| ← Декабрь 2017 → | ||||||
|
2
|
3
|
|||||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
5
|
6
|
7
|
8
|
9
|
10
|
|
|
12
|
13
|
14
|
15
|
|||
|
18
|
19
|
21
|
22
|
23
|
24
|
|
|
25
|
26
|
27
|
28
|
29
|
||
За последние 60 дней 37 выпусков (4-5 раз в неделю)
Сайт рассылки:
http://nanoworld.narod.ru
Открыта:
07-10-2005
Статистика
-1 за неделю
635 Музыкальная (по аминокислотной) и структурная (по композиционному коду) гомология
|
Выпуск 635 Лаборатория Наномир Когда реальность открывает тайны, Музыкальная (по аминокислотной) и структурная (по композиционному коду) гомология В современной молекулярной биологии используется метод гомологии, который можно называть музыкальным, т.е. речь идёт о совпадении аминокислотных последовательностей белков с неизвестной и известной структурами. Исследователи обнаружили, что этот метод ненадежный, т.к. встречаются белки, например, биназа и барназа, у которых аминокислотные последовательности совпадают, а структуры разные. Любопытно, что собираются эти белки под одинаковую музыку, точнее под музыку с одинаковыми по высоте, но не по длительности(!) нотами. Дело в том, что скорость сборки белковой молекулы зависит от того, нужно ли поворачивать аминокислоту вместе с транспортной РНК или не нужно. Если закодирован угол альфа-спирали или 310-спирали, то время сборки минимально. Если закодирован угол пи-спирали, то время сборки возрастает примерно вдвое, т.к. тРНК нужно повернуть на угол 120 градусов, а затем обратно, чтобы восстановить структуру иРНК. Если же закодирован угол бета-спирали, то время сборки возрастает еще примерно в два раза, т.к. поворот тРНК уже не 120, а 240 градусов. Поэтому даже музыка сборки биназы и барназы по большому счету разная, т.к. длительности нот разные. Но всё же хоть и с натяжкой, но можно назвать такую гомологию музыкальной, а более точно, по первичной, т.е. аминокислотной последовательности. Известен и другой факт. Мутации белков, которые не приводят к летальному исходу для организма, при замене аминокислотных остатков не меняют структуру белка:
Это значит, что композиционный код после мутации остаётся неизменным. Такую гомологию можно назвать структурной. Вы уже видели негомологичные по композиционному коду, но гомологичные по аминокислотной последовательности структуры поливалина:
OTF86159: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/CM007906.1?report=fasta&sat=37&satkey=307832265&itemID=1362 OTG33229: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/CM007891.1?from=7600734&to=7601591&sat=37&sat_key=307832447
Пикотехнология белков открывает новые возможности для поиска гомологичных участков именно по композиционному коду. Для этого нужно воспользоваться онлайн-сервисом: Online service PROTEIN PICOTECHNOLOGYСтруктурно-контентный изоморфизм Заказ 2017-11-20_08: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/LS … mask=65536 >OLP_gen1_1 Результат:
Развернуто:
 Сдвигаем рамку считывания на 1 символ
Результат:
Сдвигаем рамку считывания еще на 1 символ Результат:
Состав аминокислотных остатков не меняется, и структура программной 252555-спирали остаётся! *** https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/LS … mask=65536 Посмотрим, какие свойства у комплементарной последовательности... >OLP_gen_c_1 Результат:
Развернуто:
Сдвинем рамку считывания на 1 символ: Результат:
Сдвинем рамку считывания еще на 1 символ: Результат:
Потрясающе! И тут не меняется не только структура, но и аминокислотный состав! Структурно-контентным изоморфизмом назовём неизменность / инвариантность структуры и аминокислотной последовательности при сдвиге рамки считывания. Шумоподобный навигационный код фрактальных программных спиралей Красным, оранжевым и голубым цветами обозначены прямые альфа-спиральные, 310-спиральные и пи-спиральные участки соответственно. Границы между ними заполнены как бы шумом, но на самом деле на этих границах решается задача выбора направления очередного участка прямой спирали. Это шумоподобный навигационный код. В ближайшее время я попытаюсь построить 3D модель этого белка.
