Игра продолжается после событий, произошедших в оригинальной The Last Ninja от System 3 1987 года выпуска. Имея в своём распоряжении свитки Кога, Армакуни начал обучение нового ордена воинов-теней. Во время тренировки он таинственным образом переносится в Нью-Йорк двадцатого века. Вырванный из своего времени, Армакуни должен ещё раз победить злого сёгуна
Кунитоки.
Игровой процесс
Игрок, управляя ниндзя, должен проходить различные уровни, населенные противниками, и собирать в процессе необходимые предметы. Каждый уровень разделен на несколько экранов. Игра представлена в изометрическом виде,
ниндзя может двигаться в восьми различных направлениях и прыгать.
Враги, мастерски владеющие техниками рукопашного боя и различными видами оружия, бродят по уровням. Ниндзя должен сражаться с ними либо голыми руками, либо оружием, которое он находит по пути. Существует специальное оружие — сюрикены, которые можно бросать в противников. Если они поражают врага, он умирает или, по
крайней мере, получает сильные повреждения.
Различные предметы разбросаны по уровням, такие как ключи, веревка и карта. Без использования их в нужных местах, невозможно завершить игру. Есть также гамбургеры, после поедания которых даётся дополнительная жизнь.