Выпуск 1674 (повтор) 2026-01-20 Лаборатория Наномир Когда реальность открывает тайны, уходят в тень и  меркнут чудеса ... Шедевры белковой архитектуры. Часть 176  Предысторию см. в 1675-ом выпуске рассылки.   20 January 2026 Н 11:35 Наномир-Исследования | Nanoworld Lab. Research dep. Д Денис 20.01.2026 11:19:57   Увеличить  Интересно. Строение белка как будто кратно 7. Каждые 7 шагов видна упорядоченная структура. Н 11:36 Наномир-Исследования | Nanoworld Lab. Research dep. " Строение белка как будто кратно 7" Кушелев: -Да. Это - фрактальная спираль с периодом 7 аминокислотных остатков. Н 14:51 Наномир-Исследования | Nanoworld Lab. Research dep. Александр Кушелев: Картинка красивая, но рамка считывания сбита. Поправляем... 14:52 Теперь другое дело! Файл .fa (331Mb): https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/xenLae2/bigZips/xenoRefMrna.fa.gz Взят отсюда: https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/xenLae2/bigZips/     Александр Кушелев: Один период фрактальной спирали белка NM_001113286 состоит из 81 аминокислотных остатков: GASGSTGSSSGSPGATGASIGQPETSRISVAGSSGAPAVSSGASQAAGTSGAGPGTTASSVGVTETARPSVAGSGTTGTVS. В периоде мы видим 4 бета-спиральных учаска и один альфа-310-спиральный. В конце периода просматривается ещё участок фрактальной альфа-бета-спирали, состоящий из 8 аминокислотных остатков. Н 15:07 Наномир-Исследования | Nanoworld Lab. Research dep. Т татьяна ряс 20.01.2026 14:50:13 Александр Юрьевич, 3Д покажете? Н 15:09 Наномир-Исследования | Nanoworld Lab. Research dep. "3Д покажете?" Александр Кушелев: Чтобы не показывать абракадабру, ждите, когда будет доделан 3D модуль программы "Пикотехнология белков", который позволяет настраивать углы пролина. Без этого нет смысла пытаться делать 3D модель. Н 15:10 Наномир-Исследования | Nanoworld Lab. Research dep. Д Денис 20.01.2026 15:09:05 Стоп-кодон на 7 позиции это нормально? Н 15:12 Наномир-Исследования | Nanoworld Lab. Research dep. "Стоп-кодон на 7 позиции это нормально?" Кушелев: Вероятно, CDS начинается с 8-ой позиции гена. 15:13 Первые 20% 2D структуры белка NM_001113268 (полное представление) 15:27 Аминокислотная последовательность белка NM_001113268, а точнее NP_001106757: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_001106757.1?report=genbank&log$=prottop&blast_rank=1&RID=PYX2JZK6014 15:29 Нуклеотидная кодирующая последовательность (CDS) белка NM_001113268: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001113286.1 Н 15:32 Наномир-Исследования | Nanoworld Lab. Research dep. Д Денис 20.01.2026 15:25:08   Увеличить  Надо сдвинуть рамку считывания на 21 позицию, и тогда стоп-кодоны только в самом конце Н 15:32 Наномир-Исследования | Nanoworld Lab. Research dep. Александр Кушелев: В генбанке: CDS 56..39922   Увеличить  Денис: Идеально!  Н 17:40 Наномир-Исследования | Nanoworld Lab. Research dep. Александр Кушелев: Понятно, что о структуре этого белка (13288 аминокислотных остатков) ничего неизвестно (UniProt): https://www.uniprot.org/uniprotkb/O18758/entry Оттуда есть ссылка на нуклеотидную последовательность в генбанке: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AF005273 Этот белок из организма "Домашняя свинья" Н 19:03 Наномир-Исследования | Nanoworld Lab. Research dep. Александр Кушелев: На международном рынке неправильная(!) 2D структура белка стоит около 500 у.е., т.е. 2 грамма золота + 100 грамм серебра. Десяток неправильных (!) 2D структур обходятся заказчикам в 20-граммовый слиток золота Сбербанка + килограммовый слиток серебра. Этот десяток заказов мог бы обеспечить скромное самофинансирование лаборатории Наномир. А если учесть, что я уже сегодня на недорогом компьютере могу выполнять миллион таких заказов в день, то со временем финансирование может стать не таким уж скромным, что позволит быстро раздать вклады инвесторам с соответствующими коэффициентами. Пассивным - с коэффициентом 10, а активным - с коэффициентом 100. И каждый вложенный кг золота вернётся центнером :) Н 19:25 Наномир-Исследования | Nanoworld Lab. Research dep. Александр Кушелев:  Ещё одна любопытная 2D структура. Тоже со сбитой рамкой считывания. Исправляем... 