Выпуск 1183 Лаборатория Наномир Когда реальность открывает тайны, уходят в тень и  меркнут чудеса ... Три специалиста пишут научные статьи по пикотехнологии. 18 September 2023 15:51 Александр Кушелев: Здравствуйте! Если нужна информация, связанная с пикотехнологией белков, таблицей 3D генетического кода и пр. пишите. У меня сейчас есть свободное время. 18:01 MB: Спасибо! Здравствуйте! Вчера начала смотреть модели и думать как писать статью. Я пока ещё не поняла как правильно писать эту статью. Соображения такие: Если писать про корреляции, то пока мне не совсем понятно сколько новизны в этом будет. Потому что есть статьи, в которых пишут про влияние преобладания определеных вырожденных кодонов в генах (это называется на английском Codon usage) на фолдинг белка который с этих генов получается. Например вот из статьи, которая называется «A code...» - код внутри генетического кода. т.е. кто-то уже предположил кодирование связанное с частотами вырожденных кодонов. Тут нужен сначала аккуратный анализ представленной литературы Хотя судя по тому анализу литературы, который я начала делать - новизна будет, т.к. в виде строгой таблицы никто ещё ничего не формулировал. Но, если заявлять таблицу, то нужны основательные доказательства - статистический анализ чтобы показать как хорошо модель белка предсказания с помощью концепции 3D ген кода сходится с ренгеноструктурными данными.   18:05 Вы говорили, что можно взять анализ или хотя бы базу для него в книге у В.Соколик, я ее стала изучать и нашла, что у нее есть разногласия с вашей таблицей ген кода. 18:07 Вопрос: эти разногласия ещё актуальны? Если да - придется модифицировать весь анализ. И возможно придется его делать с чистого листа, ну или почти 18:18 Но не уверена что будет разумно ... в этом контексте. ... концепцию ... Тут понадобится дополнительная статья ... - это точно. Всё в одну статью не уместится. Так что здорово было бы статью ... + ... 18:26 Но, я пока не поняла кольцегранную модель тРНК и то как она обеспечивает кодирование структуры. И у меня есть вопрос связанный со множественными формами тРНК: у нас много форм тРНК присутствует в клетке. Они в целом имеют похожую структуру, но имеют отличия в последовательности и соответственно имеют небольшие отличия в структуре. Т.е. у нас не 20 разных молекул тРНК в клетке - по одному на каждую аминокислоту, а есть так называемые изоакцепторные тРНК - они узнают одну и ту же аминокислоту, но разные кодоны. И вопрос какую роль играют эти формы тРНК в 3Д ген коде - они его обеспечивают? За счет чего? Виктория, кстати, тоже писала об этом, но я не дочитала книгу до конца. Тут опять же нужен анализ литературы. 18:45 MB: In reply to this message Кстати, поясню за ссылку, которую тут прикрепила: «A ...» Тут люди пишут про «код» (про частичное кодирование структуры - co-translational protein folding process) опосредованный разной скоростью считывания кодонов. Дело в том, что вырожденные кодоны читаются рибосомой с разной скоростью. Поэтому их разделяют на «оптимальные» и «неоптимальные» - те что быстро читаются и медленно читаются. Это используют, например, для промышленного синтеза белка бактериями - иногда корректируют вырожденные кодоны - называется codon optimisation. Меняют неоптимальные кодоны на оптимальные - и синтез идет эффективнее. Но у этого есть ограничения - неупорядоченные участки структуры (не спиральные) обычно портятся если там менять кодоны. И как раз в этой статье люди пишут, что кодирование структуры идет за счет того, что скорость залипания рибосомы на кодоне и присоединения аминокислоты влияет на фолдинг. Вроде так. Но статью мне надо лучше изучить, только нашла недавно. 18:48 Это я к тому, что есть разные факторы - скорость считывания кодона, изоакцепторные тРНК - они играют какую-то роль в кодировании структуры, как то это всё связано должно быть Понять бы это. Я пока не понимаю, но мне надо сначала понять. 19:32 Александр Кушелев: In reply to this message Вы пишите: "Если писать про ... , то пока мне не совсем понятно сколько новизны в этом будет." Кушелев: Ровно столько, сколько содержится в ... 19:32 Плюс экспериментальное подтверждение. 19:34 Кстати, таблиц 3D генетического кода несколько. Вот вторая:    19:35 Новизна заключается в столбце, выделенным зеленым цветом. 19:36 Для митохондрий 3D генетический код отличается в трёх позициях из 64 от таблицы для клеток. В отличие от таблицы для клеток, в митохондриальном коде 4 стоп-кодона и другой код для триптофана (Trp) 19:38 Но о второй и других таблицах можно написать в следующей серии статей, чтобы не перегружать читателей научными открытиями :) 19:40 А об истории открытия 3D генетического кода можно будет написать ещё одну серию статей. И там уже понадобятся ссылки на ... и другие статьи, если они к тому времени будут. 