Отправляет email-рассылки с помощью сервиса Sendsay

Новости лаборатории Наномир

  Все выпуски  

679 Фрактальные программные спирали белков - фрактальный ключ к структуре геномов


Выпуск 679

Лаборатория Наномир

Когда реальность открывает тайны,
уходят в тень и  меркнут чудеса ...

 

Фрактальные программные спирали белков - фрактальный ключ к структуре геномов

Читатели рассылки "Новости лаборатории Наномир" уже в курсе, что с помощью программных спиралей белковых молекул можно определить композиционную таблицу переходов фундаментальных спиралей, т.е. взаимное расположение аминокислотных остатков при переходе, например, альфа-спирали в пи-спираль или наоборот. Альфа-спирали в 310-спираль, в бета-спираль и т.д.

https://getfile.dokpub.com/yandex/get/https://yadi.sk/i/ysUQUZzRId5HJA

https://getfile.dokpub.com/yandex/get/https://yadi.sk/i/XpjYAaOqvM2q5g

 

Достаточно вырастить кристалл из программных спиралей нужного типа, и мы будем точно знать, какой композиционный угол получается при переходе от одной фундаментальной спирали к другой. А дальше, используя нуклеотидную гомологию, можно определить структуру таких участков в любых белках. Полная таблица композиционных переходов поможет определять пространственные структуры большинства белков по таблице, т.е. практически мгновенно. Таким образом, мы видим, как можно эффективно использовать рентгеноструктурный анализ в симбиозе с пикотехнологическими моделями белков.

 

Независимый от РСА контроль, как мы уже знаем, можно получать по замыканию дисульфидных мостиков в пикотехнологической или эвристической модели белковой молекулы. 

 


 Фрактальные спиральные контейнеры

Online service PROTEIN PICOTECHNOLOGY Part 2

Генетический код в стандарте fasta: https://yadi.sk/i/SdjBO7w5SqzIgA

 

https://getfile.dokpub.com/yandex/get/https://yadi.sk/i/D7Fo-jGDlXtdEw
Развернуть: https://yadi.sk/i/JKmgaMWhXpK8UQ

Слушать: https://yadi.sk/d/6ZauiVASmqynpw 

В этой программной спирали мы видим чередование аминокислотных остатков в полупериодах. Каждый полупериод юстируется двумя остатками Pro. 

*** 

Генетический код в стандарте fasta: https://yadi.sk/i/N0RwHJeOB9RXlQ

 

https://getfile.dokpub.com/yandex/get/https://yadi.sk/i/-EjbcuF4I3cudw
Развернуть: https://yadi.sk/i/1V31R3wZMamH_A

Слушать: https://yadi.sk/d/8zIZepWYfQihPA

Эта жёсткая программная спираль не требует юстировки. 

*** 

Генетический код в стандарте fasta: https://yadi.sk/i/lMLDii4fHEDbKg

 

https://getfile.dokpub.com/yandex/get/https://yadi.sk/i/5xdJXZ0Ec_q9Iw
Развернуть: https://yadi.sk/i/Pq1xFvIDKJuR2g

Слушать: https://yadi.sk/d/RoNpdkhf73cTAQ

 В этих нотах встречаются очень даже знакомые "осмысленные" музыкальные фразы... 

*** 

 https://getfile.dokpub.com/yandex/get/https://yadi.sk/i/EVfoJWSugjOGbw

 

В этой фрактальной программной спирали мы видим три остатка Pro на период. Скорее всего перед нами гибкий фрактал. Уточнить это поможет либо модель, в которой будет показана дополнительная степень свободы изгиба Pro, либо новая версия программы Пикотех 3D. 

 

Обсуждение


 Спирали из подвижных механизмов

Online service PROTEIN PICOTECHNOLOGY Part 2

Наличие большого количества остатков пролина (Pro) может сделать программные спирали гибкими. Для моделирования таких спиралей нужно сделать динамические модели аминокислотных остатков. 

https://getfile.dokpub.com/yandex/get/https://yadi.sk/i/NABXe67g_VK-Pw

https://getfile.dokpub.com/yandex/get/https://yadi.sk/i/6jPjNfi5iG0N0w

Здесь жесткие участки альфа-спиралей разделены гибкими участками, состоящими преимущественно из остатков пролина (P, Pro) 

https://getfile.dokpub.com/yandex/get/https://yadi.sk/i/yiE9se9_3MDTpw

В этой фрактальной структуре гибкость Pro не используется. Поэтому эта суперспираль жесткая. 

https://getfile.dokpub.com/yandex/get/https://yadi.sk/i/4QhHuDfrSZnpuQ

 Рентгеноструктурный анализ работает с кристаллами, а в кристаллах молекулы белка зафиксированы, т.е. обнаружить их гибкость проблематично. 

https://getfile.dokpub.com/yandex/get/https://yadi.sk/i/wBLQ8uAAng_o7g 

В периоде этой программной спирали мы видим чередование Pro. Они то одиночные, то парные. Это может означать, что в этой структуре два уровня юстировки. Когда не хватает юстировки первого уровня, включается юстировка второго уровня. 

 https://getfile.dokpub.com/yandex/get/https://yadi.sk/i/x2SGOjwEVOZyBw

 

Здесь второй уровень юстировки включается в самом конце фрактальной спирали. 