19:25 Теперь ОК! 2D структура белка NM_167403 определена по этой нуклеотидной кодирующей последовательности (CDS) Н 19:27 Наномир-Исследования | Nanoworld Lab. Research dep. Д Денис 20.01.2026 19:21:17 А что они делают с неправильной 2D структурой? Н 19:29 Наномир-Исследования | Nanoworld Lab. Research dep. "А что они делают с неправильной 2D структурой?" Кушелев: -Наивно полагают, что она правильная и удивляются, почему "всё так плохо"... Н 21:57 Наномир-Исследования | Nanoworld Lab. Research dep. Александр Кушелев, [20.01.2026 12:50] Привет, Дмитрий Николаевич! Что-то Вы долго делаете правку статьи. Инвесторы заждались ... Дмитрий Кожевников, [20.01.2026 15:19] Привет. Я же профессор. Сейчас сессия. Зачёты и экзамены мешают. Статьи иноземные перевожу и читаю . Думаю, в перерывах между суетой с зачётом и заседаниями кафедры Александр Кушелев, [20.01.2026 15:33] ОК Дмитрий Кожевников, [20.01.2026 21:46] Обсуждаются возможные механизмы, связывающие кодонный состав с локальной конформацией: вариации скорости трансляции, взаимодействия на рибосоме, различия в тРНК‑пулаx и др., но напрямую показать механистическую причинность в данной работе не удаётся. Авторы подчёркивают, что невозможность полностью учесть влияние структурного окружения (packing, контакты, положение в домене) является ограничением метода и может приводить к занижению оценок эффекта. Делается вывод, что кодон‑специфические диаграммы Рамачандрана могут служить полезным инструментом для дальнейших исследований связи между кодонным выбором и локальной структурой, и выдвигается призыв включать точную генетическую информацию (последовательность мРНК/ДНК) в структурные базы данных. Дмитрий Кожевников, [20.01.2026 21:47] Такие выводы мне не кажутся годными для ссылки на них Дмитрий Кожевников, [20.01.2026 21:48] Это из статьи: Rosenberg, Marx, Bronstein (Nat. Commun. 2022, 13:2815) ...исследует, зависят ли локальные конформации главной цепи аминокислот в белках от того, каким именно синонимичным кодоном они были закодированы в мРНК. Авторы вводят подход для построения «кодон‑специфических диаграмм Рамачандрана» и статистического сравнения распределений диэдральных углов ϕ и ψ для синонимичных кодонов Дмитрий Кожевников, [20.01.2026 21:49] Только метод интересен: Используется большая выборка структур из PDB, для которых удаётся восстановить соответствующие кодирующие последовательности и однозначно сопоставить каждому аминокислотному остатку конкретный кодон. Александр Кушелев, [20.01.2026 21:50] Почему? Очень толково. Вот, например: "призыв включать точную генетическую информацию (последовательность мРНК/ДНК) в структурные базы данных." Эта информация как раз и определяет вторичную структуру белка. Очень грамотное предложение. "Используется большая выборка структур из PDB, для которых удаётся восстановить соответствующие кодирующие последовательности" Кушелев: А тут есть серьёзная проблема. В PDB гипотетическая вторичная структура. Если там показана альфа-спираль, то в реальности это может быть как альфа-, так и не альфа-, а, например, пи-спираль, фрактальная спираль, перевёртыш, вязь и много чего ещё... Именно по этой причине исследователи не могут открыть 3D генетический код. Если бы в PDB была достоверная информация о вторичной структуре белков, то таблицу 3D генетического кода давно бы открыли.     Продолжение следует...  Онлайн-сервис на авито:  https://www.avito.ru/moskva/predlozheniya_uslug/opredelim_strukturu_belka_po_geneticheskomu_kodu_7582494073    Научные статьи по пикотехнологии  https://medsociofil.ru/archive/?ELEMENT_ID=62302 Страница 151. https://medsociofil.ru/archive/?ELEMENT_ID=61275 Страница 70.  https://medsociofil.ru/archive/?ELEMENT_ID=63463 Страница 156 Научная публикация 1996 года (копия)   Приглашение к сотрудничеству На базе научного открытия нами создан онлайн-сервис по определению структуры белковых молекул. Теперь мы сможем зарабатывать вместе. По старой технологии определение одной структуры белка обходится примерно в 10 000 евро, а ждать нужно от 2 месяцев до 3 лет. По новой технологии структура определяется в 1000 раз точнее и в миллиард раз быстрее. 80% от найденного Вами заказа принадлежат Вам, как менеджеру. Наш лозунг: "В 1000 раз лучше, в 1000^3 быстрее и в 1000 раз дешевле!" Ваша задача заключается в размещении рекламы на онлайн-сервис белковых структур. Рынок этих структур очень большой и продолжает стремительно расти. Ежедневно кто-то оплачивает до 60 структур по средней цене 10 000 евро за штуку. Новая технология позволила на одном персональном компьютере за неделю определить структуры всех 115 000 белков человека, для которых известна нуклеотидная кодирующая последовательность. При этом качество результата, полученного по новой технологии в 1000 раз выше по точности, в миллиард раз по быстродействию и в 30 раз шире по номенклатуре белковых молекул. Единственное, что нам сегодня не хватает - рекламы. Как получить Вашу первую зарплату менеджера? Найти заказчика белковых структур  и убедить его заказать за счёт лаборатории Наномир пробный заказ. Когда заказчик распробует новую технологию, он начнёт делать коммерческие заказы. С первого коммерческого заказа менеджер получает 80%. С последующих заказов процент будет постепенно уменьшаться, но с первого заказа другого заказчика менеджер снова получит 80%. Зарплата менеджера может достичь миллиона евро в день. И это не предел.   