19:45 Таблица 3D генетического кода для клеток: 19:51 In reply to this message Вы пишите: "есть статьи, в которых пишут про влияние преобладания определенных вырожденных кодонов в генах (это называется на английском Codon usage) на фолдинг белка который с этих генов получается." Кушелев: -Отлично! Эти авторы уже идут к открытию таблицы 3D генетического кода. А мне это удалось ещё в 1992-ом году. Поэтому можно на них сослаться и сообщить, что мы не только обнаружили корреляцию, но и впервые(!) составили таблицу 3D генетического кода, которая не "влияет на фолдинг", а однозначно задаёт вторичную структуру при сборке белковой молекулы рибосомой. 19:54 In reply to this message Вы пишите: "показать как хорошо модель белка предсказания с помощью концепции 3D ген кода сходится с ренгеноструктурными данными." Кушелев: Мы можем показать достоверную корреляцию, но полного совпадения с данными РСА не получится хотя бы по той причине, что данные РСА разных лет не совпадают друг с другом для одних и тех же белков. И чем надёжнее установлена структура белка с помощью различных методов (РСА, ЯМР, КД, НД, химический анализ и т.д.), тем выше получается корреляция. 20:03 In reply to this message Вы пишите: "эти разногласия ещё актуальны? Если да - придется модифицировать весь анализ. И возможно придется его делать с чистого листа, ну или почти" Кушелев: Да. К сожалению, Викторя Соколик хотела улучшить таблицу 3D генетического кода, но вместо этого она её просто испортила. И когда я ей показал, что по её таблице не получаются, например, замкнутые через дисульфидные мостики циклы лизоцимов, она сказала: "Мы получим один и тот же результат, но разными способами". Я её спросил, а как же так? Если по моей таблице структура получается сразу, а у Вас она по таблице не получается? Виктория ответила, что "фолдинг всё исправит" :) А фолдинг есть только на уровне третичной, но не на уровне вторичной структуры. Вторичная структура получается строго по таблице 3D генетического кода. Так что придётся "с чистого листа или почти". И можно воспользоваться рукописью статьи 1993-го года. Я Вам её кажется посылал. 20:04 In reply to this message Вы пишите: "Но не уверена что будет разумно не говорить о ... концепцию ... опубликовать." Кушелев: Если Вас не пугает дополнительный объём работы и соответственно расширенное обсуждение с рецензентами, то почему бы и нет? 20:06 In reply to this message Вы пишите: "Тут понадобится дополнительная статья про ... это точно. ... в одну статью не поместятся. Так что здорово было бы статью ..." Кушелев: Естественно, что это был бы лучший вариант. Но тут есть нюанс. Если мы будет долго тянуть время, то ... 20:09 In reply to this message Вы пишите: "я пока не поняла кольцегранную модель тРНК и то как она обеспечивает кодирование структуры." Кушелев: В двух словах всё просто. тРНК имеет примерно такую форму:    20:11 На хвосте у неё находится аминокислота, которую она держит 4-мя водородно-вандерваальсовыми связями:    20:12 Это - упрощённая многогранная модель. А это - кольцегранная:    20:14 На носу тРНК находится триплет. Обычно первым азотистым основанием является инозин. Я сделал модель этого участка тРНК и обнаружил, что при стыковке с информационной РНК инозин срезает триплет иРНК:    20:16 MB: In reply to this message А что он значит? Цифры 1, 2, 3, 4 20:20 Александр Кушелев Розовыми пирамидками показано место, где инозин срезает триплет иРНК. При этом  тРНК продолжает вращение уже вместе с триплетом иРНК. При этом третий символ триплета, который в модели обозначен сиреневым цветом, кодирует угол поворота тРНК. тРНК останавливается на том направлении, где этот третий символ встретит комплементарный символ рибосомальной РНК. Если это произойдёт через 9 градусов, то получится угол альфа-спирали. Если через 120 градусов, то получится угол пи-спирали. Если через 240 градусов, то получится угол бета-спирали (официальное название L-спираль). Если у тРНК будет другая вариабельная петля, то вместо альфа-спирали получится угол 310-спирали. 20:21 MB: In reply to this message То что в этой статье написано - оно возможно подтверждает концепцию 3D кода Но, возможно, это и другой механизм. Я пока не разобрала. Разность времени залипания рибосомы на определенных кодонах - это экспериментально подтвержденная вещь. Можно подумать как она связана с тем о чем мы писать статью хотим 20:23 In reply to this message Я думаю, как логичнее писать. Пока не уверена. 