ещё до создания конвертера: 

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Теперь программа создана!

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Знакомьтесь, комплементарный Бах:

Оригинал: https://cloud.mail.ru/public/2TLB/kZ45e67on

Комплемент: https://cloud.mail.ru/public/JEKG/M6xWMxJu7

 

https://img-fotki.yandex.ru/get/225029/158289418.3f9/0_177f3d_bfcf059b_L.jpg 

Знакомьтесь, комплементарный Моцарт:

Оригинал: https://cloud.mail.ru/public/BDE4/JFpXGkLS1

Комплемент: https://cloud.mail.ru/public/5jLa/MjUqCriRX 

 Обсуждение


 Новая версия программы Пикотех

исполняет музыку сборки белков с ударными инструментами!


Слушаем сборку белка коллагена: https://cloud.mail.ru/public/BcaU/poKAPy6qu

Полный комплект файлов: https://cloud.mail.ru/public/ADK7/NVWuGPo4C 

 Обсуждение


 10 первых нот 40-ой симфонии Моцарта обнаружены в геноме!

Треугольная спираль 

Ищем аминокислотную последовательность: IN(L,D)NINNINNV

https://blast.ncbi.nlm.nih.gov

http://molbiol.ru/scripts/01_12.html

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/11 … ZFCTC45013

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1103666979

CRG93487

>ENA|CRG93487|complement23940 nucleotides
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Интересный фрагмент:

https://img-fotki.yandex.ru/get/194550/158289418.3fa/0_178032_aecce783_orig.png

Развернуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/54522/1 … 1_orig.png

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Укоротим фрагмент:

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Ещё укоротим:

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https://img-fotki.yandex.ru/get/228174/158289418.3fa/0_17803a_15f49351_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/131711/158289418.3fa/0_178036_29cf865c_XL.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/218579/158289418.3fa/0_178038_98f318c7_orig.png

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https://img-fotki.yandex.ru/get/55431/158289418.3fa/0_17803e_5ce019c8_orig.png

По нотам 40-ой симфонии Моцарта нашлась ... треугольная спираль!

Однако музыку Моцарта, которая звучит при сборке этого белка мы пока не услышим. Белок слишком крупный для того, чтобы программа могла обработать его целиком. Нужно найти этот фрагмент: INNINNINNV

https://img-fotki.yandex.ru/get/174613/158289418.3fa/0_1780be_da1f110c_orig.png
Он оказался близко к началу аминокислотной последовательности.

https://img-fotki.yandex.ru/get/51134/158289418.3fa/0_1780c0_d9c05e2b_orig.png

Развёрнуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/51134/1 … 6_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/198786/158289418.3fa/0_1780c1_8eae18a7_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/148218/158289418.3fa/0_1780c2_58d06d8a_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/236239/158289418.3fa/0_1780c4_a77860ae_orig.png

https://img-fotki.yandex.ru/get/142592/158289418.3fa/0_1780c3_20321e86_L.png

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https://img-fotki.yandex.ru/get/26144/158289418.3fb/0_17810c_70babda3_orig.png
Музыка сборки этого фрагмента (10 нот) совпадают с началом 40-ой симфонии Моцарта!

 Обсуждение


 Белковая спираль Моцарта-Кушелева

https://img-fotki.yandex.ru/get/25939/158289418.3fc/0_178174_314dcbb0_orig.png

Ищем аминокислотную последовательность: IDDIDDIDDV

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/25 … ZJ2D64R013

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/255722494

>ENA|XP_002546182|5175 nucleotides
atggccaaaaaggaaaagaatgataagaccataggagatccattcaatcgcagttcagac
gacaatatgagtattcaagatgcagaggatcaagattcaagtgataacgaagaagaatca
ttgataagactatctatgcaagcacaacacagaagaacatctaagaatcaatacaatagt
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agcatagaggaagaactcattgctgaagaggatgatgagaatgatgatgacgaagaagaa
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gatataatggaagatcctaaactagatgaagaattggaattgcatttagttgcttgccga
tgcttgtataattttttggaggttaaccaagatttcatccatgatgctttgaataataac
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Развернуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/177902/ … 8_orig.png

Фрагмент:

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Получился неполный виток спирали. Давайте нарастим спираль до нескольких витков:

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Спираль Моцарта-Кушелева (533-спираль) интересна тем, что на один виток приходится почти 14 аминокислотных остатков. При этом аксиальная проекция спирали имеет ось симметрии ~5 порядка.