 Подробнее: http://nanoworld.org.ru/topic/1845/page/7/
Что такое квазикратная корреляция? В данном случае ритм ударных похож на ритм вальса. Один удар, после чего два удара подряд. Однако общий цикл не кратен 3. Число долей 23. Это - простое число. На 3 не делится. Но если бы это было 24, то разделилось бы, и корреляция оказалась бы кратной. Программная спираль с периодом 42 аминокислотных остатка строится под 7-дольный ритм Заказ 2017-11-13_02 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1233179520 >XP_022191227 Результат:
Развернуто:
 Фрагмент:  Фрагмент программной спирали с периодом 590-549+1=42 аминокислотных остатков. Строится под 7-дольный ритм. 7 долей повторяются в одном периоде 6 раз 6*7=42 Программная спираль с периодом 62 аминокислотных остатка строится под 62-дольный ритм. Профессиональны музыкант обнаружил любопытный музыкальный фрагмент этого белка:
На следующей неделе он планирует начать делать аранжировку этой музыки белка... Создан онлайн сервис "Определение структуры белка по нуклеотидной последовательности" Kushelev's PicoShop Проект для Бумстартера
На базе научного открытия нами создан онлайн-сервис по определению структуры белковых молекул. Теперь мы сможем зарабатывать вместе. По старой технологии определение одной структуры белка обходится примерно в 10 000 евро, а ждать нужно от 2 месяцев до 3 лет. По новой технологии структура определяется в 1000 раз точнее и в миллион раз быстрее. 80% от найденного Вами заказа принадлежат Вам, как менеджеру. Наш лозунг: "В 1000 раз лучше и в 1000 раз дешевле!" Ваша задача заключается в размещении рекламы на онлайн-сервис белковых структур. Рынок этих структур очень большой и продолжает стремительно расти. Ежедневно кто-то оплачивает до 60 структур по средней цене 10 000 евро за штуку. Новая технология позволяет на одном персональном компьютере обслужить до 100 заказчиков в день. При этом качество результата, полученного по новой технологии в 1000 раз выше по точности, в миллион раз по быстродействию и в 30 раз шире по номенклатуре белковых молекул. Единственное, что нам сегодня не хватает - рекламы. Как получить Вашу первую зарплату менеджера? Найти заказчика белковых структур и убедить его заказать за счёт лаборатории Наномир пробный заказ. Когда заказчик распробует новую технологию, он начнёт делать коммерческие заказы. С первого коммерческого заказа менеджер получает 80%. С последующих заказов процент будет постепенно уменьшаться, но с первого заказа другого заказчика менеджер снова получит 80%. Зарплата менеджера может достичь миллиона евро в день. И это не предел.
Первые 100 заказов за счёт лаборатории Наномир. Инвестирование научных проектов Приглашаем инвесторов и меценатов. Все это реально создать в ближайший год-два при наличии достаточного финансирования. 1. Online service PROTEIN PICOTECHNOLOGY 2. Сверхдобротные одномодовые диэлектрические резонаторы в т.ч. с большим диапазоном перестройки 3. Станки для производства высокодобротных одномодовых резонаторов 4. Технология изготовления сапфировых линз 5. Магнитный тороидально-сферический конструктор 01 Ruby Emdrive (Микроволновый двигатель без реактивной струи) 02 Ruby Power Source (Микроволновый источник энергии) 03 Средство продления жизни (Возвращение молодости) 05 Шестеренчатая передача Кушелева 06 Магнитный подвес-стыковка-герметизация модулей 07 Ионно-микроволновый фрактальный излучатель 08 Гибкий отражатель из жестких элементов 11 Конструктивные компьютерные игры 12 Интеллектуальный кодовый замок 15 Программируемая архитектура 16 Источник энергии промышленной частоты 17 Источник энергии постоянного тока 18 Монокристаллическая видеокамера 19 Система определения активных участков белка 20 Тераваттный лазер непрерывного действия 21 Бактериальный синтез алмазов 22 Шестеренчатые передачи с тремя степенями свободы 24 Безосевая шестеренчатая передача 25 Aктивный язык программирования 26 Телевидение миллиметрового и оптического диапазонов 28 Компьютерный экран из автономных элементов 30 Сверхсветовая локация / зрение 31 Нейтрализатор акустического сигнала Коммерческое предложение: Виктория Соколик: Уважаемые коллеги, Вашему вниманию предоставляется услуга -- моделирование 2D и 3D структуры любого белка без ограничений в его размере и степени изученности с помощью программного обеспечения, базирующемся на принципиально новом подходе декодирования нуклеотидной последовательности, детерминирующей данный белок. Всё, что необходимо от заказчика, это нуклеотидная последовательность мРНК интересующего его белка (или код этой нуклеотидной последовательности в EMBL, или хотя бы код самого белка в PDB). В течение 1-3 суток мы готовы предоставить Вам схему вторичной структуры заказанного белка (2D), модель его пространственной структуры (3D) в виртуальном пространстве, а также файл .pdb с координатами каждого атома белка. Файл .pdb может быть использован по аналогии с файлами закристаллизованных белков из PDB банка для дальнейшего конформационного анализа белка методами молекулярной динамики с учётом физико-химической специфики микроокружения белка или его взаимодействия с лигандами. Таким образом, Вы сможете максимально быстро удобным для Вас способом (по электронной почте, на сайте либо на электронном носителе) получить информацию о структурном шаблоне Вашего белка. Сотрудничество может быть различным: - участие в научных дискуссиях на форуме (конструктивное) - совместное создание коммерческого продукта - поиск инвесторов - выступить менеджером по продаже готовых коммерческих продуктов - конструктивные предложения по продвижению идей лаборатории Наномир - содействие в проведении экспериментов и т.п. - написание совместных научных статей и т.п. - материальный
вклад (денежный или обеспечение оборудованием и материалами)
Пожалуйста, сообщайте о своем вкладе, чтобы мы зачли Вас как партнера лаборатории Наномир. +7-926-5101703, +7-903-2003424, +7-916-8265031, Skype: Kushelev2009, mail: kushelev20120@yandex.ru веб-мани: WM-кошелек R426964799301 Другие способы перевода Огромное спасибо всем за помощь и поддержку! |
| В избранное | ||