20:23 Александр Кушелев: In reply to this message Цифра 1 означает, что триплет кодирует поворот на 9 градусов и начинает строиться альфа-спираль. Цифра 2 означает поворот на 240 градусов (начало бета-спирали). Цифра 3 - одиночный пи-код (начало пи-спирали), 4 - начало 310-спирали. В отличие от альфа- это поворот не на 9 градусов, а на -10 за счёт другой вариабельной петли. 20:26 In reply to this message Разность "залипания" связана с углом поворота тРНК. Самое маленькое время "залипания" - это при построении альфа-спирали, т.е. там поворот всего на 9 градусов, причём может быть с помощью вариабельной петли это угол уменьшен до нуля. Более длинное время "залипания" - это поворот на 120 градусов (строительство пи-спирали). И самое большое время "залипания" - поворот на 240 градусов (бета-спираль). 20:27 MB:  In reply to this message ... это мы не знаем, зависит от того как напишем Да и … если от с 92 года ждет, то ... 20:28 Что значит «инозин срезает триплет»? 20:29 Я вот только не поняла: тут углы относительно чего? 20:30 Александр Кушелев: Вы пишите: "изоакцепторные тРНК - они узнают одну и ту же аминокислоту, но разные кодоны. И вопрос какую роль играют эти формы тРНК в 3Д ген коде - они его обеспечивают? За счет чего? " Кушелев: Да. Вы правильно мыслите. Изоакцепторные тРНК имеют разные вариабельные петли, поэтому у них получается разное начало отсчёта угла поворота тРНК в рибосоме. Это позволяет во-первых реализовать вместо 3 вариантов поворота (0,120,240 градусов) 4 варианта (-10, +9, +120, +240). И при этом ещё сэкономить время для тех тРНК, которые ставит аминокислоту либо в позицию 120, либо 240. Вариабельная петля позволяет уменьшить оба угла на 120 градусов. 20:32 Это значит, что инозин попадает точно на продольную диэфирную связь, которая удерживает триплет иРНК в рибосоме. 20:32 Триплет срезается, но удерживается двумя комлементарными основаниями кодона тРНК 20:33 И начинает вращаться, как одно целое с тРКН. 20:34 Когда же вращение тРНК останавливается за счёт того, что "сиреневый" третий символ антикодона встретил комплементарный символ рибосомальной РНК, то аминокислота, которая находится на хвосте тРНК оказывается повёрнутой на закодированный угол. 20:34 MB: Инозин срезает диэфирную связь в иРНК или где? 20:35 Александр Кушелев: После этого рибосома вставляет аминокислоту под этим закодированным углом в растующую белковую структуру. 20:35 Да, диэфирную связь в иРНК, которая удерживает триплет 20:35 MB: Как это он срезается? Ведь иРНК не рушится от того, что её читает рибосома … 20:35 Александр Кушелев: иРНК не рушится после того, как рибосома вставит аминокислоту в растущую структуру белка и вернёт триплет иРНК на место. 20:37 Это требует определённых ресурсов, но они стоят того :) 20:37 MB: Я не очень поняла выражение - вы имеете в виду например в иРНК AAU-CCC-GCU-… связь U-C или C-G? 20:39 Александр Кушелев: Текущий триплет в рибосоме уже отрезан от той части иРНК, которая "отработана". 20:39 Но позднее, когда отрезанный триплет будет возвращён, он присоединится не к "неотработанной", а к "отработанной" части иРНК 20:40 На каждом такте рибосома отрезает от входящей части иРНК текущий триплет, а после установки аминокислоты возвращает в иРНК, но уже выходящей части. 20:41 MB: Сшивание разрывов в нуклеиновых кислотах обычно с затратой энергии происходит, с помощью систем репарации - это отдельная белковая машинерия в клетке 20:41 Александр Кушелев: Это начинается с первого триплета иРНК 20:42 Рибосомальная РНК, как оказалось, тоже занимается отрезанием и сшиванием текущего триплета с ранней частью иРНК 20:42 По крайней мере пикотехнологическая модель это демонстрирует 20:44 Что касается затрат энергии, то отрезать триплет от одной части иРНК, повернуть в конечном счёте на 360(?) градусов и присоединить к выходящей части иРНК не особо затратно. Т.к. это резонансная технология. Оторвали, присоединили. Баланс энергии около нуля. 20:44 При этом используется энергия вращения тРНК 20:45 MB: Нууу если бы было так, то у нас бы не было такой сложной белковой системы репарации … 20:45 Александр Кушелев: А вращение тРНК происходит за счёт тепловой энергии физраствора. Поэтому заметить это проблематично 20:45 Репарация - это не резонансная технология 20:45 MB: Она демонстрирует это как? При моделировании видно? 