Инвестирование научных проектов   Приглашаем инвесторов и меценатов. Как продвинуть цивилизацию на новый уровень своего развития и получить при этом огромные прибыли? - Вложить деньги в научные разработки. Новейшие виды экологически чистых и мощных источников энергии, средство для продления жизни,  высокие технологии. Все это реально создать в ближайший год-два при наличии достаточного финансирования. Готовые коммерческие продукты   1. Online service PROTEIN PICOTECHNOLOGY 2D 2. Сверхдобротные одномодовые диэлектрические резонаторы в т.ч. с большим диапазоном перестройки 3. Станки для производства высокодобротных одномодовых резонаторов  4. Технология изготовления сапфировых линз  5. Магнитный тороидально-сферический конструктор 6. Рубиновый конструктор резонансных систем   Проекты 01 Ruby Emdrive (Микроволновый двигатель без реактивной струи) 02 Ruby Power Source (Микроволновый источник энергии)  03 Средство продления жизни (Возвращение молодости) 04 Октаэдрический редуктор 05 Шестеренчатая передача Кушелева 06 Магнитный подвес-стыковка-герметизация модулей 07 Ионно-микроволновый фрактальный излучатель 08 Гибкий отражатель из жестких элементов 09 Энциклопедия "Наномир" 10 Экспертиза 11 Конструктивные компьютерные игры 12 Интеллектуальный кодовый замок 13 Очки кругового обзора 14 Тетраэдрический сканер 15 Программируемая архитектура 16 Источник энергии промышленной частоты 17 Источник энергии постоянного тока 18 Монокристаллическая видеокамера 19 Система определения активных участков белка 20 Тераваттный лазер непрерывного действия 21 Бактериальный синтез алмазов 22 Шестеренчатые передачи с тремя степенями свободы 23 Сверхсветовая связь 24 Безосевая шестеренчатая передача 25 Aктивный язык программирования 26 Телевидение миллиметрового и оптического диапазонов 27 Микроволновая архитектура 28 Компьютерный экран из автономных элементов 29 Чтение / запись ДНК 30 Сверхсветовая локация / зрение 31 Нейтрализатор акустического сигнала 32 Линзы Кушелева и телескоп нового типа на их основе  33 Незасоряемый сифон  34 Усилитель солнечного света без дополнительного источника энергии  35 Оптический конструктор  36 Фрактальные эталоны и шкалы для точного измерения линейных и угловых величин  37 Силовая делительная головка субсекундной точности 38 антенны и резонаторы фрактального тока  Коммерческое предложение:  Виктория Соколик: Уважаемые коллеги, Вашему вниманию предоставляется услуга -- моделирование 2D и 3D структуры любого белка без ограничений в его размере и степени изученности с помощью программного обеспечения, базирующемся на принципиально новом подходе декодирования нуклеотидной последовательности, детерминирующей данный белок. Всё, что необходимо от заказчика, это нуклеотидная последовательность мРНК интересующего его белка (или код этой нуклеотидной последовательности в EMBL, или хотя бы код самого белка в PDB). В течение 1-3 суток мы готовы предоставить Вам схему вторичной структуры заказанного белка (2D), модель его пространственной структуры (3D) в виртуальном пространстве, а также файл .pdb с координатами каждого атома белка.  Файл .pdb может быть использован по аналогии с файлами закристаллизованных белков из PDB банка для дальнейшего конформационного анализа белка методами молекулярной динамики с учётом физико-химической специфики микроокружения белка или его взаимодействия с лигандами. Таким образом, Вы сможете максимально быстро удобным для Вас способом (по электронной почте, на сайте либо на электронном носителе) получить информацию о структуре Вашего белка.  Сотрудничество может быть различным: - участие в научных дискуссиях на форуме (конструктивное) - совместное создание коммерческого продукта - поиск инвесторов - выступить менеджером по продаже готовых коммерческих продуктов  - конструктивные предложения по продвижению идей лаборатории Наномир - содействие в проведении экспериментов и т.п. - написание совместных научных статей и т.п. - материальный вклад (денежный или обеспечение оборудованием и материалами)   Пожалуйста, сообщайте о своем вкладе, чтобы мы зачли Вас как партнера лаборатории Наномир. Telegram: https://t.me/nanoworldlab Приглашение в группу: https://t.me/nanoworld_discussion  WhatsApp: +7 903 200-34-24 mail: kushelev20120@yandex.ru О способах финансирования можно спросить по электронной почте и на телеграм-канале.  Огромное спасибо всем за помощь и поддержку!