Откуда пошло выражение «Шарашкина контора»  
  У фразы, которую использовали и во времена СССР, интересная история.  

Во времена СССР люди часто в своей речи использовали слово «шараш», называя так, мягко говоря, нечестных людей: воров, попрошаек и прочих подобных персонажей. От этого слова, кстати, произошли и другие слова:

• «ошарашить» — поставить в тупик, обмануть (сегодня мы чаще всего используем это слово в значении “удивил”).
• «шарахнуть» — очень сильно ударить.

Собственно, не сложно догадаться, что «шарашкина контора» — это весьма сомнительная организация, преступная организация. Словом, компания, которой не стоит доверять.

В народном лексиконе еще используют такие вариации, как «шарага» или «шараш-монтаж». Второй вариант используют не так часто, а вот «шарагой» чаще всего называют не предприятие, а учебное заведение.

Кстати, в советское время «шарашками» называли еще и специальные учреждения: конструкторские бюро и научно-исследовательские институты тюремного типа. В этих учреждениях, как правило, работали осужденные ученые и инженеры — они разрабатывали, как правило, военную и специальную технику. Так государство экономило на зарплате ученым. А во время Великой Отечественной войны в этих учреждениях работали немецкие военнопленные. 

Но, несмотря на это, в лексиконе российских людей закрепилось понятие «шарашкина контора» как нечистая организация.