20:45 Александр Кушелев: А тут оторвали - присоединили. Баланс энергии около нуля 20:46 Да. При моделировании видно, что при сближении антикодона тРНК с кодоном иРНК инозин геометрически попадает на продольную диэфирную связь 20:47 тРНК обладает инерцией, которой хватает, чтобы срезать триплет и ещё прокрутиться до полного оборота 20:47 Кстати, рибосома тоже кушает энергию в том числа АТФ 20:48 Сборка белков - дело не бесплатное... 20:48 MB: Вот тут мне сложно ответить. Честно говоря, как-то это всё слишком противоречит современной концепции. 20:48 Александр Кушелев: А в чём противоречие? 20:49 Если интересно, то я могу рассказать, как рибосома "подзывает" именно те тРНК, которые нужны по текущему коду 20:49 MB: Подзывает? 20:49 Александр Кушелев: Там не просто толчея разных тРНК 20:50 Да. Мне удалось открыть сигнальную систему рибосомы 20:51 Дело в том, что тРНК имеет спиральную структуру и два "крыла". На концах этих "крыльев" находятся азотистые основания, но непростые, а минорные. 20:51 Они устроены так, что могут колебаться в суставах, как переднее колесо велосипеда. Если интересно, то дам ссылку на модель. 20:52 При этом у разных тРНК частоты собственных колебаний этих рулей разные. 20:52 При прочтении триплета иРНК рибосома излучает гиперзвуковой сигнал, который действует только на те рули тРНК, которые настроены на эту частоту. 20:53 Они начинают раскачиваться в суставах и притормаживать движение тРНК 20:54 При этом чем ближе к рибосоме находится руль, тем сильнее он колеблется и притормаживает. В итоге тРНК начинает заворачивать на гиперзвук и попадает на сайт сборки белка 20:54 Если бы этого механизма не было, то сбокра белка шла бы в тысячи раз медленнее 20:55 MB: А это чем-то подтверждается? 20:55 Или это гипотеза? 20:58 Александр Кушелев: Это результат модельного эксперимента. Здесь подробнее о механизме трансляции: http://nanoworld88.narod.ru/data/272.htm 20:59 А здесь подробнее про изоакцепторные тРНК: http://nanoworld88.narod.ru/data/256.htm 21:04 Здесь о минорных основаниях ДНК/РНК: http://nanoworld88.narod.ru/data/239.htm 21:05 Здесь про А-минорное взаимодействие: http://nanoworld88.narod.ru/data/247.htm 21:11 MB: Я вот по прежнему не представляю как и где это отрезание триплета происходит.   Вот у рибосомы есть три сайта - А-сайт где аминоацил-тРНК связывается с иРНК, P-сайт где связана уже пептидил-тРНК и E-сайт - откуда выходит тРНК Где происходит разрезание? В А-сайте? 21:12 Александр Кушелев: Да. На А-сайте, где тРНК связывается с иРНК 21:13 Здесь про навигационную систему рибосомы и тРНК: http://nanoworld88.narod.ru/data/227.htm 21:14 MB: Вообще, вроде как рибосома сама не АТФаза Там есть множество вспомогательных факторов - ГТФаз 21:14 которые осуществляют транслокацию иРНК относительно рибосомы 21:16 Александр Кушелев: Это понятно. Но потребление энергии рибосомой - факт 21:18 MB: По идее не рибосомой, а вспомогательными факторами Они расщепляют АТФ и ГТФ 21:19 Александр Кушелев: Они же связаны, поэтому могут выполнять функции "мышц рибосомы" 21:20 MB: А все таки, про углы я так и поняла - какой угол здесь имеется в виду? 21:20 Александр Кушелев: А это модель руля тРНК:    21:20 Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/236.htm 21:22 Речь идёт об углах поворота тРНК вокруг своей оси:    21:23 Внизу видна аминокислота. Она поворачивается вокруг связи Сальфa-N. Это угол фи 21:23 MB: Ну, подождите. А угол относительно чего? 21:23 Вокруг какой связи? 21:24 Александр Кушелев: Это угол фи. 21:24 Связь Сальфа-N 21:24 MB: А, С альфа))) 21:24 Александр Кушелев: Самый нижний атом в модели - азот 21:24 Именно им и будет вставляться аминокислота в растущую структуру белка 21:25 Сначала повернётся на нужный угол, а потом вставится 21:25 MB: Это да. Но я все равно не понимаю «угол поворота тРНК вокруг своей оси» - какой нулевой угол? 21:26 Александр Кушелев: Нулевой угол - это угол входа тРНК и срезание триплета. 21:26 MB: Угол входа куда? 21:26 Александр Кушелев: Когда инозин попадает на продольную диэфирную связь иРНК 21:26 MB: Ну, вот это я и не могу понять 21:26 Где этот угол? 21:26 Александр Кушелев: Угол поворота. тРНК входит в рибосому точно вдоль оси вращения. 21:27 Угол поворота тРНК в рибосоме отсчитывается от срезанной диэфирной связи. 21:28 Он фиксируется при образовании комплементарных связей между двумя парами азотистрых оснований кодона и антикодона. 21:28 А дальше продолжается вращение тРНК вокруг своей оси, но уже на сайте рибосомы. 21:28 На А—сайте. 21:30 Когда вращение тормознётся "сиреневым", т.