Новости лаборатории Наномир

  Все выпуски  

841 Шедевры белковой архитектуры. Часть 13.


Выпуск 841

Лаборатория Наномир

Когда реальность открывает тайны,
уходят в тень и  меркнут чудеса ...


Шедевры белковой архитектуры

Часть 13.

 Эволюционирующая фрактальная спираль. Период 5.

 Сверхдлинная прямая фрактальная спираль. Период 5.

 Фрактальная спираль. Период 5.

 "Мерцающий фрактал". Типовой период 5.

 Фрактальная спираль на основе альфа-спиральных участков (красный). Период 5.

 "Мерцающий фрактал". Период 5.

 Сверхдлинная фрактальная спираль с двумя изломами. Период 5.

И тут неожиданно нашлась хромосома, кодирующая сотни экзотических белковых структур! На этой схеме вторичной структуры мы видим длинную метиониновую спираль, переходящую в длинную бета-спираль. Возможно, что они антипараллельны. Кстати, на подобных структурах сравнительно легко определить геометрические параметры молекулы белка.

Скачать всю хромосому можно здесь: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/JAIWYP010000009.1 

 Практически весь белок представлен бета-спиралью с изломами.

 Сверхдлинная фрактальная спираль. Период 5.

 Сверхдлинная прямая фрактальная спираль. Период 5.

 В средней части этого небольшого белка - прямая пи-спираль (синий)

В составе этого небольшого белка видны протяженные прямые участки пи-спирали (синий) и альфа-спирали (красный)

Практически вся структура белка представлена прямой альфа-спиралью (красный). Обратите внимание, что аминокислотный состав меняется, а альфа-спираль остаётся неизменной.

Практически вся структура этого небольшого белка - метиониновая спираль (сиреневый) с двумя изломами (оранжевый)

 Программная (фрактальная) спираль. Период 4

 Во второй части белка просматривается длинный прямой участок пи-спирали (синий)

Этот небольшой белок представлен длинной пи-спиралью (синий) с одним изломом (салатовый) и длинной бета-спиралью (зеленый) с изломами (голубой)

В структуре этого белка просматриваются программные (фрактальные) спирали разных типов. На основе пи-спиральных участков (синий), на основе  фрагментов, разделённых пролиновыми суставами (желтый)

В конце структуры просматривается многоуровневая фрактальная спираль на основе альфа-спиральных участков (красный). Большой период 60.

 Этот небольшой белков состоит из участков пи-спиралей (синий) и 310-спиралей (оранжевый)

Здесь просматривается фрактальная спираль или спиральный пикомеханизм на двойных пролиновых суставах.

 Пи-спиральная часть белка (синий) меняется на бета-спиральную (зеленый)

 Практически вся структура этого белка представлена пи-спиралью (синий)

Этот небольшой белок состоит из участков метиониновой спирали (сиреневый), альфа-спирали (красный) и 310-спирали (оранжевый).

Пи-спиральный белок (синий) с вкраплениями альфа-спирали (красный) и бета-спиралей (зеленый)

 В этом белке максимальная протяженность у бета-спирали (зеленый)

 Этот белок состоит из длинных участков прямой пи-спирали (синий)

А здесь - метиониновая прямая спираль (сиреневый) с вкраплениями 310-спирали (оранжевый) и альфа-спирали (красный)

 Альфа-спираль (красный) меняется на пи-спираль (синий)

 Небольшой белок с длиннной прямой бета-спиралью (зеленый)

 Фрактальная Q-спираль (период 2) переходит во фрактальную спираль с периодом 4.

 Фрактальная спираль на основе 310-спиральных участков (оранжевый)

 Фрактальная квази спираль 

 Фрактальная спираль на основе альфа-спиральных участков (красный). Период 14.

Этот белок состоит из прямых участков пи-спирали (синий), бета-спирали (зеленый) и альфа-спирали (красный).

 Фрактальный спиральный механизм на пролиновых суставах (желтый)

Структура этого белка, вероятно, представляет собой пико-механизм, состоящий из участков фрактальных спиральных механизмов.

 Вторая часть белка представлена длинной альфа-спиралью (красный)

 Этот небольшой белок содержит длинную метиониновую спираль (сиреневый) и участки 310-спирали (оранжевый)

В этом небольшом белка бета-спиральные участки (зеленый) чередуются с участками фрактальной 85-спирали (розово-салатовый, период 2) и фрактальной 1114-спирали (красно-оранжевый, период 4)

 Бета-спираль (зеленый) через пролиновые суставы (желтый) переходит в пи-спираль (синий)

Длинная прямая пи-спираль (синий) переходит в бета-спираль (зеленый), а затем в альфа-спираль (красный)

 Весь небольшой белок представлен метиониновой спиралью (сиреневый) с изломами

 А этот небольшой белок - прямая альфа-спираль (красный)

 Фрактальная 144117-спираль. Период 6.