Любопытно и то, что композиционный код сдвинут относительно музыкального (и первичной последовательности), т.е. разным нотам соответствует одинаковая композиция соседних аминокислотных остатков и в то же время разные углы поворота соответствуют одинаковым нотам. Более того, третья нота, как и в 40-ой симфонии Моцарта звучит вдвое дольше второй!

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Это связано с тем, что вторая нота соответствует коду альфа-спирали, когда нет вращения транспортной РНК, а третья нота соответствует коду пи-спирали, когда тратится время на дополнительное вращение тРНК.

 Обсуждение


 Открыты программные спирали с девятиричной, десятиричной и одиннадцатиричной симметрией.

 Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/11 … 3PJ5H0S013

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1145258695

>ENA|XP_019970584|1647 nucleotides
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Рассмотрим фрагмент:

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Удлиним...

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Программная 325335-спираль с девятиричной симметрией.

 ***

 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/10 … 3PJ5H0S013

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1049454220

>ENA|SBT74786|complement 17955 nucleotides
atgaactgttccaccccgaataggtgcggtggattatggcatgatgagtataataatgaa
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Рассмотрим фрагмент:

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Развернуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/225650/ … 8_orig.png

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***
Другой фрагмент:

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Удлиним...

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Развернуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/233608/ … e_orig.png

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Программная 233555-спираль с одиннадцатиричной симметрией.

 ***

 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/80 … 9SRURKB013

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/808137793

>ENA|XP_012171147|4407 nucleotides
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Развернуто: https://img-fotki.yandex.ru/get/107080/ … 3_orig.png

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Фрагмент:

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Мы снова видим антигомологичный фрагмент белковой молекулы.

Рассмотрим другой фрагмент:

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Я удлинил его, чтобы определить симметрию программной 5352-спирали.

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Программная 5352-спираль с десятиричной симметрией.

 Обсуждение


 Прямая альфа-спираль из 500(!) Pro.

 Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 3

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/10 … 9SRURKB013

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1020966919

>ENA|XP_016159448|1578 nucleotides
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Прямая альфа-спираль длиной 500(!) одинаковых аминокислотных остатков Pro.

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Обсуждение


 Танец Земли и Венеры

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Видео

 Обсуждение


Уважаемые коллеги! Все, кто помогает создавать пикотехнологию, рубиновую энергетику, поднимает нашу цивилизацию на новую ступень развития. Всех нас можно поздравить с крупным успехом. Эксперименты в США, Германии и в Израиле подтвердили, что мы находимся на верном пути по трём главным научным направлениям лаборатории Наномир.

 

По теме "Рубиновая/микроволновая энергетика и транспорт" осталось сделать последний шаг, включить готовые источники энергии. Конечно, с помощью магнетрона миллиметрового диапазона создать рубиновую энергетику можно за считанные дни, но для этого нужно доделать номинальный ряд эллипсоидов и рубиновый энергетический конструктор.

Спасибо за поддержку! 

 

Что нужно лаборатории для ближайших исследований:

1. Оплатить покупку или аренду измерительной аппаратуры на диапазон от 1.78 до 53 ГГц. (От $1000). Идеальный вариант: http://www.keysight.com/en/pd-460865-pn-E8257D/psg-analog-signal-generator?&cc=RU&lc=rus

2. Начать третий этап создания средства для продления жизни: http://nanoworld.org.ru/topic/818/

Книга "Пикотехнология белков" уже в продаже!

Подробности


Менеджеры, которые найдут заказы на структуры белков, получат 80% от суммы заказа! 

 Приглашение к сотрудничеству

Лаборатория "Наномир" готова к взаимовыгодному сотрудничеству. 