е. третьим символом триплета, рибосома вставляет хвостом аминокислоту под закодированным углом и её перемещает механизм рибосомы на следующий сайт, где триплет иРНК присоединяется к отработанной части иРНК 21:31 В итоге создаётся впечатление, что иРНК вообще не разрезается 21:31 MB: Почему тРНК входит вдоль оси вращения? 21:32 Александр Кушелев: Потому что тРНК движется вдоль своей оси вращения, как шуруп 21:32 MB: Так Александр Кушелев 18.09.2023 20:09:20 Вы пишите: "я пока не поняла кольцегранную модель тРНК и то как она обеспечивает кодирование структуры." Кушелев: В двух словах всё просто. тРНК имеет примерно такую форму:    21:33 MB: Не пойму от чего угол отчитывается Когда угол нулевой, то это как выглядит? 21:33 Александр Кушелев: У неё на хвосте сидит аминокислота: 21:33 Речь идёт об углах поворота тРНК вокруг своей оси:    21:34 Когда тРНК входит в рибосому, то два азотистых основания соединяются с комплементарными основаниями иРНК. Это и есть нулевой угол поворота 21:34 MB: Как-то Ваша модель тРНК не очень похожа на известную структуру: Александр Кушелев: Та, что справа внизу более точно отражает геометрию тРНК. А то, что сверху, крупно - это неправильная модель. 21:35 Она получилась путём соединения комплементарных оснований, которые в реальности не соединяются. Это же гипотеза. 21:36 И асс-конец там неправильно изображён. Там же А-минорная связь образуется. 21:37 Она замыкает цикл на ССА-конце 21:37 Вот как выглядит этот конец: 21:37 Речь идёт об углах поворота тРНК вокруг своей оси:    21:38 4 водородно-вандерваальсовы связи по энергии похожи на одну ковалентную :) 21:38 Точнее их там 5 21:39 MB: Ну, её получили ренгеноструктурным анализом 21:40 Как с этим быть? 21:40 Александр Кушелев: Проблема РСА заключается в том, что его точность "слегка" преувеличена. И при кристаллизации форма тРНК может меняться. 21:41 MB: Так мы с вами статью не напишем :) Если РСА объявим неточным 21:41 Просто невозможно - опереться то не на что, раз и РСА не прав 21:41 Александр Кушелев: А кто может гарантировать, что листья клёна при замораживании не скрутятся в трубочку? 21:41 MB: Не знаю 21:42 В воде их например заморозить 21:42 Александр Кушелев: Если это всё сложно объяснять рецензенту, то может быть стоит начать с ... ? 21:43 MB: Это все точно будет сложно объяснить рецензенту) 21:43 Александр Кушелев: Если мы будем эксперимент с тРНК делать, то потеряем много времени 21:43 Спиральную структуру ДНК с помощью РСА получали больше 10 лет. 21:44 Именно по той причине, что она "сворачивалась" при кристаллизации. 21:44 MB: Ну, тогда мне нужно понять что за угол. 21:44 Александр Кушелев: И только когда подобрали куски ДНК нужной длины, получили рентгенограмму с осью симметрии 10-го порядка. 21:45 А с коллагеном не заморачивались, поэтому до сих пор ошибочно считается, что это тройная спираль. А на самом деле одинарная, но как бы трёхзаходная. 21:45 Угол поворота тРНК? 21:45 MB: Да 21:45 Александр Кушелев: Это угол фи 21:46 MB: Угол фи кодируется ? 21:46 Александр Кушелев: тРНК крутит аминокислоту вокруг оси, соединяющей атом азота и Сальфа 21:46 Да. Именно угол фи кодируется 21:46 MB: Угол пси - не кодируется, так? 21:47 С другой стороны, сама идея о спиральной структуре ДНК возникла из данных регеноструктурного анализа Розалинды Франклин 21:47 Александр Кушелев: Угол пси - вообще неудачное представление. В реальности плавно меняется угол вокруг оси, перпендикулярной плоскости пептидной группы 21:47 Сейчас покажу динамическую модель 21:48    21:48 Этот угол складывается из двух симметрично меняющихся углов. 21:49 Я его называю транспозиционный или угол номер 2. А есть ещё пролиновый или номер 3. 21:50 MB: Ну, без ... 21:50 Александр Кушелев: Это угол номер 1, фи, кодируемый:    21:51 Это второй:    21:52 MB: А почему тут один крайний тетраэдр без ядра? 21:53 Александр Кушелев: А потому что эта группа азота, которая выдавит группу OH предыдущего аминокислотного остатка. Поэтому ядро можно не показывать :) 21:54 Точнее лень было 21:54 MB: Ну ладно) 21:55 Окей. Посмотрим модели, и я наверное все пойму, с моделью в руках легче) 21:55 Но на счет статьи: ... про угол фи 21:55 Получается 21:56 Александр Кушелев: Можно писать про ... 21:56 ... всё может сильно усложниться и затянуться 21:57 ... можно будет ... в следующих сериях статей об истории открытия 3D генетического кода. 21:57 Но это Вам решать 21:58 Если объём работы не пугает, то можно и так. 21:58 А с моделями в руках я могу показать, если Вы в гости заедете. 