 Фрактальная 558577-спираль. Период 6.

Этот маленький белок состоит из метиониновой спирали (сиреневый), фрактальной Q-спирали (57-спирали, период 2) и 310-спирали (оранжевый)

 Фрактальная спираль с изломами. Период 6.

 БОльшая часть белка - прямая альфа-спираль (красный)

 Белок состоит из 310-спиральных участков (оранжевый) и метиониновых спиралей (сиреневый)

 310-спиральные участки (оранжевый) переходит в участки фрактальных 85-спиралей (период 2)

 Пи-спираль (синий) переходит в бета-спираль (зеленый)

 Бета-спиральный белок (зеленый) с вкраплениями пи-спирали (синий)

 Пи-спиральный белок (синий)

 Альфа-спиральный участок (красный)

 Бета-спираль (зеленый) переходит в альфа-спираль (красный) и далее в пи-спираль (синий)

 Прямая пи-спираль (синий) переходит в прямую альфа-спираль (красный), а затем обратно в прямую пи-спираль (синий)

 Здесь так же.

 Пи-спираль (синий) переходит в Q-спираль, 75-спираль Кушелева (розовый-голубой). Период 2.

 Длинная фрактальная спираль на основе альфа-спиральных участков с двумя изломами.

Прямая бета-спираль (зеленый) переходит в пролиновую спираль (желтый), затем опять в бета-спираль, потом в пи-спираль (синий) и, наконец в альфа-спираль (красный).

 Фрактальная спираль с пролиновой юстировкой. Период 11.

 Пи-спиральный белок (синий)

 Альфа-спиральный белок (красный)

Альфа-спираль (красный) переходит в бета-спираль (зеленый), затем опять в альфа, после чего в пи-спираль (синий), потом в бета, а потом в пи-. Вероятно, это крупный контейнер, одна поверхность которого гидрофильная (Треонин), а другая - гидрофобная (Лейцин)

 Пи-спиральный белок

 Альфа-спиральный белок

 Практически вся структура белка - прямая пи-спираль.

 Фрактальная структура с размытым периодом.

Длинная пи-спираль (синий) переходит в бета-спираль (зеленый) и далее в альфа-спираль (красный)

 Бета-спиральный белок.

 Бета-спиральный белок

 Альфа-спиральный белок

 Пи-спираль (синий) переходит в альфа-спираль (красный)

 Бета-спираль (зеленый) переходит в пи-спираль (синий) и далее в 310-спираль (оранжевый)

 Бета-спиральный белок

В структуре этого белка чередуются участки бета-спирали (зеленый), пи-спирали (синий) и программной 85-спирали с изломами.

Бета-спираль (зеленый) с вкраплением пролиновой спирали (желтый) и альфа-спирали (красный)

В этом маленьком белке просматриваются 310-спирали (оранжевый), длинная бета-спираль (зеленый), альфа-спирали (красный) и пролиновые суставы, в т.ч. двойные (желтый)

 Программная 7585-спираль. Период 4.

В этом небольшом белке представлены все типы фундаментальных спиралей:
Альфа- (красный)
Бета- (зеленый)
Пи- (синий)
310- (оранжевый)
Метиониновая (сиреневый)

Напомню, что шаг и число аминокислотных остатков на виток метиониновой спирали отличается от альфа-спирали. Шаг больше процентов на 20. 

 

 Пи-спиральный белок

 Пи-спираль (синий) с вкраплениями Q-спирали

 Фрактальная 7585-спираль переходит во фрактальную 7555-спираль.

 Альфа-спиральный белок

 Пи-спиральный белок

 Фрактальная 7858-спираль

 Пи-спираль (синий) переходит во фрактальную 6111-спираль

 В этом небольшом белке представлены 4 типа фундаментальных спиралей

 Альфа-спиральный белок

Бета-спираль (зеленый) переходит в альфа- (красный), затем в пролиновую (желтый), затем в бета и снова в альфа.

Бета-спиральный белок с вкраплениями пролиновой спирали (желтый) и альфа-спирали (красный)

Этот маленький белок представлен фрактальной 1444-спиралью, которая переходит во фрактальную 2555-спираль

Фрактальная спираль на основе пи-спиральных участков (синий) и альфа-спиральных участков (красный). Период 32. Согласитесь, схема вторичной структуры выглядит красиво...

 "Триколор"

 

 

 Фрактальная спираль на основе пи-спиральных участков (синий). Период 20.

 

 

 

 

 Период 31.

 "Квадроколор"

 

 

 

 Фрактальная спираль на основе альфа-спиральных участков. Период 14.

 

 

 

 

 Фрактальная спираль с изломами. Период 15.

