Чтобы изменить настройки X Window (количество цветов, разрешение экрана, настройки 3D, и т.д), просто отредактируйте конфигурационный файл Иксов (/etc/X11/XF86Config-4 для XFree4 и выше, /etc/X11/XF86Config - для более ранних версий). Все настройки хранятся в нём.