21:58 У меня тут и модели белков есть, и ДНК 21:59 и куски транспортных РНК 22:00    22:01 MB: Ну да, и так Но только спирали друг в друга переходят И предсказаны большинство из них на моделях, в РСА - мало как мы знаем. 22:01 Александр Кушелев: Зеленым цветом показана поперечная диэфирная связь в ступени ДНК. Она и определяет "кооперативность водородных связей" 22:02 Но в хорошо изученных белках спирали определены правильно разными методами. 22:02 MB: Спасибо) Попробую собрать модели ... 22:03 Александр Кушелев: Вы их покажите, когда соберёте. 22:04 Может быть одна поездка поможет сократить время во много раз :) 22:04 MB: Диэфирная? Фосфодиэфирная связь в ДНК между остатком дезоксирибозы и фосфатом 22:04 Александр Кушелев: Да 22:05 MB: Тут она изображена? 22:05 Александр Кушелев: Есть продольные, которые известны, а есть поперечные, которые неизвестны 22:05 Продольные видны на модели, где больше одной ступени 22:06 MB: А между чем и чем они? 22:06 Продольные связи? 22:08 Александр Кушелев: между рибозами соседних ступеней ДНК 22:08    22:08 Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/222.htm 22:11 Модель ДНК:    22:12 MB: В у вас нету схему покрупнее? В смысле, где крупно сама связь показана? 22:12 Динамичную большую схему сложно понять 22:15 Александр Кушелев: 22:16 АТФ:    22:16    22:17 Здесь крупнее 22:17 Это я развёл ступень ДНК, не разрывая поперечные диэфирные связи   22:17 MB: А этот квадрат чему соответствует? 22:17 Александр Кушелев: Это азотистое основание А 22:18 Аденин 22:18 То, что в учебнике изображено 5- и 6- уголными циклами 22:18 Аналогично и порфириновое кольцо тоже оказалось квадратом 5*5 22:19    22:19 MB: Да, вот я и не понимаю где здесь 5-ти и 6-ти членные циклы 22:19 Александр Кушелев: Они "слиплись" в "шахматную доску" или "классики" 22:20 MB: Как так? 22:21 Александр Кушелев: порфириновое кольцо из 5-ти членных циклов - гипотеза. А "шахматная доска" - результат модельного эксперимента 22:21 Она более устойчива, чем 5-членные и 6-членные циклы 22:22 MB: А модель чем подтверждается? 22:22 Александр Кушелев: Это - результат модельного эксперимента с магнитами 22:22 MB: Устойчива по каким параметрами? 22:23 Неплохо 22:23 Александр Кушелев: Чтобы подтвердить структуру азотистых оснований нужно, например, обнаружить поперечную диэфирную связь в "мокром" эксперименте. А это не так просто. "Кооперативность водородных связей" - это косвенное указание на наличие поперечной диэфирной связи в ступенях ДНК/РНК 22:23 А в мокром эксперименте поперечную связь заметить проблематично 22:23 У неё такой же спектр, как у продольной 22:24 И быстрая динамика обмена кислорода со средой, как объяснили в группе академика Арсентьева, куда мы ездили с Дмитрием Кожевниковым ещё лет 15-20 тому назад. 22:24 Меченые атомы не прокатывают 22:26 Поэтому экспериментально поперечная связь обнаружилась именно в модельном эксперименте. Где при стыковке азотистых оснований сихронно взаимодействую фосфатные группы. Чисто геометрически. 22:27 При объединении нуклеотидов OH-группы двух фосфатов оказываются точно в одном месте пространства. Одна из них отваливается и уходит в виде молекулы воды в раствор. 22:28    22:29 Подробнее о симметрии азотистых оснований и ступени ДНК/РНК: https://picotechnology-of-proteines.nethouse.ru/page/1237010 22:29 Здесь отдельно об этом: http://nanoworld88.narod.ru/data/237.htm 22:32 Здесь видны и продольные, и поперечные диэфирные связи ДНК:    22:34    22:34    22:35 А здесь только продольные:    22:38 MB: Спасибо! Тут очень много информации. Пока что для написания статьи ... она не требуется. И, кажется, даже если писать ..., то получится много работы: датасет собирать, думать как учитывать спирали, которые в РСА не всегда детализированы (мб, кстати, надо будет брать не только РСА, но и какие-нибудь данные полученные общепризнанными способами моделирования - потому что они зачастую показывают пи-спирали там где РСА они были не показаны), писать скрипт для анализа, подумать над статистикой. Короче, работы много А я сейчас к сожалению не так свободна, чтобы работать чисто на энтузиазме. Так что давайте продолжим подготовку статьи после получения мною аванса. 22:38 Александр Кушелев: Здесь показана синхронная реакция конденсации фосфатных групп:    Что касается аванса, то инвестор, который сделал предоплату первой статьи, которую пишет профессор, не хочет оплачивать вторую статью, пока не будет закончена первая. Но я веду переговоры с другим инвестором. Если они закончатся удачно, то на днях второй инвестор сможет прислать аванс за вторую статью, т.е. за ту, которую берётесь писать Вы. MB: Это здорово. 