Сюжет игры практически полностью повторяет историю, описанную в книге.
Главного героя зовут Артем и живет он на станции ВДНХ. Когда-то в
детстве он с приятелями случайно открыл гермозатвор, отделяющий
«подземку» от поверхности, и не сумел закрыть. И теперь к родным пенатам
нескончаемым потоком прут неизвестного рода мутанты, которых прозвали
черными. Последние несколько лет их налеты стали просто невыносимыми, и
станция вот-вот может пасть. К тому же черные владели какой-то
непонятной для человеческого разума способностью воздействовать на ум,
что приводило даже самых опытных бойцов в панику и беспамятство. После
некоторых событий главный герой получает задание добраться до
своеобразной столицы метро — Полиса — и передать сообщение в орден
Спартанцев, последних защитников человечества. Родную станцию Артем
никогда не покидал, однако именно от него теперь зависит судьба не
только ВДНХ, но и всего метро целиком.