В одиночку внедрить технологии, выводящие цивилизацию на новый уровень,  невозможно. Благодаря поддержке множества заинтересованных людей проделана огромная работа. Ознакомиться с её результатами можно изучив материал рассылки "Новости лаборатории Наномир". Люди науки могут изучить научные труды.

Вклад каждого не останется незамеченным в случае успеха в реализации научных проектов. Результаты совместной деятельности принадлежат участникам проекта пропорционально коэффициентам творческого и финансового участия.

Основные разработки: 

 Микроволновый источник энергии

Работы по созданию новой энергетики (микроволновой) ведутся с 1992 года.

В 2011 году был проведен первый эксперимент в Дубне. В результате было сделано научное открытие, проверена защита диэлектрических резонаторов от перенапряжения. В 2016-ом году свечение одного рубинового шарика было получено уже от импульсного магнетрона.

 

 

Для завершающего этапа исследований по созданию микроволновой энергетики не хватает номинального ряда рубиновых резонаторов, который может быть изготовлен на китайской фабрике. Это стоит на порядок дешевле, чем качественная измерительная аппаратура миллиметрового диапазона.

  "Регенерация репродуктивного возраста"

28 сентября 2011г. в Институте геронтологии (г.Киев) начался эксперимент по созданию "Регенератора репродуктивного возраста". В 2012-ом году мы уже знали, как омолодить лабораторных животных. Это было описано в 281-ом выпуске рассылки "Новости лаборатории Наномир. "Прожиточный минимум вампира"

В 2014-ом году американские ученые смогли реализовать этот вариант омоложения. Тем не менее мы ещё можем успеть первыми создать дешевый регенератор, возвращающий молодость, но для этого необходимо закупить праймеры для идентификации сигналов отключения феноптоза (механизма старения), как это делает эмбрион во время беременности. Если омоложение по-американски обойдётся заказчику в 250-500 долл. ежедневно, то дешёвый вариант омоложения будет стоить всего 20-30 копеек в день.

Программа исследований Презентация Обсуждение

  Пикотехнология 

Созданы первые версии пикотехнологии (выпуски рассылки 212 270 271 272 ), с помощью которой Александр Кушелев и Виктория Соколик сделали более10 научных открытий. Подготовлена к печати монография "Пикотехнология белков".

Виктория Соколик: Уважаемые коллеги, Вашему вниманию предоставляется услуга -- моделирование 2D и 3D структуры любого белка без ограничений в его размере и степени изученности с помощью программного обеспечения, базирующемся на принципиально новом подходе декодирования нуклеотидной последовательности, детерминирующей данный белок.

Всё, что необходимо от заказчика, это нуклеотидная последовательность мРНК интересующего его белка (или код этой нуклеотидной последовательности в EMBL, или хотя бы код самого белка в PDB).

В течение 1-3 суток мы готовы предоставить Вам схему вторичной структуры заказанного белка (2D), модель его пространственной структуры (3D) в виртуальном пространстве, а также файл .pdb с координатами каждого атома белка. 

Файл .pdb может быть использован по аналогии с файлами закристаллизованных белков из PDB банка для дальнейшего конформационного анализа белка методами молекулярной динамики с учётом физико-химической специфики микроокружения белка или его взаимодействия с лигандами.

Таким образом, Вы сможете максимально быстро удобным для Вас способом (по электронной почте, на сайте либо на электронном носителе) получить информацию о структурном шаблоне Вашего белка.

Определены две структуры белка (пробный заказ) для Испанского заказчика.

В книге "Пикотехнология белков" приведены примеры 100 белковых структур

Создаётся онлайн сервис "Определение структуры белка по нуклеотидной последовательности" 

Цена  заказов -- договорная. 

 Сотрудничество может быть различным:

- участие в научных дискуссиях на форуме (конструктивное)

- совместное создание коммерческого продукта

- поиск инвесторов

- выступить менеджером по продаже готовых коммерческих продуктов 

- конструктивные предложения по продвижению идей лаборатории Наномир

- содействие в проведении экспериментов и т.п.

- написание совместных научных статей и т.п.

- материальный вклад (денежный или обеспечение оборудованием и материалами)

 

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