22:51 Александр Кушелев: Да. Быстрее будет :) 23:03 Ещё одна анимация попалась:    19 September 2023 12:05 Александр Кушелев: Вы пишите: "неупорядоченные участки структуры (не спиральные) обычно портятся если там менять кодоны." Кушелев: -Вот оно, экспериментальное подтверждение наличия 3D генетического кода. Кодоны-"синонимы" - вовсе не синонимы. 12:07 Вы пишите: "пишут, что кодирование структуры идет за счет того, что скорость залипания рибосомы на кодоне и присоединения аминокислоты влияет на фолдинг" Кушелев: Связь действительно есть, но скорость "залипания" - это не причина, а следствие поворота аминокислоты на разные углы. Чем больше угол поворота, тем больше время "залипания". 12:39 MB: Да, а вот в упорядоченных регионах вроде как можно менять кодоны на синонимичные. Так что тут не все совсем однозначно 12:55 Вряд ли это так связано Рибосома читает один кодон за десятки миллисекунд А скорость вращение углов за счет термодинамического движения молекул от мсек отличается на порядки 13:20 Александр Кушелев: Тут есть нюансы. Во-первых, есть участки белка, где 3D генетический код дублирует "физическую неизбежность", т.е. попытка поставить аминокисллоту под другим углом "исправляется физикой процесса". Во-вторых, "синонимы бывают разными". Примерно как надпись на надгробии: "Не все йогурты одинаково полезны". Например, одиночный код альфа-спирали и одиночный код 310-спирали даст один и тот же результат не только в "неупорядоченном регионе", но и в первых двух позициях правой спирали. Только в третьей позиции код 310-спирали приведёт к образованию водородно-вандерваальсовой связи, которая зафиксирует угол между тремя остатками 310-спирали. Если же поменять коды альфа-спирали на коды 310-спирали в протяженном участке гибридной альфа-310-спирали, то можно не заметить изменения структуры, т.к. замена на синонимы приведет только к изменению углов между соседниии остатками. Критичной такая замена будет в том случае, если поворот боковой цепи одного из остатков повлияет на третичную структуру. И то, если это влияние изменит координаты, например, всего спирального участка. Если же это изменит лишь число связей между боковыми группами соседних спиральных участков, то это может остаться незаметным, хотя белок может стать менее устойчивым или утратить частично или полностью одну или несколько своих функций. 13:24 Действительно. Вы правы. Тогда время задержки в десятки миллисекунд скорее всего связаны с системой навигации тРНК. Концентрация редких тРНК ниже, чем "часто употребляемых", поэтому редкие тРНК статистически проходят более длинный путь до рибосомы. Отсюда и более долгое "залипание", т.е. более долгое ожидание редких тРНК. Это как ждать на остановке редкий автобус, который ходит не часто. [19.09.2023 16:08] MB: Да, от уровня экспрессии тРНК зависит скорость . Но у этих ребят написано и про частичное кодирование структуры. Надо будет мне почитать позже. Александр Кушелев, [19.09.2023 16:24] Как только они поймут, что есть кодирование, они быстро всю таблицу 3D кода вычислят. Я это сделал за один рабочий день. А если они ещё и гуглить умеют, то найдут эту таблицу на моих сайтах. А желательно, чтобы таблица в рецензируемом журнале появилась раньше, чем с другими фамилиями... "Кто не успел, тот опоздал" :) *** Уважаемый читатель! Может быть Вы как раз и есть "второй инвестор", который сделает предоплату второй статьи в престижном реферируемом журнале? Это поможет поднять нашу цивилизацию на новую ступень развития.  Обратная связь: kushelev20120@yandex.ru Приглашение к сотрудничеству На базе научного открытия нами создан онлайн-сервис по определению структуры белковых молекул. Теперь мы сможем зарабатывать вместе. По старой технологии определение одной структуры белка обходится примерно в 10 000 евро, а ждать нужно от 2 месяцев до 3 лет. По новой технологии структура определяется в 1000 раз точнее и в миллиард раз быстрее. 