 


 

 Обнаружен третий фрактальный уровень микротрубочек

 

Исходные файлы: https://yadi.sk/i/K8PLSor05020rQ

https://getfile.dokpub.com/yandex/get/https://yadi.sk/i/-yDdMdGb2hPxWQ

Развернуть (фрагмент):

https://getfile.dokpub.com/yandex/get/https://yadi.sk/i/XpjYAaOqvM2q5g

Развернуть полностью: https://yadi.sk/i/86af8FKf8piynQ

Фрагменту вторичной структуры может соответствовать специфическая шпилечная структура, где от ствола фрактальной программной спирали отходят участки бета-спиралей, на которые навиваются во встречном направлении участки программных Q-спиралей (75-спиралей Кушелева) Эти шпильки могут смыкать витки фрактальной спирали в некую спиральную клетку. Это интересно было бы проверить с помощью 3D моделирования. 

Обсуждение


 Секрет индейского бисерного диска разгадан!

 https://getfile.dokpub.com/yandex/get/https://yadi.sk/i/dKmFemWS5PxXPg

Оригинал: https://yadi.sk/i/W8SLekleHNTqrQ

https://getfile.dokpub.com/yandex/get/https://yadi.sk/i/n6NkZmZWikfnoQ

 

Из правильных элементов эту симметричную систему (ось симметрии 9-го порядка) можно сделать с субмикронной точностью. 

 

Её можно получить из другой:

 

https://img-fotki.yandex.ru/get/964814/158289418.4df/0_190000_bf372383_XL.png

 

 

достроив её внутрь... 

 

https://getfile.dokpub.com/yandex/get/https://yadi.sk/i/y_3ofXo-hXoPcg

  Как видим, всё сошлось!

 Обсуждение


 Шары и эллипсоиды из кварцевого стекла будут работать не хуже эллипсоидальных камней из реки Нармада!

https://getfile.dokpub.com/yandex/get/https://yadi.sk/i/tI7TNcvzEgdy7Q

Интересно сколько будет стоить стеклянный эллипсоид длиной 1 метр? 

Цветные стеклянные шары можно купить готовые в Москве:

https://getfile.dokpub.com/yandex/get/https://yadi.sk/i/FZNNf_X30TsOIw

https://getfile.dokpub.com/yandex/get/https://yadi.sk/i/msxKWzGsIWwyEA

Однако каменные эллипсоиды из реки Нармада почти в 10 раз дешевле при том же массе... 

Материал с форума лаборатории Наномир: 

Татьяна Рясина: Можно позвонить на завод, спросить, кстати.

Кушелев: Я уже разобрался, что обычное стекло не подходит. Нужно кварцевое. А ещё лучше - фарфор из смеси Al2O3 и SiO2. Китайцы умеют такой делать уже более 1000 лет. 

https://cs5.livemaster.ru/storage/84/b6/eff565044db6dfa7a15e6009b2eb--vintazh-farforovoe-yajtso-rossiya-do-1917-goda.jpg

В России тоже умеют. 

Обсуждение


Минута самого короткого авиарейса в 10 000 раз опаснее! 

Многие читатели удивились, когда узнали, что полёт на самолёте может быть в 200 раз опаснее поездки на поезде, о чём шла речь в 191-ом выпуске рассылки "Новости лаборатории Наномир": http://nanoworld88.narod.ru/data/191.htm 

В процессе научной дискуссии выяснилось, что минута самого короткого авиарейса опаснее минуты самого длинного авиарейса примерно в 10 000 раз!

Всё дело в том, что 80% авиакатастроф случаются на взлёте и при посадке, а это значит, что самый короткий и самый длинный авиарейсы почти одинаково опасны. При этом на каждую минуту или километр самого короткого рейса опасности приходится в 10 000 раз больше. Есть, над чем подумать, согласитесь :) 

 

 Обсуждение 


 Стратегическая ошибка авиаконструкторов

Все знают, что у пилотов пассажирского самолёта нет катапульты и парашюта. Это должно давать уверенность пассажирам, что пилот будет бороться за их жизнь до последнего, но ... не всё так просто. Если Вы посмотрите фильм: "Последние слова лётчика Кузнецова", то узнаете, что несколько погибших до него пилотов унесли тайну гибели Ту-104 с собой в могилу. Лишь Кузнецов успел за пару минут до гибели сообщить все подробности, которые приводили к гибели самолеты Ту-104. Если бы у пилотов Ту-104 были катапульты и парашюты, то  конструкторы узнали бы все подробности уже от первого пилота, а это значит, что жизни других погибших пассажиров и пилотов были бы спасены. Это же относится и к большинству других авиакатастроф, тайну которых лётчики уносят с собой в могилу. Именно по этой причине авиакатастрофы так долго расследуются и причины катастроф часто остаются неразгаданными. Что же делать? Скоро на смену опасным самолетам придут "летающие тарелки", но оборудовать современные самолёты средствами спасения для пилотов всё равно актуально. И чем раньше это случится, тем меньше будет жертв. А на "летающих тарелках" у каждого пассажира должны быть летательные браслеты, которые помогут спастись, если с "тарелкой" что-то случится. Хотя "тарелка" будет на много порядков надёжнее самолёта, но по "тарелкам" тоже будут стрелять. Причём из орудий будущего. Кого успокоит тот факт, что его пассажирскую "тарелку" сбили по ошибке? Главное - спастись :)

