Имеется несколько презентаций с сопровождением мелодий на все слайды (в каждой презентации своя мелодия), при переходе из одной презентации в другую через слайд оглавления происходит наложение мелодий. Как этого избежать?
Избежать данную проблему можно следующим образом. Для этого создайте так называемую управляющую презентацию, где будут заданы все гиперссылки на презентации с музыкальным сопровождением. И в этом случае при переходе по гиперссылке  от презентации к презентации наложения мелодий происходить не будет.

Нужно чтобы некоторые слайды в презентации отображались только в случае нажатия на гиперссылку, и по завершении показа таких слайдов презентация по клику возвращалась к слайду с гиперссылкой. Размещаю эти слайды после завершающего слайда. Есть ли возможность повлиять на очерёдность показа слайдов? Чтобы, например, после десятого слайда шел третий, а после третьего одиннадцатый.
Такая возможность существует. Добиться желаемого результата возможно при помощи «Произвольного показа». Вы можете создать произвольный показ с любой очередностью слайдов и задать на него гиперссылку. А после просмотра этого показа вы автоматически вернетесь на слайд с гиперссылкой.
1. Создание произвольного показа:
Меню «Показ слайдов» - «Произвольный показ». Откроется одноименное окно.
В окне кликаем по кнопке «Создать». Откроется окно «Задание произвольного показа». Слева в окне выбираем слайды из презентации, которые будут входить в произвольный показ, и нажимаем кнопку «Добавить».
После того как все слайды выбраны, жмем «ОК», потом «Закрыть».
2. Задание гиперссылки на произвольный показ с возвратом.
Кликаем по объекту или тексту правой кнопкой мыши, затем из контекстного меню выбираем пункт «Гиперссылка». Откроется окно «Добавление гиперссылки».
Справа выбираем «Местом в документе». В центре в окошке находим нужный произвольный показ, после чего необходимо поставить флажок «Показать и вернуться», для того, чтобы после просмотра произвольного показа вернуться на слайд с гиперссылкой.
После всего вышеописанного выше нажимаем «ОК».

Как можно презентацию .ppt или .pps перекодировать, чтобы можно было ее воспроизводить на DVD-плейере (Video CD или DVD)?
Для ответа надо уточнить следующее:
1) Хочется сохранить возможности PowerPoint'a или нет в показываемой презентации?
2) На каком ПК будет демонстрироваться: если на компьютере не будет PP или его "просмоторщика", то и посмотреть будет невозможно.
3) Если делать видео-формат, то нельзя будет управлять презентацией "по клику" да и опять же, формат, кодеки, программы просмотра.
Самый простой вариант — сохранить презентацию для просмотра, и записать диск с автозапуском нужного файла. И тогда, как только диск начнет читаться, произойдет запуск презентации в режиме — просмотр.
Создать диск с "autoran'oм" поможет Nero.
На DVD-плеере можно будет только в виде видео-файла, формат AVI.
Но опять же, придется записывать в формате для показа на плеерах (есть в Неro), поскольку не все имеют современные и "умные" DVD-плееры. У многих они лицензионные диски с фильмами читают нерегулярно.