80% от найденного Вами заказа принадлежат Вам, как менеджеру. Наш лозунг: "В 1000 раз лучше, в 1000^3 быстрее и в 1000 раз дешевле!" Ваша задача заключается в размещении рекламы на онлайн-сервис белковых структур. Рынок этих структур очень большой и продолжает стремительно расти. Ежедневно кто-то оплачивает до 60 структур по средней цене 10 000 евро за штуку. Новая технология позволила на одном персональном компьютере за неделю определить структуры всех 115 000 белков человека, для которых известна нуклеотидная кодирующая последовательность. При этом качество результата, полученного по новой технологии в 1000 раз выше по точности, в миллиард раз по быстродействию и в 30 раз шире по номенклатуре белковых молекул. Единственное, что нам сегодня не хватает - рекламы. Как получить Вашу первую зарплату менеджера? Найти заказчика белковых структур  и убедить его заказать за счёт лаборатории Наномир пробный заказ. Когда заказчик распробует новую технологию, он начнёт делать коммерческие заказы. С первого коммерческого заказа менеджер получает 80%. С последующих заказов процент будет постепенно уменьшаться, но с первого заказа другого заказчика менеджер снова получит 80%. Зарплата менеджера может достичь миллиона евро в день. И это не предел. Обратная связь: kushelev20120@yandex.ru Инвестирование научных проектов Приглашаем инвесторов и меценатов. Как продвинуть цивилизацию на новый уровень своего развития и получить при этом огромные прибыли? - Вложить деньги в научные разработки. Новейшие виды экологически чистых и мощных источников энергии, средство для продления жизни,  высокие технологии. Все это реально создать в ближайший год-два при наличии достаточного финансирования. Готовые коммерческие продукты   1. Online service PROTEIN PICOTECHNOLOGY 2. Сверхдобротные одномодовые диэлектрические резонаторы в т.ч. с большим диапазоном перестройки 3. Станки для производства высокодобротных одномодовых резонаторов  4. Технология изготовления сапфировых линз  5. Магнитный тороидально-сферический конструктор Проекты 01 Ruby Emdrive (Микроволновый двигатель без реактивной струи) 02 Ruby Power Source (Микроволновый источник энергии)  03 Средство продления жизни (Возвращение молодости) 04 Октаэдрический редуктор 05 Шестеренчатая передача Кушелева 06 Магнитный подвес-стыковка-герметизация модулей 07 Ионно-микроволновый фрактальный излучатель 08 Гибкий отражатель из жестких элементов 09 Энциклопедия "Наномир" 10 Экспертиза 11 Конструктивные компьютерные игры 12 Интеллектуальный кодовый замок 13 Очки кругового обзора 14 Тетраэдрический сканер 15 Программируемая архитектура 16 Источник энергии промышленной частоты 17 Источник энергии постоянного тока 18 Монокристаллическая видеокамера 19 Система определения активных участков белка 20 Тераваттный лазер непрерывного действия 21 Бактериальный синтез алмазов 22 Шестеренчатые передачи с тремя степенями свободы 23 Сверхсветовая связь 24 Безосевая шестеренчатая передача 25 Aктивный язык программирования 26 Телевидение миллиметрового и оптического диапазонов 27 Микроволновая архитектура 28 Компьютерный экран из автономных элементов 29 Чтение / запись ДНК 30 Сверхсветовая локация / зрение 31 Нейтрализатор акустического сигнала Коммерческое предложение:  Виктория Соколик: Уважаемые коллеги, Вашему вниманию предоставляется услуга -- моделирование 2D и 3D структуры любого белка без ограничений в его размере и степени изученности с помощью программного обеспечения, базирующемся на принципиально новом подходе декодирования нуклеотидной последовательности, детерминирующей данный белок. Всё, что необходимо от заказчика, это нуклеотидная последовательность мРНК интересующего его белка (или код этой нуклеотидной последовательности в EMBL, или хотя бы код самого белка в PDB). В течение 1-3 суток мы готовы предоставить Вам схему вторичной структуры заказанного белка (2D), модель его пространственной структуры (3D) в виртуальном пространстве, а также файл .pdb с координатами каждого атома белка.  Файл .pdb может быть использован по аналогии с файлами закристаллизованных белков из PDB банка для дальнейшего конформационного анализа белка методами молекулярной динамики с учётом физико-химической специфики микроокружения белка или его взаимодействия с лигандами. Таким образом, Вы сможете максимально быстро удобным для Вас способом (по электронной почте, на сайте либо на электронном носителе) получить информацию о структуре Вашего белка.  Сотрудничество может быть различным: - участие в научных дискуссиях на форуме (конструктивное) - совместное создание коммерческого продукта - поиск инвесторов - выступить менеджером по продаже готовых коммерческих продуктов  - конструктивные предложения по продвижению идей лаборатории Наномир - содействие в проведении экспериментов и т.п. - написание совместных научных статей и т.п. - материальный вклад (денежный или обеспечение оборудованием и материалами)   Пожалуйста, сообщайте о своем вкладе, чтобы мы зачли Вас как партнера лаборатории Наномир. +7-926-5101703,   +7-903-2003424,  mail: kushelev20120@yandex.ru О способах финансирования можно спросить по электронной почте.  Огромное спасибо всем за помощь и поддержку!