 

 

Фрактальная спираль на основе альфа-спиральных участков (красный) с метиониновой юстировкой (сиреневый). Период 9.

Практически весь белок состоит из прямых участков альфа-спирали (красный) и прямых участков пи-спирали (синий). Это поможет точно определить его геометрию и двугранные углы.

 Фрактальная спираль с изломами. "Мерцающий фрактал". Период 15.

 

 

 Сверхдлинная прямая фрактальная 8577757757557-спираль. Период 13.

Первая половина белка - пи-спираль (синий), вторая - бета-спираль (зеленый). Очень хороший тест для РСА, ЯМР и других методов структурного аналзиа :)

 Это тоже хороший тест для РСА и ЯМР. Длинные прямые участки фундаментальных спиралей.

 Программная 8P55-спираль. Период 4.

 Доменная структура на основе бета-спиральных участков (зеленый)

Фрактальная спираль на основе бета-спиральных участков (зеленый) с пролиновой юстировкой (желтый)

Вероятно, перед нами пико-механизм на основе альфа-спиральных участков (красный), соединённых кратными пролиновыми суставами (желтый)

 Фрактальная спираль. Период 57.

Хороший тест для РСА и ЯМР. Первая часть белка - пи-спираль (синий) с вкрапление 310-спирали (оранжевый), а вторая - бета-спираль с вкраплениями альфа-спирали (красный) и 310-спирали (оранжевый)

 Программная спираль на основе альфа-спиральных участков (красный). Период 15.

Отличный тест для РСА и ЯМР - практически весь белок представлен метиониновой спиралью с изломами.

Фрактальная спираль на основе пи-спиральных участков (синий) и 310-спиральных участков (оранжевый)

 Интересно, сможет ли РСА и ЯМР определить структуру этого белка?

 Фрактальная спираль на основе альфа-310-спиральных участков. Период 15.

Интересно, увидит ли РСА и ЯМР пи-спиральные (синий) и бета-спиральные (зеленый) участки?

 Фрактальная спираль на основе альфа-спиральных участков (красный). Период 12.

Чем длиннее и прямее спирали, тем проще их обнаружить, и тем точнее можно построить модель.

 

Обычно РСА не отличает альфа-спираль (красный) от пи-спирали (синий). Но на этом белке шанс есть...

 Фрактальная спираль на основе альфа-спиральных участков (красный). Период 11.

 Вероятно, перед нами 2D-схема логарифмической фрактальной спирали белка...

Фрактальная спираль на основе альфа-спиральных участков (красный) переходит во фрактальную спираль на основе бета-спиральных участков (зеленый). Период обеих спиралей 23.

В этом белке просматриваются длинные прямые участки альфа, бета, пи и 310-спиралей. Очень удобный белок для настройки РСА и ЯМР.

Фрактальная спираль на основе альфа-спиральных участков с метиониновой и пролиновой юстировкой. Период 62.

 

 

 Период 58.

 Период 8.

Альфа- (красный) и пи- (синий) длинные прямые участки. Идеальный белок для проверки и настройки РСА и ЯМР.

 Фрактальная спираль на основе пи-спиральных участков.  Период 16.

 Период 12.

Интересно, сможет ли РСА и ЯМР определить участки метиониновой спирали, 310-спирали и альфа-спирали в этом белке?

В структуре этого белка просматривается фрактальная спираль на основе пи-спиральных участков (синий) и бета-спиральных участков (зеленый) с тройной пролиновой юстировкой (желтый). Хотя это может быть и спиральный пико-механизм на тройных пролиновых суставах...

Фрактальная спираль "Мерцающий фрактал" на основе бета-спиральных участков. Типовой период 7.

Фрактальная 4448-спираль с изломами переходит в альфа, затем в пи, затем длинную прямую альфа-спирль.

 Эта структура похожа на фрактальную квази спираль с дробным периодом.

 Фрактальная спираль с пролиновой юстировкой или спиральный пико-механизм? Период 64.

 

 Период 23.

 Период 25

 Период 10. "Мерцающий фрактал"

Фрактальная спираль на основе пи-спиральных (синий), бета-спиральных (зеленый) и альфа-спиральных (красный) участков. Период 32.

 Период 12.

 Период 11.

 Период 6.

 

Другие отборные сотни структур, закодированные в девятой хромосоме Dreissena polymorpha, предлагаю прокомментировать Вам.

Это были отобранные мною структуры белков. Общее число белков, которые закодированы в этой хромосоме, 11 109.

LOCUS       JAIWYP010000009    106873626 bp    DNA     linear   INV 20-OCT-2021
DEFINITION  Dreissena polymorpha isolate Duluth1 chromosome 9, whole genome 

Скачать всю хромосому можно здесь: 

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/JAIWYP010000009.1

 



Обратная связь: kushelev20120@yandex.ru 


В избранное