Подробнее

 Обсуждение



Инвестирование научных проектов

 

Приглашаем инвесторов и меценатов.

Как продвинуть цивилизацию на новый уровень своего развития и получить при этом огромные прибыли?

- Вложить деньги
в научные разработки.

Новейшие виды экологически чистых и мощных источников энергии, средство для продления жизни, 
высокие технологии.

Все это реально создать в ближайший год-два при наличии достаточного финансирования.

 



Готовые коммерческие продукты

 

1. Online service PROTEIN PICOTECHNOLOGY

2. Сверхдобротные одномодовые диэлектрические резонаторы в т.ч. с большим диапазоном перестройки

3. Станки для производства высокодобротных одномодовых резонаторов 

4. Технология изготовления сапфировых линз 

5. Магнитный тороидально-сферический конструктор

Проекты

01 Ruby Emdrive (Микроволновый двигатель без реактивной струи)

02 Ruby Power Source (Микроволновый источник энергии) 

03 Средство продления жизни (Возвращение молодости)

04 Октаэдрический редуктор

05 Шестеренчатая передача Кушелева

06 Магнитный подвес-стыковка-герметизация модулей

07 Ионно-микроволновый фрактальный излучатель

08 Гибкий отражатель из жестких элементов

09 Энциклопедия "Наномир"

10 Экспертиза

11 Конструктивные компьютерные игры

12 Интеллектуальный кодовый замок

13 Очки кругового обзора

14 Тетраэдрический сканер

15 Программируемая архитектура

16 Источник энергии промышленной частоты

17 Источник энергии постоянного тока

18 Монокристаллическая видеокамера

19 Система определения активных участков белка

20 Тераваттный лазер непрерывного действия

21 Бактериальный синтез алмазов

22 Шестеренчатые передачи с тремя степенями свободы

23 Сверхсветовая связь

24 Безосевая шестеренчатая передача

25 Aктивный язык программирования

26 Телевидение миллиметрового и оптического диапазонов

27 Микроволновая архитектура

28 Компьютерный экран из автономных элементов

29 Чтение / запись ДНК

30 Сверхсветовая локация / зрение

31 Нейтрализатор акустического сигнала

Коммерческое предложение: 

Виктория Соколик: Уважаемые коллеги, Вашему вниманию предоставляется услуга -- моделирование 2D и 3D структуры любого белка без ограничений в его размере и степени изученности с помощью программного обеспечения, базирующемся на принципиально новом подходе декодирования нуклеотидной последовательности, детерминирующей данный белок.

Всё, что необходимо от заказчика, это нуклеотидная последовательность мРНК интересующего его белка (или код этой нуклеотидной последовательности в EMBL, или хотя бы код самого белка в PDB).

В течение 1-3 суток мы готовы предоставить Вам схему вторичной структуры заказанного белка (2D), модель его пространственной структуры (3D) в виртуальном пространстве, а также файл .pdb с координатами каждого атома белка. 

Файл .pdb может быть использован по аналогии с файлами закристаллизованных белков из PDB банка для дальнейшего конформационного анализа белка методами молекулярной динамики с учётом физико-химической специфики микроокружения белка или его взаимодействия с лигандами.

Таким образом, Вы сможете максимально быстро удобным для Вас способом (по электронной почте, на сайте либо на электронном носителе) получить информацию о структуре Вашего белка.

 Сотрудничество может быть различным:

- участие в научных дискуссиях на форуме (конструктивное)

- совместное создание коммерческого продукта

- поиск инвесторов

- выступить менеджером по продаже готовых коммерческих продуктов 

- конструктивные предложения по продвижению идей лаборатории Наномир

- содействие в проведении экспериментов и т.п.

- написание совместных научных статей и т.п.

- материальный вклад (денежный или обеспечение оборудованием и материалами)

 

Пожалуйста, сообщайте о своем вкладе, чтобы мы зачли Вас как партнера лаборатории Наномир.

+7-926-5101703  +7-903-2003424 +7-916-8265031,  mail: kushelev20120@yandex.ru

Подпишитесь на мой канал на ютубе: https://www.youtube.com/channel/UCsx422KjIzwTWTBPPpwBlXQ?view_as=subscriber 

форумfacebook

веб-мани: WM-кошелек R426964799301 Другие способы перевода 

Огромное спасибо всем за помощь и поддержку! 


В избранное